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ludeng8710新蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)問 能否在溶劑中只算過渡態(tài)單點(diǎn)能的情況下 把虛頻消掉？
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在氣相中求得了過渡態(tài) 在溶劑中只想算下單點(diǎn)能，但會(huì)有一兩個(gè)小虛頻 查看結(jié)構(gòu) 對(duì)應(yīng)著苯環(huán)之類的轉(zhuǎn)動(dòng) 請(qǐng)問 可不可以 |
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zhangmt
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
小紅豆(金幣+3): 謝謝 2011-11-14 21:04:52
小紅豆(金幣+3): 謝謝 2011-11-14 21:04:52
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莫名其妙的問題 既然是在氣相中得到的過渡態(tài)，那么也就是說你已經(jīng)確認(rèn)了，有且僅有一個(gè)虛頻，而且振動(dòng)模式正確。 然后在溶劑中只做單點(diǎn)算，既然只做單點(diǎn)算，那哪來的頻率呢？你到底是在溶劑中重新優(yōu)化了？重新找過渡態(tài)了？還是只做了單點(diǎn)算？還是算的同時(shí)做了頻率分析？看樣子是后者吧。。為什么呢？為什么單點(diǎn)算還要再做頻率分析呢？有何意義呢？那個(gè)結(jié)構(gòu)明明是氣相過渡態(tài)，在溶液中未必如此，做單點(diǎn)算的前提就是假定結(jié)構(gòu)變化不大而做的一個(gè)近似。你重做頻率分析，除了證明這是近似而不是真實(shí)溶液中的過渡態(tài)，還能說明什么？還是你在溶液中重新找了過渡態(tài)？ |
2樓2011-11-13 17:59:50
ludeng8710
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3樓2011-11-13 18:06:23
zhangmt
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ludeng8710(金幣+100): 很感謝 有些問題有些傻 但會(huì)認(rèn)真學(xué)習(xí)的 請(qǐng)不吝賜教 謝謝~ 2011-11-14 10:23:46
小紅豆(金幣+10): 謝謝 2011-11-14 21:05:22
ludeng8710(金幣+100): 很感謝 有些問題有些傻 但會(huì)認(rèn)真學(xué)習(xí)的 請(qǐng)不吝賜教 謝謝~ 2011-11-14 10:23:46
小紅豆(金幣+10): 謝謝 2011-11-14 21:05:22
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一般情況下沒必要在溶劑中尋找過渡態(tài)——雖然嚴(yán)格來說應(yīng)該如此，但你也知道，溶劑化模型很粗糙。重新找的過渡態(tài)也未必就正確。 你做溶劑化計(jì)算時(shí)，結(jié)果自然會(huì)給出△Gsol，用氣相的那個(gè)△G直接加上它就可以了啊。沒必要做頻率分析，何況這個(gè)時(shí)候做頻率分析不僅是無意義的，而且是錯(cuò)誤的。 |
4樓2011-11-13 22:29:19
ludeng8710
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5樓2011-11-14 10:22:20
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請(qǐng)問：我用scfvac關(guān)鍵詞以后，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)找到： DeltaG (solv) (kcal/mol) = ＊＊＊ （溶劑化能） 溶劑中的自由能：自由能=單點(diǎn)能+自由能校正（來自于頻率分析）+溶劑化能 這個(gè)“單點(diǎn)能”指的是算出來的SCF能量加上零點(diǎn)能校正么？ 需要加零點(diǎn)能校正么？ 【因?yàn)闅庀嘀羞^渡態(tài)的能量是直接提取的SCF(E)和Sum of electronic and thermal Free Energies（G）后面的數(shù)值】 這個(gè)“自由能校正（來自于頻率分析）”指的什么呀？ 謝謝~ |
6樓2011-11-14 17:11:02
ludeng8710
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7樓2011-11-14 17:13:01
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8樓2011-11-14 17:56:06
zhangmt
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小紅豆(金幣+5): 謝謝 2011-11-14 21:05:47
小紅豆(金幣+5): 謝謝 2011-11-14 21:05:47
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樓上已經(jīng)回答了，氣相中作頻率分析，得到的G用做過零點(diǎn)能校正后的值。 氣相不做頻率分析是得不到零點(diǎn)能校正的。 SCF得到的能量只是電子能，要加上平動(dòng)能、轉(zhuǎn)動(dòng)能、振動(dòng)能之后才得到內(nèi)能E，也就是熱力學(xué)上俗稱的U，再加上pV才是焓H，把分子當(dāng)做理想氣體，就直接加上kT即可（如果是摩爾內(nèi)能與摩爾焓，就是加上RT）。然后根據(jù)統(tǒng)計(jì)熱力學(xué)計(jì)算出當(dāng)前的熵S，再用H-TS，才得到G。 因此你的表述是錯(cuò)誤的。。不過這些計(jì)算過程只要你做了freq，Gaussian會(huì)替你完成的，你直接讀結(jié)果就可以了。 |
9樓2011-11-14 19:39:02
ludeng8710
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