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zhugezilong木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
分子對(duì)稱(chēng)性的選擇問(wèn)題
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我最近想分析一下一個(gè)多酸化合物Mo6O19的分子軌道并計(jì)算其吸收光譜。這個(gè)分子是個(gè)-2價(jià)的分子，Mo是正6價(jià)，O為-2價(jià)，是正六面體結(jié)構(gòu)，分子對(duì)稱(chēng)性為Oh。在這個(gè)分子中其中有個(gè)氧分子是位于正六面體的體心位置的，和6個(gè)鉬都有共價(jià)鍵作用。 我用晶體cif文件選取分子坐標(biāo)，然后用gaussview將其處理成Oh對(duì)稱(chēng)性，并在優(yōu)化過(guò)程中讓其保持對(duì)稱(chēng)性不變，用rb3lyp/3-21G進(jìn)行優(yōu)化，電荷為-2，S為1，結(jié)果優(yōu)化后的得到的Oh構(gòu)型中存在三個(gè)一樣的虛頻。 1 2 3 T1G T1G T1G Frequencies -- -160.3709 -160.3709 -160.3709 Red. masses -- 22.9099 22.9099 22.9099 Frc consts -- 0.3472 0.3472 0.3472 IR Inten -- 0.0000 0.0000 0.0000 如果把虛頻坐標(biāo)加到優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)中后再進(jìn)行優(yōu)化的話(huà)，虛頻消除了，但是分子的對(duì)稱(chēng)性就從Oh變?yōu)榱薈1。如果限定為Oh對(duì)稱(chēng)性的話(huà)，總是會(huì)出現(xiàn)三個(gè)一樣的虛頻。 我想研究這個(gè)分子的吸收光譜和激發(fā)態(tài)。我想問(wèn)下，我應(yīng)該采用沒(méi)有虛頻的C1對(duì)稱(chēng)性結(jié)構(gòu)去計(jì)算TD-DFT，還是應(yīng)該采用帶有虛頻的Oh對(duì)稱(chēng)性結(jié)構(gòu)呢？ 有辦法在保持高對(duì)稱(chēng)性的同時(shí)來(lái)消除虛頻嗎？ 非常感謝。 Mo6O19結(jié)構(gòu) [ Last edited by zhugezilong on 2011-11-18 at 22:09 ] |
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beefly
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4樓2011-11-20 23:07:56
beefly
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gmy1990(金幣+3): 2011-11-18 22:33:06
gmy1990(金幣+3): 2011-11-18 22:33:06
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這里有三個(gè)簡(jiǎn)并的虛頻模式，可能結(jié)果造成三個(gè)模式的簡(jiǎn)正坐標(biāo)混在一起，降低對(duì)稱(chēng)性后，每個(gè)模式對(duì)應(yīng)的都不是簡(jiǎn)正坐標(biāo)。導(dǎo)致從Oh一下降到C1對(duì)稱(chēng)性。 遇到這種問(wèn)題，要么根據(jù)振動(dòng)動(dòng)畫(huà)猜出“干凈的”簡(jiǎn)正坐標(biāo)�；蛘哂锰幚韺�(duì)稱(chēng)性比較好的其它程序幫助分析，比如ADF。 |
2樓2011-11-18 22:21:43
zhugezilong
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3樓2011-11-20 13:24:01
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5樓2011-11-21 13:49:37
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