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whuthefen新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建
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| 大家好。我最近構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，我通過(guò)PCR擴(kuò)增到功能基因片段，功能基因片段通過(guò)NCBI上面的blastx檢索到最相似的氨基酸序列，然后構(gòu)建氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。我的問(wèn)題是：首先，這樣做對(duì)嗎？其次，同一個(gè)DNA序列，我通過(guò)BLASTn和BLASTx檢索，發(fā)現(xiàn)BLASTn檢索最相似的DNA序列和Blastx檢索出最相似的氨基酸序列不是同一個(gè)片段，這就意味著基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)不能反映基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)？而什么時(shí)候選基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，什么時(shí)候選基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)呢？我覺(jué)得，應(yīng)該是看自己論文的需要，如果論文想反應(yīng)DNA序列的遺傳適應(yīng)性，應(yīng)該選基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，如果傾向于功能分析，選擇基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。但是，這兩個(gè)都可以反應(yīng)同源關(guān)系吧,因?yàn)橄到y(tǒng)發(fā)育樹(shù)基于相似性構(gòu)建的，相似性大意味著可能是同源的。最后，我還有一個(gè)問(wèn)題，如果要證明兩個(gè)序列是同源的，如何證明呢？ |
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紅多多
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金幣+5, MolEPI+1): 歡迎以后多交流，鼓勵(lì)之 2011-10-08 07:51:59
dhd997(金幣+5, MolEPI+1): 歡迎以后多交流，鼓勵(lì)之 2011-10-08 07:51:59
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其實(shí)你的問(wèn)題我也同，但是我說(shuō)說(shuō)我的看法把。 我覺(jué)得通過(guò)序列做進(jìn)化樹(shù)僅僅是一種很低級(jí)的手段，不能說(shuō)低級(jí)，怎么說(shuō)呢，有一定科學(xué)性，但是不絕對(duì)。通過(guò)序列差異來(lái)判斷兩個(gè)基因是否同源是基于肯定兩個(gè)基因有著共同起源這種理論采用的方法。這種方法如任何一種方法一樣有著它的局限性，比如來(lái)自不同功能的基因，或者說(shuō)在進(jìn)化史上曾經(jīng)有著功能分化的基因在不斷衍化的過(guò)程中又產(chǎn)生了功能的交叉。那么這種情況你就說(shuō)不清楚了他們的同源關(guān)系了。另外現(xiàn)在很多關(guān)于序列差異小但是功能差別大的報(bào)道。所以嘛，方法只是方法，我一般寫(xiě)文章都會(huì)在討論的時(shí)候弱化這個(gè)問(wèn)題，沒(méi)辦法，大家都明白的，這個(gè)不絕對(duì)。 關(guān)于你說(shuō)的BLASTn和BLASTx檢索出來(lái)的結(jié)果不一樣是因?yàn)閮蓚�(gè)是在不同數(shù)據(jù)庫(kù)里面檢索的緣故。一般來(lái)說(shuō)BLASTn的覆蓋范圍更廣泛。關(guān)于用是用DNA序列還是氨基酸序列做進(jìn)化樹(shù)我的看法和你大致一樣，就是有功能的看氨基酸，非編碼序列則用DNA，但是線粒體葉綠體編碼相關(guān)的蛋白貌似很多人用DNA序列做進(jìn)化樹(shù)。原因你明白的，密碼子不一樣帶來(lái)了很多麻煩…… 至于你最后一個(gè)問(wèn)題，怎么證明兩個(gè)序列同源，這個(gè)地方我認(rèn)為說(shuō)證明不太合適，說(shuō)推測(cè)吧。道理你懂的，這個(gè)不絕對(duì)，所以…… |
2樓2011-10-08 00:32:22
whuthefen
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wanhscn(金幣+2): 鼓勵(lì)交流! 2011-10-08 13:42:02
wanhscn(金幣+2): 鼓勵(lì)交流! 2011-10-08 13:42:02
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我同意樓主說(shuō)的，系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)有一定的科學(xué)性，但是不絕對(duì)。其實(shí)進(jìn)化樹(shù)可能給你一個(gè)線索，你可以根據(jù)這個(gè)線索推斷，進(jìn)而在去證明自己的推斷。樓主說(shuō)，寫(xiě)文章的時(shí)候弱化這個(gè)問(wèn)題，是指在寫(xiě)文章的時(shí)候，只是提到序列可能具有什么功能，和什么已知的片段相似，而不去可以討論差異由多少，進(jìn)而過(guò)多推斷功能差別有多大嗎？ 我還想和樓主討論一個(gè)問(wèn)題，因?yàn)槲覄倓偨佑|進(jìn)化樹(shù)，有些不太確定的地方。我測(cè)出來(lái)的DNA序列進(jìn)行氨基酸比對(duì)。首先，我把DNA翻譯成氨基酸，為了保證翻譯的正確性，我直接通過(guò)BLASTx搜索，搜索結(jié)果反映該序列最有可能正確的翻譯，可能是從正向第1，2，或3個(gè)堿基開(kāi)始翻譯的，也可能從反向1，2，3個(gè)堿基翻譯。然后直接根據(jù)這個(gè)提示，采用bioedit 和primer軟件把DNA翻譯過(guò)來(lái)。 樓主是如何翻譯DNA的呢？有沒(méi)有什么軟件，能直接把DNA翻譯成6種氨基酸，然后在通過(guò)比對(duì)找出最有可能的氨基酸。 |
3樓2011-10-08 13:06:31
紅多多
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【答案】應(yīng)助回帖
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寫(xiě)文章的時(shí)候如果是單單做克隆而沒(méi)有準(zhǔn)確的功能上的比較的話最好不要提功能差異有多大，你就寫(xiě)具有多少多少同源性，和誰(shuí)具有較高的親緣關(guān)系，千萬(wàn)不要提功能差異等字眼，因?yàn)樾蛄胁町惡凸δ懿町悰](méi)有直接關(guān)系。 翻譯DNA一般來(lái)說(shuō)有一段DNA序列根據(jù)讀碼框不一樣會(huì)翻譯出6中結(jié)果，一般來(lái)說(shuō)讀碼框最長(zhǎng)的那個(gè)就是你要的氨基酸序列。我覺(jué)得你在克隆基因的時(shí)候應(yīng)該是帶有目的性的克隆把，這樣把你翻譯的結(jié)果和數(shù)據(jù)庫(kù)里的數(shù)據(jù)同源比對(duì)下，比出來(lái)相似性最高的那個(gè)蛋白的功能和你想要的目的片段功能是否相同，如果不是，你就在比對(duì)第二長(zhǎng)的翻譯出來(lái)的序列。一般就這么個(gè)套路。 我不是樓主，別叫我樓主，樓主是你呀~~~ |
4樓2011-10-08 14:23:34
whuthefen
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5樓2011-10-08 14:56:51
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【答案】應(yīng)助回帖
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① DNA與氨基酸不同一個(gè)片段，這才是正常的或者一般是正常的，畢竟編譯過(guò)程（密碼子→氨基酸）不是一一對(duì)應(yīng)的，一種氨基酸可以有幾種密碼子來(lái)編碼； ② 所以二者并不矛盾，可能數(shù)據(jù)庫(kù)里面的信息本身還不夠多，也許DNA的信息已經(jīng)很豐富，你對(duì)比一下就可以找到與你序列非常接近的種，但是可能氨基酸的很少人把序列提交數(shù)據(jù)庫(kù)，你比對(duì)就未必能夠很精確地確定它的種，所以二者不一定會(huì)相符； ③ 判斷你的菌屬于什么種屬，最好用16S rDNA，不要選用氨基酸，前面①說(shuō)過(guò)為什么了，也就是說(shuō)氨基酸是相對(duì)不“保守”的。如果你要分析蛋白質(zhì)的功能等，那就一定要用氨基酸了，這時(shí)就去數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)相關(guān)的氨基酸序列。但是氨基酸序列只能用于判斷蛋白質(zhì)一二三級(jí)結(jié)構(gòu)等模糊信息，不能像DNA那么精確。 ④ 二者基本都可以反映同源關(guān)系，一般定到屬是肯定沒(méi)有問(wèn)題的，而且不管是DNA還是氨基酸，你做出來(lái)的進(jìn)化樹(shù)跟某個(gè)序列很相似，你不能就說(shuō)是它，只是說(shuō)很接近，是不是它還需要做很多的分子鑒定工作。這時(shí)你只能給你的菌株單獨(dú)命名，這個(gè)是特殊的，不管與其他序列多相似，都是獨(dú)一無(wú)二的。同源性只是相對(duì)的，所以二者都可以反應(yīng)問(wèn)題； ⑤ 你最后一個(gè)問(wèn)題沒(méi)說(shuō)明白，兩個(gè)序列是，是什么東西？氨基酸與你的DNA還是？ |
7樓2012-06-14 10:36:04
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