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whuthefen新蟲 (初入文壇)
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[求助]
基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
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| 大家好。我最近構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，我通過PCR擴(kuò)增到功能基因片段，功能基因片段通過NCBI上面的blastx檢索到最相似的氨基酸序列，然后構(gòu)建氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育樹。我的問題是：首先，這樣做對嗎？其次，同一個DNA序列，我通過BLASTn和BLASTx檢索，發(fā)現(xiàn)BLASTn檢索最相似的DNA序列和Blastx檢索出最相似的氨基酸序列不是同一個片段，這就意味著基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹不能反映基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹？而什么時候選基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹，什么時候選基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹呢？我覺得，應(yīng)該是看自己論文的需要，如果論文想反應(yīng)DNA序列的遺傳適應(yīng)性，應(yīng)該選基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹，如果傾向于功能分析，選擇基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹。但是，這兩個都可以反應(yīng)同源關(guān)系吧,因為系統(tǒng)發(fā)育樹基于相似性構(gòu)建的，相似性大意味著可能是同源的。最后，我還有一個問題，如果要證明兩個序列是同源的，如何證明呢？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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① DNA與氨基酸不同一個片段，這才是正常的或者一般是正常的，畢竟編譯過程（密碼子→氨基酸）不是一一對應(yīng)的，一種氨基酸可以有幾種密碼子來編碼； ② 所以二者并不矛盾，可能數(shù)據(jù)庫里面的信息本身還不夠多，也許DNA的信息已經(jīng)很豐富，你對比一下就可以找到與你序列非常接近的種，但是可能氨基酸的很少人把序列提交數(shù)據(jù)庫，你比對就未必能夠很精確地確定它的種，所以二者不一定會相符； ③ 判斷你的菌屬于什么種屬，最好用16S rDNA，不要選用氨基酸，前面①說過為什么了，也就是說氨基酸是相對不“保守”的。如果你要分析蛋白質(zhì)的功能等，那就一定要用氨基酸了，這時就去數(shù)據(jù)庫比對相關(guān)的氨基酸序列。但是氨基酸序列只能用于判斷蛋白質(zhì)一二三級結(jié)構(gòu)等模糊信息，不能像DNA那么精確。 ④ 二者基本都可以反映同源關(guān)系，一般定到屬是肯定沒有問題的，而且不管是DNA還是氨基酸，你做出來的進(jìn)化樹跟某個序列很相似，你不能就說是它，只是說很接近，是不是它還需要做很多的分子鑒定工作。這時你只能給你的菌株單獨命名，這個是特殊的，不管與其他序列多相似，都是獨一無二的。同源性只是相對的，所以二者都可以反應(yīng)問題； ⑤ 你最后一個問題沒說明白，兩個序列是，是什么東西？氨基酸與你的DNA還是？ |
7樓2012-06-14 10:36:04
紅多多
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【答案】應(yīng)助回帖
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dhd997(金幣+5, MolEPI+1): 歡迎以后多交流，鼓勵之 2011-10-08 07:51:59
dhd997(金幣+5, MolEPI+1): 歡迎以后多交流，鼓勵之 2011-10-08 07:51:59
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其實你的問題我也同，但是我說說我的看法把。 我覺得通過序列做進(jìn)化樹僅僅是一種很低級的手段，不能說低級，怎么說呢，有一定科學(xué)性，但是不絕對。通過序列差異來判斷兩個基因是否同源是基于肯定兩個基因有著共同起源這種理論采用的方法。這種方法如任何一種方法一樣有著它的局限性，比如來自不同功能的基因，或者說在進(jìn)化史上曾經(jīng)有著功能分化的基因在不斷衍化的過程中又產(chǎn)生了功能的交叉。那么這種情況你就說不清楚了他們的同源關(guān)系了。另外現(xiàn)在很多關(guān)于序列差異小但是功能差別大的報道。所以嘛，方法只是方法，我一般寫文章都會在討論的時候弱化這個問題，沒辦法，大家都明白的，這個不絕對。 關(guān)于你說的BLASTn和BLASTx檢索出來的結(jié)果不一樣是因為兩個是在不同數(shù)據(jù)庫里面檢索的緣故。一般來說BLASTn的覆蓋范圍更廣泛。關(guān)于用是用DNA序列還是氨基酸序列做進(jìn)化樹我的看法和你大致一樣，就是有功能的看氨基酸，非編碼序列則用DNA，但是線粒體葉綠體編碼相關(guān)的蛋白貌似很多人用DNA序列做進(jìn)化樹。原因你明白的，密碼子不一樣帶來了很多麻煩…… 至于你最后一個問題，怎么證明兩個序列同源，這個地方我認(rèn)為說證明不太合適，說推測吧。道理你懂的，這個不絕對，所以…… |
2樓2011-10-08 00:32:22
whuthefen
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wanhscn(金幣+2): 鼓勵交流! 2011-10-08 13:42:02
wanhscn(金幣+2): 鼓勵交流! 2011-10-08 13:42:02
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我同意樓主說的，系統(tǒng)進(jìn)化樹有一定的科學(xué)性，但是不絕對。其實進(jìn)化樹可能給你一個線索，你可以根據(jù)這個線索推斷，進(jìn)而在去證明自己的推斷。樓主說，寫文章的時候弱化這個問題，是指在寫文章的時候，只是提到序列可能具有什么功能，和什么已知的片段相似，而不去可以討論差異由多少，進(jìn)而過多推斷功能差別有多大嗎？ 我還想和樓主討論一個問題，因為我剛剛接觸進(jìn)化樹，有些不太確定的地方。我測出來的DNA序列進(jìn)行氨基酸比對。首先，我把DNA翻譯成氨基酸，為了保證翻譯的正確性，我直接通過BLASTx搜索，搜索結(jié)果反映該序列最有可能正確的翻譯，可能是從正向第1，2，或3個堿基開始翻譯的，也可能從反向1，2，3個堿基翻譯。然后直接根據(jù)這個提示，采用bioedit 和primer軟件把DNA翻譯過來。 樓主是如何翻譯DNA的呢？有沒有什么軟件，能直接把DNA翻譯成6種氨基酸，然后在通過比對找出最有可能的氨基酸。 |
3樓2011-10-08 13:06:31
紅多多
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【答案】應(yīng)助回帖
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寫文章的時候如果是單單做克隆而沒有準(zhǔn)確的功能上的比較的話最好不要提功能差異有多大，你就寫具有多少多少同源性，和誰具有較高的親緣關(guān)系，千萬不要提功能差異等字眼，因為序列差異和功能差異沒有直接關(guān)系。 翻譯DNA一般來說有一段DNA序列根據(jù)讀碼框不一樣會翻譯出6中結(jié)果，一般來說讀碼框最長的那個就是你要的氨基酸序列。我覺得你在克隆基因的時候應(yīng)該是帶有目的性的克隆把，這樣把你翻譯的結(jié)果和數(shù)據(jù)庫里的數(shù)據(jù)同源比對下，比出來相似性最高的那個蛋白的功能和你想要的目的片段功能是否相同，如果不是，你就在比對第二長的翻譯出來的序列。一般就這么個套路。 我不是樓主，別叫我樓主，樓主是你呀~~~ |
4樓2011-10-08 14:23:34
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