[交流] Autodock對(duì)接時(shí)是否需要事先設(shè)置客體分子方向

最近也在學(xué)習(xí)Autodock對(duì)接的使用，看其他人的一些文獻(xiàn)以及相關(guān)資料中都顯示在設(shè)置好參數(shù)后，先格點(diǎn)計(jì)算然后就可以進(jìn)行對(duì)接了。
其中有很多的參數(shù)都是使用默認(rèn)值，再加上一些已有文獻(xiàn)中也沒(méi)有提到要事先設(shè)置客體分子方向，所以從未想過(guò)這一點(diǎn)。
直到最近看到一篇文獻(xiàn)顯示：
For each guest analyte, two possible orientations, namely that the epoxy group points towards either the O2/O3 side or the O6 side in the host DIACTGCD cavity were considered as starting conﬁgurations in the docking calculations.
這是什么意思？代表在對(duì)接前還要對(duì)客體分子方向進(jìn)行設(shè)置？求高手解答。（詳細(xì)資料見(jiàn)附件文獻(xiàn)第3頁(yè)）[ Last edited by 可米kemi on 2011-10-15 at 11:23 ]

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1樓 2011-10-15 11:21:53

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xd200620940

銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

模擬EPI: 2
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金幣: 753.9
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可米kemi(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵(lì)分享自己的經(jīng)驗(yàn) 2011-10-17 10:16:08

LZ是在做環(huán)糊精手性分離的工作？

這篇文獻(xiàn)我也曾經(jīng)精讀過(guò)，對(duì)文章中的計(jì)算方法我也重復(fù)過(guò)，發(fā)現(xiàn)在AUTODOCK對(duì)接時(shí)沒(méi)有必要先預(yù)設(shè)配體的方向。文章中有一個(gè)基本假設(shè)：配體可能以?xún)煞N不同取向結(jié)合到環(huán)糊精。采用對(duì)接來(lái)驗(yàn)證這個(gè)假設(shè)，預(yù)先的將配體的坐標(biāo)設(shè)置為以不同取向包結(jié)在腔內(nèi)。為什么要這樣設(shè)置呢？我們知道autodock預(yù)測(cè)小分子與蛋白質(zhì)的結(jié)合模式時(shí)，不需要預(yù)設(shè)配體方向的。為了尋找這個(gè)原因，我比較了預(yù)設(shè)方向和坐標(biāo)（包結(jié)在腔內(nèi)）和不預(yù)設(shè)方向坐標(biāo)，發(fā)現(xiàn)不預(yù)設(shè)坐標(biāo)腔內(nèi)，采用文中所述計(jì)算參數(shù)，小分子居然在腔外結(jié)合構(gòu)象有最低結(jié)合自由能，而預(yù)設(shè)在腔內(nèi)與文中結(jié)果一致。對(duì)于這種情況，我認(rèn)為可能是搜索算法參數(shù)設(shè)置的問(wèn)題，比如LGA收斂參數(shù)。
但是方向不預(yù)設(shè)（配體坐標(biāo)設(shè)置在腔內(nèi)）對(duì)于結(jié)果似乎沒(méi)有影響，因?yàn)椴捎萌室环较虻玫降臉?gòu)象均會(huì)聚類(lèi)到兩個(gè)不同方向的類(lèi)。

此僅為我的結(jié)果和觀點(diǎn)，你可以再驗(yàn)證。

另外，如果采用AMBER力場(chǎng)電荷參數(shù)，得到的結(jié)果似乎更好些，至少不預(yù)設(shè)方向?qū)訒r(shí)聚類(lèi)僅2類(lèi)（不同方向各1）。

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2樓2011-10-16 21:02:17

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