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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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astringent

銅蟲 (著名寫手)

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[求助] amber輸入文件中電荷

初學(xué)模擬，有一問題，我發(fā)現(xiàn)在amber輸入文件中除了定義原子類型外，還有電荷，我自己測試了一下，加不加電荷結(jié)果不一樣，請問，這個電荷是如何得到的？我可不可以先用HF方法算電荷，然后寫到輸入文件中？

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1樓 2011-10-17 15:12:18

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yyuan8658

金蟲 (正式寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-10-21 18:47:16
astringent(金幣+10): 2011-11-08 05:18:58

MD體系的總電荷一般都是0，
在用tleap生成prmtop和inpcrd時，用charge命令就能得到體系的總電荷了。然后可以用addions命令添加離子，平衡電荷。

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