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Autodock對接時是否需要事先設(shè)置客體分子方向
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最近也在學(xué)習(xí)Autodock對接的使用，看其他人的一些文獻(xiàn)以及相關(guān)資料中都顯示在設(shè)置好參數(shù)后，先格點計算然后就可以進(jìn)行對接了。 其中有很多的參數(shù)都是使用默認(rèn)值，再加上一些已有文獻(xiàn)中也沒有提到要事先設(shè)置客體分子方向，所以從未想過這一點。 直到最近看到一篇文獻(xiàn)顯示： For each guest analyte, two possible orientations, namely that the epoxy group points towards either the O2/O3 side or the O6 side in the host DIACTGCD cavity were considered as starting configurations in the docking calculations. 這是什么意思？代表在對接前還要對客體分子方向進(jìn)行設(shè)置？求高手解答。（詳細(xì)資料見附件文獻(xiàn)第3頁）[ Last edited by 可米kemi on 2011-10-15 at 11:23 ] |
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zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵分享自己的經(jīng)驗 2011-10-17 10:16:08
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zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵分享自己的經(jīng)驗 2011-10-17 10:16:08
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LZ是在做環(huán)糊精手性分離的工作？ 這篇文獻(xiàn)我也曾經(jīng)精讀過，對文章中的計算方法我也重復(fù)過，發(fā)現(xiàn)在AUTODOCK對接時沒有必要先預(yù)設(shè)配體的方向。文章中有一個基本假設(shè)：配體可能以兩種不同取向結(jié)合到環(huán)糊精。采用對接來驗證這個假設(shè)，預(yù)先的將配體的坐標(biāo)設(shè)置為以不同取向包結(jié)在腔內(nèi)。為什么要這樣設(shè)置呢？我們知道autodock預(yù)測小分子與蛋白質(zhì)的結(jié)合模式時，不需要預(yù)設(shè)配體方向的。為了尋找這個原因，我比較了預(yù)設(shè)方向和坐標(biāo)（包結(jié)在腔內(nèi)）和不預(yù)設(shè)方向坐標(biāo)，發(fā)現(xiàn)不預(yù)設(shè)坐標(biāo)腔內(nèi)，采用文中所述計算參數(shù)，小分子居然在腔外結(jié)合構(gòu)象有最低結(jié)合自由能，而預(yù)設(shè)在腔內(nèi)與文中結(jié)果一致。對于這種情況，我認(rèn)為可能是搜索算法參數(shù)設(shè)置的問題，比如LGA收斂參數(shù)。 但是方向不預(yù)設(shè)（配體坐標(biāo)設(shè)置在腔內(nèi)）對于結(jié)果似乎沒有影響，因為采用仁一方向得到的構(gòu)象均會聚類到兩個不同方向的類。 此僅為我的結(jié)果和觀點，你可以再驗證。 另外，如果采用AMBER力場電荷參數(shù)，得到的結(jié)果似乎更好些，至少不預(yù)設(shè)方向?qū)訒r聚類僅2類（不同方向各1）。 |
2樓2011-10-16 21:02:17
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