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chilajiao

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[求助] 請(qǐng)教個(gè)氫鍵生成問(wèn)題

參照xi2004加氫的帖子
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=962939

1.我在ins中加入 HTAB，然后進(jìn)行xl操作，在lst中找到如下信息

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H          d(D-H) d(H..A) O7-H7A       0.820 1.880 174.78 2.697 O4 [ -x+1, -y, -z+1 ]

2.然后又在ins中加入如下命令，進(jìn)行精修（此命令是否正確？）

ACTA
BOND $H
HTAB
HTAB O7 O4
EQIV $1 -x+1, -y, -z+1
HTAB O7 O4_$1

3.精修后lst找到如下信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
  D-H       H...A       D...A       <(DHA)
  0.82       1.88       2.698(3)    174.8       O7-H7A...O4_$1
** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **

4.精修后cif中的氫鍵信息
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
O7 H7A O4  0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656

請(qǐng)問(wèn)
1.O7—O4是否生成了氫鍵

2.這是planton計(jì)算的氫鍵如下

3.下一步該怎么操作呢

[ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ]

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1樓 2011-10-30 14:41:54

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引用回帖:

5樓: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 16:07:53:
剛剛?cè)サ粲袥](méi)有用啊

lst中
<(DHA)由之前的174.8變成了174.9

** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **
這句話沒(méi)了，為什么去掉那個(gè)命令后就沒(méi)了呢

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只愛(ài)樂(lè)兒

7樓2011-10-30 16:22:49

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897614771

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
chilajiao(金幣+10): 謝謝耐心解答 2011-10-30 15:58:39
lichun1210(金幣+2): 感謝回帖交流~ 2011-10-30 15:59:23
chilajiao(金幣+8): :D 2011-11-10 10:24:19

我覺(jué)得是氫鍵其實(shí)不用加后面的命令就可以看氫鍵了
加的話只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉試試
系統(tǒng)可能誤認(rèn)為是分子內(nèi)的了
所以后面加的命令沒(méi)用

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2樓2011-10-30 15:48:07

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 15:48:07:
我覺(jué)得是氫鍵其實(shí)不用加后面的命令就可以看氫鍵了
加的話只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉試試
系統(tǒng)可能誤認(rèn)為是分子內(nèi)的了
所以后面加的命令沒(méi)用

我需要在cif中生成，所以才加了命令

請(qǐng)問(wèn)，H鍵是不是分為分子內(nèi)和分子間的？我的這個(gè)是分子間的？

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3樓2011-10-30 15:56:03

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lichun1210(金幣+5): 感謝回帖交流~ 2011-10-30 17:01:48

嗯
O4 [ -x+1, -y, -z+1 ]

后面有代碼嘛不是1555的基本上其他分子的還有可能是你對(duì)稱出來(lái)的我不確定直接O7 O4肯定是分子內(nèi)的說(shuō) 你自己看看你的結(jié)構(gòu)就知道了

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4樓2011-10-30 16:07:06

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