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晶體 氣相 液相的問(wèn)題
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| 各位大蝦，本人在進(jìn)行卟啉分子的優(yōu)化，所用的原始數(shù)據(jù)是從CCDC晶體數(shù)據(jù)庫(kù)中提取的，構(gòu)建了卟啉的分子結(jié)構(gòu)，此時(shí)用高斯進(jìn)行優(yōu)化，探索兩個(gè)卟啉分子之間的相互作用，高斯默認(rèn)的是在氣相的環(huán)境下計(jì)算的，晶體原始數(shù)據(jù)是通過(guò)X單晶衍射測(cè)得的，計(jì)算中是否要考慮氣相和液相的問(wèn)題？？ |
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zhou2009
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【答案】應(yīng)助回帖
slay3(金幣+6): 2011-10-25 09:56:05
slay3(金幣+1): 謝謝版主，我還是個(gè)菜鳥，還有一個(gè)問(wèn)題是，原卟啉即卟吩，是否含有單電子，加入了金屬形成卟啉配合物后是否有呢？ 2011-10-25 10:33:14
slay3(金幣+1): 謝謝版主，我還是個(gè)菜鳥，還有一個(gè)問(wèn)題是，原卟啉即卟吩，是否含有單電子，加入了金屬形成卟啉配合物后是否有呢？ 2011-10-25 10:33:14
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探索兩個(gè)卟啉分子之間的相互作用，當(dāng)你從CCDC晶體數(shù)據(jù)庫(kù)中直接提取兩個(gè)卟啉分子時(shí)，構(gòu)建的二體卟啉的分子結(jié)構(gòu)，進(jìn)行高斯優(yōu)化計(jì)算時(shí)，就自動(dòng)是在氣相的環(huán)境下計(jì)算的。 晶體數(shù)據(jù)庫(kù)中提取的兩個(gè)卟啉分子坐標(biāo)優(yōu)化之后，是氣相結(jié)果，與晶體會(huì)有變化。 由于是兩個(gè)卟啉分子之間的相互作用，在方法上要考慮電子相關(guān)，如b97d。 [ Last edited by zhou2009 on 2011-10-24 at 17:40 ] |
2樓2011-10-24 17:39:02
zhou2009
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+3): 2011-10-25 13:03:47
gmy1990(金幣+3): 2011-10-25 13:03:47
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最好不要只取一個(gè)卟啉分子優(yōu)化，再兩個(gè)放在一起。 直接提取兩個(gè)卟啉分子時(shí)，這兩個(gè)分子之間的相互作用的基本格局已經(jīng)就有了，比如兩個(gè)卟啉分子的錯(cuò)位、兩個(gè)卟啉分子取代基之間是否有氫健等，自己拿兩個(gè)卟啉分子去擺并不容易。 當(dāng)然，晶體中的兩個(gè)分子的原子編號(hào)不會(huì)是先一個(gè)分子、后一個(gè)分子地，而是在二個(gè)分子之間交錯(cuò)的。我們?cè)贕V中可以令其顯示各原子編號(hào)，從而知道兩個(gè)分子中原子的編號(hào)。當(dāng)我們要拆分二者時(shí)，按這個(gè)編號(hào)即可。這在作兩個(gè)卟啉分子之間的作用，看電子密度差時(shí)，需要這樣作。 |
3樓2011-10-25 10:41:28
zhou2009
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4樓2011-10-25 10:49:44
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