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關(guān)于過(guò)渡態(tài)和能量?jī)?yōu)化的問(wèn)題
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ts優(yōu)化過(guò)渡態(tài)的時(shí)候,用gaussview畫(huà)過(guò)渡態(tài),是把連接的兩個(gè)分子靠近還是用虛線連起來(lái)? 另外,怎么判斷優(yōu)化出來(lái)的結(jié)構(gòu)是global minimum還是local minimum?我曾經(jīng)想計(jì)算一個(gè)旋轉(zhuǎn)能壘,由于分子自身對(duì)稱性,旋轉(zhuǎn)之后又回到原來(lái)的構(gòu)型。所以我直接畫(huà)圖轉(zhuǎn)到能量最高的構(gòu)型,但是優(yōu)化出來(lái)的還是原來(lái)的構(gòu)型,怎么解決這問(wèn)題? |
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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1.你連和不連,他就在那里,只是在gv里一個(gè)現(xiàn)實(shí)罷了。過(guò)渡態(tài)不好找,除了一些簡(jiǎn)單的之外(個(gè)人認(rèn)為)。 2.GM或LM的問(wèn)題,憑當(dāng)個(gè)結(jié)構(gòu)是無(wú)法判斷的,關(guān)鍵是要找出所有可能的結(jié)構(gòu),來(lái)比較他們的能量那個(gè)最低,才能得到GM;例如一個(gè)六環(huán)glucose分子就有100多個(gè)結(jié)構(gòu),你得將這些全部找全。文獻(xiàn)中間有時(shí)聲稱的GM其實(shí)不是,因?yàn)樵O(shè)計(jì)的構(gòu)型不夠多。 3.旋轉(zhuǎn)的勢(shì)能面比較簡(jiǎn)單,若重疊式和交叉式的對(duì)稱性不同,可直接通過(guò)優(yōu)化對(duì)應(yīng)對(duì)稱性結(jié)構(gòu)得到;對(duì)于對(duì)稱性相同的情況下,可用opt=(ModRedun)限制兩個(gè)ligands的二面角得到重疊式。 |
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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關(guān)于以乙烷為例:交叉是D3d;重疊式D3h;分別在兩個(gè)不同的對(duì)稱性下優(yōu)化就可知道重疊式有個(gè)小虛頻,對(duì)應(yīng)于旋轉(zhuǎn),重疊式就是TS了。 乙烷上一個(gè)H被Cl取代,此時(shí)重疊式和交叉式都是Cs對(duì)稱性,于是你想優(yōu)化時(shí)候都是趨向能量低的交叉式;你在重疊式下優(yōu)化TS不知道行不行(旋轉(zhuǎn)勢(shì)能面太平),這種情況將C1H1C2Cl的二面角固定為0/180優(yōu)化出來(lái)的兩個(gè)基團(tuán)肯定是重疊的,我想這就是你想要的結(jié)果了吧。 |
銅蟲(chóng) (初入文壇)
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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