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pinebj金蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助】過渡態(tài)出現(xiàn)2個(gè)虛頻 已有2人參與
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大家好, 我優(yōu)化得到的過渡態(tài)做頻率分析時(shí)有兩個(gè)虛頻,750i,115i,其中750i正是我要的,但是如何消除115i這個(gè)虛頻呢?謝謝! |
至尊木蟲 (著名寫手)
我叫MT
| 如果你有g(shù)view4.0以上的版本,打開log文件,顯示頻率,然后選中你不要的那個(gè)虛頻,在最下面那個(gè)"Manual Displacement",然后在拖動(dòng)滑竿,或直接在右面文本框輸入數(shù)字(一般在0.2-0.8)之間,我習(xí)慣用0.2或0.3,然后點(diǎn)擊右面的存儲(chǔ)按鈕"Save Structure",,就會(huì)生成一個(gè)新的坐標(biāo)文件gjf,用這個(gè)繼續(xù)跑opt,不要的那個(gè)虛頻多數(shù)都能去掉了。記住要4.0以上,3.x的版本沒有這個(gè)功能,需要自己手工計(jì)算虛頻的坐標(biāo),然后乘以一個(gè)系數(shù)(也就是我說的那個(gè)0.2或0.3)再去修改所有原子的坐標(biāo)。 |


金蟲 (小有名氣)
金蟲 (小有名氣)
金蟲 (初入文壇)
木蟲 (著名寫手)
| 哦,給你一個(gè)更簡單的方法。首先看清楚不要的那個(gè)虛頻的振動(dòng)方向,然后按照主要振動(dòng)原子的振動(dòng)方向?qū)⒃游灰,這就會(huì)破壞那個(gè)虛頻的振動(dòng),更多的時(shí)候是破壞了對(duì)稱性。然后用新的坐標(biāo)再優(yōu)化時(shí),就會(huì)得到正確的了。用Chem3D和GaussView都可以做,也可以根據(jù)虛頻的相對(duì)各原子運(yùn)動(dòng)強(qiáng)度將位移直接加到最后的坐標(biāo)中。 |
金蟲 (初入文壇)
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新蟲 (小有名氣)
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