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晶體 氣相 液相的問題
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| 各位大蝦,本人在進(jìn)行卟啉分子的優(yōu)化,所用的原始數(shù)據(jù)是從CCDC晶體數(shù)據(jù)庫中提取的,構(gòu)建了卟啉的分子結(jié)構(gòu),此時用高斯進(jìn)行優(yōu)化,探索兩個卟啉分子之間的相互作用,高斯默認(rèn)的是在氣相的環(huán)境下計算的,晶體原始數(shù)據(jù)是通過X單晶衍射測得的,計算中是否要考慮氣相和液相的問題?? |
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探索兩個卟啉分子之間的相互作用,當(dāng)你從CCDC晶體數(shù)據(jù)庫中直接提取兩個卟啉分子時,構(gòu)建的二體卟啉的分子結(jié)構(gòu),進(jìn)行高斯優(yōu)化計算時,就自動是在氣相的環(huán)境下計算的。 晶體數(shù)據(jù)庫中提取的兩個卟啉分子坐標(biāo)優(yōu)化之后,是氣相結(jié)果,與晶體會有變化。 由于是兩個卟啉分子之間的相互作用,在方法上要考慮電子相關(guān),如b97d。 [ Last edited by zhou2009 on 2011-10-24 at 17:40 ] |
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最好不要只取一個卟啉分子優(yōu)化,再兩個放在一起。 直接提取兩個卟啉分子時,這兩個分子之間的相互作用的基本格局已經(jīng)就有了,比如兩個卟啉分子的錯位、兩個卟啉分子取代基之間是否有氫健等,自己拿兩個卟啉分子去擺并不容易。 當(dāng)然,晶體中的兩個分子的原子編號不會是先一個分子、后一個分子地,而是在二個分子之間交錯的。我們在GV中可以令其顯示各原子編號,從而知道兩個分子中原子的編號。當(dāng)我們要拆分二者時,按這個編號即可。這在作兩個卟啉分子之間的作用,看電子密度差時,需要這樣作。 |
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