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關(guān)于過渡態(tài)和能量?jī)?yōu)化的問題
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ts優(yōu)化過渡態(tài)的時(shí)候，用gaussview畫過渡態(tài)，是把連接的兩個(gè)分子靠近還是用虛線連起來？ 另外，怎么判斷優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)是global minimum還是local minimum？我曾經(jīng)想計(jì)算一個(gè)旋轉(zhuǎn)能壘，由于分子自身對(duì)稱性，旋轉(zhuǎn)之后又回到原來的構(gòu)型。所以我直接畫圖轉(zhuǎn)到能量最高的構(gòu)型，但是優(yōu)化出來的還是原來的構(gòu)型，怎么解決這問題？ |
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dreamyeye
木蟲 (著名寫手)
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4樓2011-11-08 22:42:18
wolfzhong
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
gmy1990(金幣+2): 2011-11-08 12:47:07
ldzh0531(金幣+4): 謝謝，旋轉(zhuǎn)勢(shì)能面的問題能不能詳細(xì)點(diǎn)呢 2011-11-08 20:08:09
gmy1990(金幣+2): 2011-11-08 12:47:07
ldzh0531(金幣+4): 謝謝，旋轉(zhuǎn)勢(shì)能面的問題能不能詳細(xì)點(diǎn)呢 2011-11-08 20:08:09
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1.你連和不連，他就在那里，只是在gv里一個(gè)現(xiàn)實(shí)罷了。過渡態(tài)不好找，除了一些簡(jiǎn)單的之外（個(gè)人認(rèn)為）。 2.GM或LM的問題，憑當(dāng)個(gè)結(jié)構(gòu)是無法判斷的，關(guān)鍵是要找出所有可能的結(jié)構(gòu)，來比較他們的能量那個(gè)最低，才能得到GM；例如一個(gè)六環(huán)glucose分子就有100多個(gè)結(jié)構(gòu)，你得將這些全部找全。文獻(xiàn)中間有時(shí)聲稱的GM其實(shí)不是，因?yàn)樵O(shè)計(jì)的構(gòu)型不夠多。 3.旋轉(zhuǎn)的勢(shì)能面比較簡(jiǎn)單，若重疊式和交叉式的對(duì)稱性不同，可直接通過優(yōu)化對(duì)應(yīng)對(duì)稱性結(jié)構(gòu)得到；對(duì)于對(duì)稱性相同的情況下，可用opt=(ModRedun)限制兩個(gè)ligands的二面角得到重疊式。 |
2樓2011-11-08 12:44:01
3樓2011-11-08 20:12:13
wolfzhong
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【答案】應(yīng)助回帖
ldzh0531(金幣+2): 謝謝，我固定一下二面角試試 2011-11-09 12:24:13
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關(guān)于以乙烷為例：交叉是D3d；重疊式D3h；分別在兩個(gè)不同的對(duì)稱性下優(yōu)化就可知道重疊式有個(gè)小虛頻，對(duì)應(yīng)于旋轉(zhuǎn)，重疊式就是TS了。 乙烷上一個(gè)H被Cl取代，此時(shí)重疊式和交叉式都是Cs對(duì)稱性，于是你想優(yōu)化時(shí)候都是趨向能量低的交叉式；你在重疊式下優(yōu)化TS不知道行不行（旋轉(zhuǎn)勢(shì)能面太平），這種情況將C1H1C2Cl的二面角固定為0/180優(yōu)化出來的兩個(gè)基團(tuán)肯定是重疊的，我想這就是你想要的結(jié)果了吧。 |
5樓2011-11-09 02:46:30
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