版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

zhongyunxia

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 768.4
散金: 1
帖子: 183
在線: 76.6小時(shí)
蟲號(hào): 1338148
注冊(cè): 2011-07-05
專業(yè): 化工熱力學(xué)和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)

[求助] 急！mol2轉(zhuǎn)化為pdb后結(jié)構(gòu)不對(duì)

各位，我把小分子的mol2文件用viewpro轉(zhuǎn)化為pdb格式后，按照pdb的格式修改了，用viewpro看，只有小分子的15個(gè)原子，沒有成型的圖，請(qǐng)教各位高手，這種情況該如何讓處理�。� 還請(qǐng)各位大蝦幫忙，我感激不盡！

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

一志愿雙一流機(jī)械285分求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
一志愿：西北大學(xué)，英一數(shù)一408-284分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
291求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
化學(xué)0703 調(diào)劑 306分一志愿211 已經(jīng)有5人回復(fù)
275求調(diào)劑已經(jīng)有16人回復(fù)
調(diào)劑310 已經(jīng)有11人回復(fù)
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二已經(jīng)有9人回復(fù)
296求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

如何從下載的PDB文件中提取酶的活性中心已經(jīng)有6人回復(fù)
為什么最近做連接轉(zhuǎn)化總是失敗已經(jīng)有20人回復(fù)
各位高人！孿晶有沒有可能是超晶格結(jié)構(gòu)？已經(jīng)有10人回復(fù)
求助一個(gè)關(guān)于釀酒酵母轉(zhuǎn)化的問題已經(jīng)有19人回復(fù)
急！！T淋巴細(xì)胞轉(zhuǎn)化試驗(yàn) 已經(jīng)有8人回復(fù)
【課件】結(jié)構(gòu)化學(xué)（中科大）已經(jīng)有253人回復(fù)
怎么判斷晶體結(jié)構(gòu)是一維？二維？三維�。� 已經(jīng)有15人回復(fù)
引物設(shè)計(jì)對(duì)轉(zhuǎn)化的影響已經(jīng)有7人回復(fù)
球形納米金顆粒的結(jié)構(gòu) 已經(jīng)有7人回復(fù)
請(qǐng)問怎么提高懸浮聚合轉(zhuǎn)化率？怎么除去殘留單體？已經(jīng)有6人回復(fù)
白鎢礦晶體結(jié)構(gòu) 已經(jīng)有9人回復(fù)
鋅粒在氯化銨溶液中如何轉(zhuǎn)化為鋅粉？已經(jīng)有3人回復(fù)
sybyl完成分子對(duì)接后，如何將配體和蛋白一起導(dǎo)出為pdb文件？已經(jīng)有12人回復(fù)
AutoDock產(chǎn)生的結(jié)果dlg文件轉(zhuǎn)化成pdb文件已經(jīng)有13人回復(fù)

1樓 2011-11-21 15:49:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

tenkou

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 6 (幼兒園)
金幣: 207.4
帖子: 18
在線: 7.6小時(shí)
蟲號(hào): 1171014
注冊(cè): 2010-12-16

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金幣+1): 謝謝~ 2011-11-24 16:08:55
zhongyunxia(金幣+20): 非常感謝！�。� 2011-11-24 17:20:52
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-11-25 10:41:41

“沒有成型的圖”是什么意思？是說沒有鍵連信息么？如果是這樣的話，看看你的pdb里面有沒有CONECT的信息。舉個(gè)例子，在SYBYL里面畫一個(gè)H2O，保存mol2格式是這樣的：

# Name:
# Creating user name: Administrator
# Creation time: Wed Nov 23 19:18:57 2011

# Modifying user name: Administrator
# Modification time: Wed Nov 23 19:19:09 2011

@MOLECULE
****
3    2    1    2    0
SMALL
USER_CHARGES

@ATOM
   1 O1       -10.7821 2.4395 0.0000 O.3    1 <1>       0.0000
   2 H1       -9.8645 2.6852 -0.0057 H       1 <1>       0.0000
   3 H2       -10.9770 1.9250 -0.7745 H       1 <1>       0.0000
@BOND
   1 1 2 1
   2 1 3 1
@SUBSTRUCTURE
   1 ****       1 TEMP             0 ****  **** 0 ROOT
@NORMAL
@FF_PBC
FORCE_FIELD_SETUP_FEATURE Force Field Setup information
v1.0  0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 NONE 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
@RENDERING_ATTRS
ANTIALIASED_LINES
*

你轉(zhuǎn)換為PDB的話應(yīng)該是類似于這樣：

HEADER UNNAMED
COMPND UNNAMED
REMARK GENERATED BY SYBYL (TRIPOS, INC.)    23-NOV-11
HETATM 1  O1  UNK A 1    -10.782 2.439 0.000  1.00  0.00          O
HETATM 2  H2  UNK A 1    -10.977 1.925  -0.774  1.00  0.00          H
HETATM 3  H1  UNK A 1    -9.864 2.685  -0.006  1.00  0.00          H
CONECT 1 2 3
CONECT 2 1
CONECT 3 1
MASTER       0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0
END

CONECT就是原子之間的連接信息。而且，這三個(gè)原子的組別編號(hào)都是1，即使沒有CONECT，一般的軟件也應(yīng)該會(huì)補(bǔ)齊相關(guān)的鍵的。

另，沒用過viewpro。openbabel轉(zhuǎn)出來應(yīng)該是沒啥問題的

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

2樓2011-11-23 19:33:51