 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (3720)
- >導(dǎo)師招生 (407)
- >考研 (341)
- >基金申請(qǐng) (271)
- >文獻(xiàn)求助 (157)
- >考博 (123)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (123)
- >休閑灌水 (50)
- >招聘信息布告欄 (39)
- >論文投稿 (37)
- >論文道賀祈福 (31)
- >碩博家園 (26)
- >博后之家 (25)
- >找工作 (18)
- >SciFinder/Reaxys (15)
- >教師之家 (11)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1455 | 回復(fù): 9 | |||
chemzhh至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
|
[交流]
【討論】關(guān)于如何優(yōu)化大體系的問(wèn)題 已有4人參與
|
|
大家看如下優(yōu)化大體系的想法如何 1先用小基組對(duì)體系做一個(gè)優(yōu)化，然后將其結(jié)果作為初始結(jié)構(gòu)用大基組再次優(yōu)化。這樣做可行嗎？能不能節(jié)省計(jì)算時(shí)間？我有點(diǎn)擔(dān)心小基組計(jì)算的結(jié)果有時(shí)候會(huì)不會(huì)誤入歧途，用作初始結(jié)構(gòu)給大基組計(jì)算反而得不到真正的結(jié)果 2用小基組優(yōu)化真實(shí)體系，或者用大基組優(yōu)化簡(jiǎn)化后的體系(例如用PMe3代替PPh3)，或者對(duì)真實(shí)體系用ONIOM處理，這三者哪一種要好一些。我也覺(jué)得這個(gè)問(wèn)題可能不能一概而論，想聽(tīng)一下大家的意見(jiàn)。 謝謝 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
求助立方晶體In(OH)3的CIF卡片
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
CSC訪(fǎng)學(xué)博后項(xiàng)目獲批，外方學(xué)校暫停合作該怎么辦？
已經(jīng)有51人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有234人回復(fù)
-
[電子教材]天津大學(xué)物理化學(xué)（第七版）上、下冊(cè)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
陰離子交換膜電解二氧化碳還原
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
分子動(dòng)力學(xué)模擬合作需求
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
九江學(xué)院2026年最新高層次人才招聘公告
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
深圳信息職業(yè)技術(shù)學(xué)院2026年教師招聘公告（最新）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
研究生招生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
山西大學(xué)資源與環(huán)境工程研究所化工分離/環(huán)境功能材料小組招收2026年博士生
已經(jīng)有2人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 關(guān)于Discover動(dòng)力學(xué)計(jì)算的一個(gè)問(wèn)題
已經(jīng)有26人回復(fù)
- 計(jì)算Cl-在Fe表面吸附問(wèn)題時(shí)體系加電荷方法
已經(jīng)有27人回復(fù)
- MS 32原子金屬體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化問(wèn)題求助
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】幾何優(yōu)化問(wèn)題
已經(jīng)有25人回復(fù)
- 【討論】關(guān)于md中系統(tǒng)穩(wěn)定的問(wèn)題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】?jī)?yōu)化體系時(shí)打開(kāi)與關(guān)閉自旋的問(wèn)題？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】siesta中關(guān)于幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化的問(wèn)題【完結(jié)】
已經(jīng)有17人回復(fù)
manson1998
金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
OLED達(dá)人
- QC強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 貴賓: 0.013
- 金幣: 587.4
- 散金: 1243
- 紅花: 7
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1402
- 在線(xiàn): 451.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 687411
- 注冊(cè): 2009-01-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 有機(jī)分子功能材料化學(xué)
★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
erylingjet(金幣+3):感謝交流！ 2010-10-19 19:49:38
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
erylingjet(金幣+3):感謝交流！ 2010-10-19 19:49:38
|
如果你的機(jī)器夠牛，就用全模型來(lái)做，計(jì)算方法只要能得到合理的結(jié)果就可以，不需要過(guò)高級(jí)別。 如果你的機(jī)器一般，建議你用簡(jiǎn)化模型來(lái)做，oniom省不了太多時(shí)間，并且說(shuō)服力不夠，還會(huì)遇到一些奇奇怪怪的問(wèn)題。 最主要的還是idea。你隨便翻翻前些年的jpcc jacs om，它們計(jì)算的方法或者說(shuō)模型都很簡(jiǎn)單，但是人家提出了新的機(jī)理或者說(shuō)新的概念。即使你再用超大基組，完整模型重復(fù)一下實(shí)驗(yàn)，得到了一些新的結(jié)果，也是借花獻(xiàn)佛，失去了競(jìng)爭(zhēng)力。 做paper第一是idea，第二是速度。 [ Last edited by manson1998 on 2010-10-18 at 18:26 ] |
2樓2010-10-18 18:20:02
chemzhh
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 19616.2
- 帖子: 1110
- 在線(xiàn): 180.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 94115
- 注冊(cè): 2005-09-26
- 性別: GG
3樓2010-10-18 19:47:03
zhengpc3505
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 193
- 散金: 15
- 紅花: 3
- 帖子: 268
- 在線(xiàn): 175.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 729426
- 注冊(cè): 2009-03-23
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 有機(jī)合成
4樓2010-10-19 00:37:17
manson1998
金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
OLED達(dá)人
- QC強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 貴賓: 0.013
- 金幣: 587.4
- 散金: 1243
- 紅花: 7
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1402
- 在線(xiàn): 451.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 687411
- 注冊(cè): 2009-01-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 有機(jī)分子功能材料化學(xué)
5樓2010-10-19 09:09:38
sobereva
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
本人已永久離開(kāi)小木蟲(chóng)
- QC強(qiáng)帖: 17
- 應(yīng)助: 226 (大學(xué)生)
- 貴賓: 5.4
- 金幣: 2180.5
- 紅花: 217
- 帖子: 1241
- 在線(xiàn): 366.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 281271
- 注冊(cè): 2006-09-23
- 專(zhuān)業(yè): 宇宙學(xué)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
erylingjet(金幣+5):感謝交流！ 2010-10-19 19:49:22
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
erylingjet(金幣+5):感謝交流！ 2010-10-19 19:49:22
|
1 一般來(lái)說(shuō)可行，也可以同時(shí)結(jié)合低級(jí)別理論方法，這種理念在高精度熱力學(xué)組合方法中的優(yōu)化步也有所體現(xiàn)。但對(duì)某些體系，低級(jí)別模型下無(wú)法哪怕定性地正確描述其結(jié)構(gòu)特點(diǎn)（比如色散作用主導(dǎo)的構(gòu)象），此時(shí)預(yù)優(yōu)化是徒勞，由此結(jié)構(gòu)開(kāi)始在高級(jí)別優(yōu)化至收斂的步數(shù)甚至多于直接從初猜結(jié)構(gòu)開(kāi)始的步數(shù)。 對(duì)于大體系的不同特征可以考慮用混合基組，不一定全都用小基組后再全都用大基組。 如果體系勢(shì)能面只有一個(gè)極小點(diǎn)，分步優(yōu)化和直接優(yōu)化結(jié)果是一樣的。但對(duì)于柔性大體系，小基組預(yù)優(yōu)化的結(jié)果與初猜結(jié)構(gòu)很可能不在大基組勢(shì)能面上同一個(gè)極小點(diǎn)的收斂區(qū)域內(nèi)，這時(shí)和直接大基組優(yōu)化結(jié)果就會(huì)不同，但不能說(shuō)是誤入歧途，只是得到了不同構(gòu)象。 2 如果只對(duì)某個(gè)區(qū)域感興趣，將不感興趣區(qū)域用簡(jiǎn)單模型代替是可以的，但必須注意被去掉的部分對(duì)感興趣的區(qū)域不能存在明顯耦合，如靜電、氫鍵、位阻作用。對(duì)相互作用復(fù)雜的體系并不容易靠模型簡(jiǎn)化，若處理不慎容易遭到質(zhì)疑。ONIOM是可行的，若感興趣區(qū)域周?chē)釉斐傻沫h(huán)境效應(yīng)不很強(qiáng)，卻又不能忽略的情況下，比如酶的活性位點(diǎn)，比用簡(jiǎn)單模型代替環(huán)境要好得多，但必須注意分層處也不能有明顯耦合，比如涉及多重鍵、成環(huán)等等。 |
6樓2010-10-19 18:14:45
manson1998
金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
OLED達(dá)人
- QC強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 貴賓: 0.013
- 金幣: 587.4
- 散金: 1243
- 紅花: 7
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1402
- 在線(xiàn): 451.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 687411
- 注冊(cè): 2009-01-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 有機(jī)分子功能材料化學(xué)
7樓2010-10-19 18:29:27
chemzhh
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 19616.2
- 帖子: 1110
- 在線(xiàn): 180.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 94115
- 注冊(cè): 2005-09-26
- 性別: GG
|
謝謝sobereva對(duì)這兩個(gè)問(wèn)題透徹的回答，我又聯(lián)想到一個(gè)相關(guān)的問(wèn)題。 用晶體結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)作為初始結(jié)構(gòu)或在其基礎(chǔ)上進(jìn)行修改作為初始結(jié)構(gòu)，是一個(gè)好方法嗎，當(dāng)然前提是有類(lèi)似的晶體結(jié)構(gòu)。 另外文獻(xiàn)中經(jīng)常有報(bào)道將計(jì)算的結(jié)果與晶體結(jié)構(gòu)的鍵長(zhǎng)、鍵角的數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，以此說(shuō)明計(jì)算結(jié)果的準(zhǔn)確性，這樣做有意義嗎？ 我聽(tīng)到一種說(shuō)法：晶體結(jié)構(gòu)是堆積之后的結(jié)構(gòu)，會(huì)與單個(gè)分子的結(jié)構(gòu)有差別，當(dāng)然晶體結(jié)構(gòu)是固態(tài)中的結(jié)構(gòu)，而計(jì)算的結(jié)構(gòu)應(yīng)該是在氣相中優(yōu)化的結(jié)果。 期待大家的熱烈討論。 |
8樓2010-10-19 21:04:32
chemzhh
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 19616.2
- 帖子: 1110
- 在線(xiàn): 180.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 94115
- 注冊(cè): 2005-09-26
- 性別: GG
9樓2010-10-19 22:14:47
manson1998
金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
OLED達(dá)人
- QC強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 貴賓: 0.013
- 金幣: 587.4
- 散金: 1243
- 紅花: 7
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 1402
- 在線(xiàn): 451.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 687411
- 注冊(cè): 2009-01-04
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 有機(jī)分子功能材料化學(xué)
★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
|
一般計(jì)算結(jié)果與實(shí)驗(yàn)值的比較能夠證明你的計(jì)算方法是否適用你所研究的體系，如果結(jié)果能很好的與實(shí)驗(yàn)值相符，那么你的計(jì)算結(jié)論才有一定的說(shuō)服力。對(duì)于一個(gè)陌生的體系，我覺(jué)得最好從晶體結(jié)構(gòu)出發(fā)作為計(jì)算的根據(jù)，將計(jì)算結(jié)果與晶體結(jié)構(gòu)相比較來(lái)驗(yàn)證。 過(guò)渡態(tài)對(duì)結(jié)構(gòu)的要求很精確，不過(guò)先用小基組計(jì)算可以比較快速的了解過(guò)渡態(tài)的基本構(gòu)型，防止無(wú)謂的用大基組浪費(fèi)時(shí)間。但是要注意分子內(nèi)的各特征相互作用，就像S說(shuō)的防止徒勞的預(yù)判。 |
10樓2010-10-20 09:07:02
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 chemzhh 的主題更新
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +7 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 17/850 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專(zhuān)業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +10 | yangfz 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +6 | lemonzzn 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 0854，計(jì)算機(jī)類(lèi)招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +8 | 大可digkids 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專(zhuān)家開(kāi)始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +8 | 一定有學(xué)上- 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自動(dòng)化所實(shí)習(xí) +6 | Losir 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿211 285分求調(diào)劑 +5 | ly3471z 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085600調(diào)劑 +5 | 漾漾123sun 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3 | yang_0104 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 招收0805（材料）調(diào)劑 +3 | 18595523086 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +5 | 一定有學(xué)上- 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 309分請(qǐng)求調(diào)劑 +7 | dtdxzxx 2026-03-12 | 8/400 |
|