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mengfc

金蟲 (正式寫手)

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專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構

[求助] siesta-3.1并行編譯出錯。

根據(jù)版主賀儀在 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3010970 中第一種方法進行編譯。
步驟如下。

1.將siesta-3.0-rc2.tgz文件拷貝到一個臨時的目錄里面（如tem）

2.解壓文件：$ tar -zxvf
siesta-3.0-rc2.tgz
3.進入要生成執(zhí)行文件的目錄，可以自己隨便建立。這樣可以利用不同參數(shù)編譯
不同版本的siesta 放在不同的目錄里。這是與siesta-2.0.2 相比，采用的一種新的
執(zhí)行文件生成機制，例如到Obj 目錄生成執(zhí)行文件：$ cd siesta-3.0-rc2/Obj/
4. 如果Obj 目錄和Src 目錄是平級的，運行：$ sh ../Src/obj_setup.sh
總之要在你要生成可執(zhí)行文件的目錄下用sh 運行Src/obj_setup.sh。
5. 在執(zhí)行文件生成目錄里運行Src/configure，即： $ ../Src/configure
6.進入/Src/MPI
7.修改Makefile
vi Makefile
把
ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make
修改為絕對路徑
ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Obj/arch.make
8.再make
9.再切換到Obj目錄
10.修改arch.make
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=/public/openmpi-141-icc/bin/mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS= -O2 -i-static
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
FPPFLAGS= -DMPI
# -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Src/MPI/libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/public/openmpi-141-icc/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
11，make

在最后一步make的時候出現(xiàn)如下錯誤。
ifort: error #10236: File not found:  'libmpi_f90.a'
make: *** [siesta] Error 1

這個libmpi_f90.a在第8步make的時候生成了。我就把它放在了/Obj目錄下（我不知道這樣做對不對，應該放在哪里？），然后重新編譯，又出現(xiàn)如下錯誤。

/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:246: undefined reference to `blacs_get_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:247: undefined reference to `blacs_gridinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:255: undefined reference to `blacs_get_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:256: undefined reference to `blacs_gridinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:258: undefined reference to `blacs_gridinfo_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:264: undefined reference to `descinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:273: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:274: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:277: undefined reference to `descinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:333: undefined reference to `blacs_gridinfo_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:334: undefined reference to `indxg2p_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:335: undefined reference to `indxg2p_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:337: undefined reference to `blacs_gridinfo_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:338: undefined reference to `indxg2p_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:339: undefined reference to `indxg2p_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:343: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:344: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:345: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:346: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:359: undefined reference to `pjlaenv_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:361: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:370: undefined reference to `iceil_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:412: undefined reference to `pzgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:413: undefined reference to `pzgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:434: undefined reference to `pzhegvx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:438: undefined reference to `pzgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:440: undefined reference to `pzhegvx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:491: undefined reference to `pzpotrf_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:493: undefined reference to `pzpotrf_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:511: undefined reference to `pzhengst_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:514: undefined reference to `pzhengst_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:535: undefined reference to `pzhemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:537: undefined reference to `pzgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:540: undefined reference to `pzhemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:542: undefined reference to `pzgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:566: undefined reference to `pzheevd_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:570: undefined reference to `pzheevd_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:576: undefined reference to `pzheevx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:581: undefined reference to `pzheevx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:636: undefined reference to `pzgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:640: undefined reference to `pzgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:674: undefined reference to `pztrsm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:676: undefined reference to `pzgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/cdiag.F:678: undefined reference to `pztrsm_'
rdiag.o: In function `rdiag':
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:228: undefined reference to `blacs_get_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:229: undefined reference to `blacs_gridinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:237: undefined reference to `blacs_get_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:238: undefined reference to `blacs_gridinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:240: undefined reference to `blacs_gridinfo_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:246: undefined reference to `descinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:255: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:256: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:259: undefined reference to `descinit_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:306: undefined reference to `blacs_gridinfo_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:308: undefined reference to `blacs_gridinfo_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:311: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:312: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:316: undefined reference to `indxg2p_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:317: undefined reference to `indxg2p_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:318: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:319: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:327: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:328: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:331: undefined reference to `iceil_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:332: undefined reference to `pjlaenv_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:334: undefined reference to `numroc_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:365: undefined reference to `pdgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:366: undefined reference to `pdgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:388: undefined reference to `pdsygvx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:392: undefined reference to `pdgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:394: undefined reference to `pdsygvx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:446: undefined reference to `pdpotrf_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:448: undefined reference to `pdpotrf_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:466: undefined reference to `pdsyngst_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:469: undefined reference to `pdsyngst_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:490: undefined reference to `pdsymm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:492: undefined reference to `pdgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:495: undefined reference to `pdsymm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:497: undefined reference to `pdgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:521: undefined reference to `pdsyevd_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:524: undefined reference to `pdsyevd_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:530: undefined reference to `pdsyevx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:535: undefined reference to `pdsyevx_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:590: undefined reference to `pdgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:594: undefined reference to `pdgemm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:627: undefined reference to `pdtrsm_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:629: undefined reference to `pdgemr2d_'
/home/mengfc/Siesta/siesta-3.1/Src/rdiag.F:631: undefined reference to `pdtrsm_'
make: *** [siesta] Error 1

請問這是什么問題呢？是libmpi_f90.a放置的位置影響的嗎？

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1樓 2011-10-15 21:00:48

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guohuazhong

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

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【答案】應助回帖

★ ★
mengfc(金幣+5): 謝謝您，試一下 2011-10-16 10:01:36
zzy870720z: 金幣+2, 補上獎勵，辛苦了 2012-03-25 16:52:42

MPI_INTERFACE=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Src/MPI/libmpi_f90.a
中直接寫成MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
試試

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2樓2011-10-16 09:41:06

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

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【答案】應助回帖

★ ★ ★
mengfc(金幣+5): 謝謝您！ 2011-10-16 10:02:47
zzy870720z: 金幣+3, 謝謝指教，呵呵 2012-03-25 16:52:55

引用回帖:

1樓: Originally posted by mengfc at 2011-10-15 21:00:48:
根據(jù)版主賀儀在 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3010970 中第一種方法進行編譯。
步驟如下。

1.將siesta-3.0-rc2.tgz文件拷貝到一個臨時的目錄里面（如tem）

2.解壓文件：$ tar -zxv ...

用下面我給出的這個make.arch去編譯試試。另外不清楚你的mkl什么版本。
首先按照下面的內(nèi)容修改你的make.arch,修改好之后將其放到Obj下面(假設你在Obj目錄下編譯)。
1. cd Obj
2. sh ../Src/obj_setup.sh
3. make
就等著編譯吧。

不要像你那么麻煩
---------------------------------
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=/public/openmpi-141-icc/bin/mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS= -O2 -i-static
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI  -DCDF  -DGRID_DP -DPHI_GRID_SP

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/public/intel/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/public/openmpi-141-icc/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

---------------------------------

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弘德明志博學篤行

3樓2011-10-16 09:41:42

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mengfc

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引用回帖:

3樓: Originally posted by zhangguangping at 2011-10-16 09:41:42:
用下面我給出的這個make.arch去編譯試試。另外不清楚你的mkl什么版本。
首先按照下面的內(nèi)容修改你的make.arch,修改好之后將其放到Obj下面(假設你在Obj目錄下編譯)。
1. cd Obj
2. sh ../Src/obj_setup.sh
3. ...

這個方法我試過，但是沒法并行計算。
mpirun -np可以用，但是仍舊只是用一個核。這是什么問題呢？

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4樓2011-10-16 10:04:05

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2樓: Originally posted by guohuazhong at 2011-10-16 09:41:06:
MPI_INTERFACE=/home/zhou/soft/siesta/siesta-3.0-rc2/Src/MPI/libmpi_f90.a
中直接寫成MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
試試

這樣就提示找不到libmpi_f90.a這個文件

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5樓2011-10-16 15:13:57

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mengfc

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想問您一下在第二部configure的時候不需要其它參數(shù)嗎？比如 --enable-mpi？我若是不加這個的話，后面的FPPFLAGS中出現(xiàn)DMPI，就會報錯。

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6樓2011-10-16 15:15:51

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randome

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【答案】應助回帖

★
mazuju028(金幣+1): 謝謝交流 2011-10-16 22:09:12
mengfc(金幣+5): 謝謝您，那我需要在SRC/MPI文件夾下make嗎？ 2011-10-16 23:15:51

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6樓: Originally posted by mengfc at 2011-10-16 15:15:51:
想問您一下在第二部configure的時候不需要其它參數(shù)嗎？比如 --enable-mpi？我若是不加這個的話，后面的FPPFLAGS中出現(xiàn)DMPI，就會報錯。

2樓少了一步，在第2步之后make之前應該是 ../Src/configure --enable-mpi

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7樓2011-10-16 19:05:12

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randome

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
賀儀(金幣+2): 多謝指教！ 2011-10-26 22:02:15
mengfc: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝您 2012-03-25 16:36:37

引用回帖:

7樓: Originally posted by randome at 2011-10-16 19:05:12:
2樓少了一步，在第2步之后make之前應該是 ../Src/configure --enable-mpi

呃。。。當時看錯了，具體這樣

1. cd obj
2. ../Src/obj_setup.sh
3. ../Src/configure
(../Src/configure --help可以看到很多在編譯時需要設置的量，當然很多可以用默認的。如果你想編譯并行的，可以這樣
../Src/configure MPIFC=mpif90 --enable-mpi)
4. 在3步生成的 arch.make 文件中根據(jù)你系統(tǒng)情況進行相應數(shù)學庫鏈接的設置
5. make
（在當前目錄下）

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8樓2011-10-26 19:30:53

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