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chemzhh至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
【討論】關(guān)于如何優(yōu)化大體系的問(wèn)題 已有4人參與
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大家看如下優(yōu)化大體系的想法如何 1先用小基組對(duì)體系做一個(gè)優(yōu)化，然后將其結(jié)果作為初始結(jié)構(gòu)用大基組再次優(yōu)化。這樣做可行嗎？能不能節(jié)省計(jì)算時(shí)間？我有點(diǎn)擔(dān)心小基組計(jì)算的結(jié)果有時(shí)候會(huì)不會(huì)誤入歧途，用作初始結(jié)構(gòu)給大基組計(jì)算反而得不到真正的結(jié)果 2用小基組優(yōu)化真實(shí)體系，或者用大基組優(yōu)化簡(jiǎn)化后的體系(例如用PMe3代替PPh3)，或者對(duì)真實(shí)體系用ONIOM處理，這三者哪一種要好一些。我也覺(jué)得這個(gè)問(wèn)題可能不能一概而論，想聽(tīng)一下大家的意見(jiàn)。 謝謝 |
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sobereva
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erylingjet(金幣+5):感謝交流！ 2010-10-19 19:49:22
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1 一般來(lái)說(shuō)可行，也可以同時(shí)結(jié)合低級(jí)別理論方法，這種理念在高精度熱力學(xué)組合方法中的優(yōu)化步也有所體現(xiàn)。但對(duì)某些體系，低級(jí)別模型下無(wú)法哪怕定性地正確描述其結(jié)構(gòu)特點(diǎn)（比如色散作用主導(dǎo)的構(gòu)象），此時(shí)預(yù)優(yōu)化是徒勞，由此結(jié)構(gòu)開(kāi)始在高級(jí)別優(yōu)化至收斂的步數(shù)甚至多于直接從初猜結(jié)構(gòu)開(kāi)始的步數(shù)。 對(duì)于大體系的不同特征可以考慮用混合基組，不一定全都用小基組后再全都用大基組。 如果體系勢(shì)能面只有一個(gè)極小點(diǎn)，分步優(yōu)化和直接優(yōu)化結(jié)果是一樣的。但對(duì)于柔性大體系，小基組預(yù)優(yōu)化的結(jié)果與初猜結(jié)構(gòu)很可能不在大基組勢(shì)能面上同一個(gè)極小點(diǎn)的收斂區(qū)域內(nèi)，這時(shí)和直接大基組優(yōu)化結(jié)果就會(huì)不同，但不能說(shuō)是誤入歧途，只是得到了不同構(gòu)象。 2 如果只對(duì)某個(gè)區(qū)域感興趣，將不感興趣區(qū)域用簡(jiǎn)單模型代替是可以的，但必須注意被去掉的部分對(duì)感興趣的區(qū)域不能存在明顯耦合，如靜電、氫鍵、位阻作用。對(duì)相互作用復(fù)雜的體系并不容易靠模型簡(jiǎn)化，若處理不慎容易遭到質(zhì)疑。ONIOM是可行的，若感興趣區(qū)域周圍原子造成的環(huán)境效應(yīng)不很強(qiáng)，卻又不能忽略的情況下，比如酶的活性位點(diǎn)，比用簡(jiǎn)單模型代替環(huán)境要好得多，但必須注意分層處也不能有明顯耦合，比如涉及多重鍵、成環(huán)等等。 |
6樓2010-10-19 18:14:45
manson1998
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如果你的機(jī)器夠牛，就用全模型來(lái)做，計(jì)算方法只要能得到合理的結(jié)果就可以，不需要過(guò)高級(jí)別。 如果你的機(jī)器一般，建議你用簡(jiǎn)化模型來(lái)做，oniom省不了太多時(shí)間，并且說(shuō)服力不夠，還會(huì)遇到一些奇奇怪怪的問(wèn)題。 最主要的還是idea。你隨便翻翻前些年的jpcc jacs om，它們計(jì)算的方法或者說(shuō)模型都很簡(jiǎn)單，但是人家提出了新的機(jī)理或者說(shuō)新的概念。即使你再用超大基組，完整模型重復(fù)一下實(shí)驗(yàn)，得到了一些新的結(jié)果，也是借花獻(xiàn)佛，失去了競(jìng)爭(zhēng)力。 做paper第一是idea，第二是速度。 [ Last edited by manson1998 on 2010-10-18 at 18:26 ] |
2樓2010-10-18 18:20:02
chemzhh
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3樓2010-10-18 19:47:03
zhengpc3505
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4樓2010-10-19 00:37:17
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