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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 材料區(qū) » 晶體 » 晶體解析 » 請教個氫鍵生成問題
| 查看: 2412 | 回復(fù): 15 | ||||||||
[求助]
請教個氫鍵生成問題
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參照xi2004加氫的帖子 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=962939 1.我在ins中加入 HTAB，然后進(jìn)行xl操作，在lst中找到如下信息 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) 2.然后又在ins中加入如下命令，進(jìn)行精修（此命令是否正確？） ACTA BOND $H HTAB HTAB O7 O4 EQIV $1 -x+1, -y, -z+1 HTAB O7 O4_$1 3.精修后lst找到如下信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 O7-H7A...O4_$1 ** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A ** 4.精修后cif中的氫鍵信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656 請問 1.O7—O4是否生成了氫鍵 2.這是planton計算的氫鍵如下 3.下一步該怎么操作呢 [ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ] |
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2樓2011-10-30 15:48:07
3樓2011-10-30 15:56:03
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4樓2011-10-30 16:07:06
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5樓2011-10-30 16:07:53
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去掉你說的那個命令 精修ins后lst內(nèi)氫鍵信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.9 O7-H7A...O4_$1 cif里的氫鍵信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.9 3_656 從數(shù)據(jù)上和Hg中看，去掉前后好像沒什么區(qū)別， |
6樓2011-10-30 16:18:59
7樓2011-10-30 16:22:49
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9樓2011-10-30 16:29:37
10樓2011-10-30 16:41:46
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