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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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zhongyunxia

新蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 化工熱力學(xué)和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)

[求助] 急！mol2轉(zhuǎn)化為pdb后結(jié)構(gòu)不對

各位，我把小分子的mol2文件用viewpro轉(zhuǎn)化為pdb格式后，按照pdb的格式修改了，用viewpro看，只有小分子的15個原子，沒有成型的圖，請教各位高手，這種情況該如何讓處理��？還請各位大蝦幫忙，我感激不盡！

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1樓 2011-11-21 15:49:36

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tenkou

新蟲 (初入文壇)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金幣+1): 謝謝~ 2011-11-24 16:08:55
zhongyunxia(金幣+20): 非常感謝�。�！ 2011-11-24 17:20:52
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-11-25 10:41:41

“沒有成型的圖”是什么意思？是說沒有鍵連信息么？如果是這樣的話，看看你的pdb里面有沒有CONECT的信息。舉個例子，在SYBYL里面畫一個H2O，保存mol2格式是這樣的：

# Name:
# Creating user name: Administrator
# Creation time: Wed Nov 23 19:18:57 2011

# Modifying user name: Administrator
# Modification time: Wed Nov 23 19:19:09 2011

@MOLECULE
****
3    2    1    2    0
SMALL
USER_CHARGES

@ATOM
   1 O1       -10.7821 2.4395 0.0000 O.3    1 <1>       0.0000
   2 H1       -9.8645 2.6852 -0.0057 H       1 <1>       0.0000
   3 H2       -10.9770 1.9250 -0.7745 H       1 <1>       0.0000
@BOND
   1 1 2 1
   2 1 3 1
@SUBSTRUCTURE
   1 ****       1 TEMP             0 ****  **** 0 ROOT
@NORMAL
@FF_PBC
FORCE_FIELD_SETUP_FEATURE Force Field Setup information
v1.0  0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 NONE 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
@RENDERING_ATTRS
ANTIALIASED_LINES
*

你轉(zhuǎn)換為PDB的話應(yīng)該是類似于這樣：

HEADER UNNAMED
COMPND UNNAMED
REMARK GENERATED BY SYBYL (TRIPOS, INC.)    23-NOV-11
HETATM 1  O1  UNK A 1    -10.782 2.439 0.000  1.00  0.00          O
HETATM 2  H2  UNK A 1    -10.977 1.925  -0.774  1.00  0.00          H
HETATM 3  H1  UNK A 1    -9.864 2.685  -0.006  1.00  0.00          H
CONECT 1 2 3
CONECT 2 1
CONECT 3 1
MASTER       0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0
END

CONECT就是原子之間的連接信息。而且，這三個原子的組別編號都是1，即使沒有CONECT，一般的軟件也應(yīng)該會補(bǔ)齊相關(guān)的鍵的。

另，沒用過viewpro。openbabel轉(zhuǎn)出來應(yīng)該是沒啥問題的

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回復(fù)此樓

2樓2011-11-23 19:33:51