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chemzhh至尊木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【討論】關(guān)于如何優(yōu)化大體系的問題 已有4人參與
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大家看如下優(yōu)化大體系的想法如何 1先用小基組對體系做一個優(yōu)化，然后將其結(jié)果作為初始結(jié)構(gòu)用大基組再次優(yōu)化。這樣做可行嗎？能不能節(jié)省計算時間？我有點擔心小基組計算的結(jié)果有時候會不會誤入歧途，用作初始結(jié)構(gòu)給大基組計算反而得不到真正的結(jié)果 2用小基組優(yōu)化真實體系，或者用大基組優(yōu)化簡化后的體系(例如用PMe3代替PPh3)，或者對真實體系用ONIOM處理，這三者哪一種要好一些。我也覺得這個問題可能不能一概而論，想聽一下大家的意見。 謝謝 |
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如果你的機器夠牛，就用全模型來做，計算方法只要能得到合理的結(jié)果就可以，不需要過高級別。 如果你的機器一般，建議你用簡化模型來做，oniom省不了太多時間，并且說服力不夠，還會遇到一些奇奇怪怪的問題。 最主要的還是idea。你隨便翻翻前些年的jpcc jacs om，它們計算的方法或者說模型都很簡單，但是人家提出了新的機理或者說新的概念。即使你再用超大基組，完整模型重復(fù)一下實驗，得到了一些新的結(jié)果，也是借花獻佛，失去了競爭力。 做paper第一是idea，第二是速度。 [ Last edited by manson1998 on 2010-10-18 at 18:26 ] |
2樓2010-10-18 18:20:02
chemzhh
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3樓2010-10-18 19:47:03
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4樓2010-10-19 00:37:17
5樓2010-10-19 09:09:38
sobereva
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1 一般來說可行，也可以同時結(jié)合低級別理論方法，這種理念在高精度熱力學(xué)組合方法中的優(yōu)化步也有所體現(xiàn)。但對某些體系，低級別模型下無法哪怕定性地正確描述其結(jié)構(gòu)特點（比如色散作用主導(dǎo)的構(gòu)象），此時預(yù)優(yōu)化是徒勞，由此結(jié)構(gòu)開始在高級別優(yōu)化至收斂的步數(shù)甚至多于直接從初猜結(jié)構(gòu)開始的步數(shù)。 對于大體系的不同特征可以考慮用混合基組，不一定全都用小基組后再全都用大基組。 如果體系勢能面只有一個極小點，分步優(yōu)化和直接優(yōu)化結(jié)果是一樣的。但對于柔性大體系，小基組預(yù)優(yōu)化的結(jié)果與初猜結(jié)構(gòu)很可能不在大基組勢能面上同一個極小點的收斂區(qū)域內(nèi)，這時和直接大基組優(yōu)化結(jié)果就會不同，但不能說是誤入歧途，只是得到了不同構(gòu)象。 2 如果只對某個區(qū)域感興趣，將不感興趣區(qū)域用簡單模型代替是可以的，但必須注意被去掉的部分對感興趣的區(qū)域不能存在明顯耦合，如靜電、氫鍵、位阻作用。對相互作用復(fù)雜的體系并不容易靠模型簡化，若處理不慎容易遭到質(zhì)疑。ONIOM是可行的，若感興趣區(qū)域周圍原子造成的環(huán)境效應(yīng)不很強，卻又不能忽略的情況下，比如酶的活性位點，比用簡單模型代替環(huán)境要好得多，但必須注意分層處也不能有明顯耦合，比如涉及多重鍵、成環(huán)等等。 |
6樓2010-10-19 18:14:45
7樓2010-10-19 18:29:27
chemzhh
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謝謝sobereva對這兩個問題透徹的回答，我又聯(lián)想到一個相關(guān)的問題。 用晶體結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)作為初始結(jié)構(gòu)或在其基礎(chǔ)上進行修改作為初始結(jié)構(gòu)，是一個好方法嗎，當然前提是有類似的晶體結(jié)構(gòu)。 另外文獻中經(jīng)常有報道將計算的結(jié)果與晶體結(jié)構(gòu)的鍵長、鍵角的數(shù)據(jù)進行比較，以此說明計算結(jié)果的準確性，這樣做有意義嗎？ 我聽到一種說法：晶體結(jié)構(gòu)是堆積之后的結(jié)構(gòu)，會與單個分子的結(jié)構(gòu)有差別，當然晶體結(jié)構(gòu)是固態(tài)中的結(jié)構(gòu)，而計算的結(jié)構(gòu)應(yīng)該是在氣相中優(yōu)化的結(jié)果。 期待大家的熱烈討論。 |
8樓2010-10-19 21:04:32
chemzhh
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9樓2010-10-19 22:14:47
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一般計算結(jié)果與實驗值的比較能夠證明你的計算方法是否適用你所研究的體系，如果結(jié)果能很好的與實驗值相符，那么你的計算結(jié)論才有一定的說服力。對于一個陌生的體系，我覺得最好從晶體結(jié)構(gòu)出發(fā)作為計算的根據(jù)，將計算結(jié)果與晶體結(jié)構(gòu)相比較來驗證。 過渡態(tài)對結(jié)構(gòu)的要求很精確，不過先用小基組計算可以比較快速的了解過渡態(tài)的基本構(gòu)型，防止無謂的用大基組浪費時間。但是要注意分子內(nèi)的各特征相互作用，就像S說的防止徒勞的預(yù)判。 |
10樓2010-10-20 09:07:02
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