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astringent

銅蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
金幣: 2210.7
散金: 1233
紅花: 4
帖子: 1180
在線: 354.8小時
蟲號: 900839
注冊: 2009-11-12
專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

[求助] gromacs單點(diǎn)能運(yùn)行不下去

我想gromacs對某一特定構(gòu)型進(jìn)行單點(diǎn)能量的計(jì)算，我的體系就是一個弱鍵化合物周圍有40個水分子，可是當(dāng)我計(jì)算的時候，就出現(xiàn)下面的錯誤，無法進(jìn)行下去。
NOTE 1 [file test.top, line 49]:
  Zero-step energy minimization will alter the coordinates before
  calculating the energy. If you just want the energy of a single point,
  try zero-step MD (with unconstrained_start = yes). To do multiple
  single-point energy evaluations of different configurations of the same
  topology, use mdrun -rerun.

Analysing residue names:
There are:    1    Other residues
There are: 50    Water residues
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 474.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.330, 0.179 nm
Largest charge group radii for Coulomb:    0.330, 0.237 nm

WARNING 2 [file test.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (0.567054) is larger than
  rlist (0.500000)

Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 12x12x12, spacing 0.113 0.102 0.103
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.55

NOTE 2 [file test.mdp]:
  The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5
  and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,
  for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing

This run will generate roughly 0 Mb of data

There were 2 notes

There were 2 warnings

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584

Fatal error:
Too many warnings (2), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
請問該如何解決？
另外，我的弱鍵化合物是NH3....CH3BR，我自己寫的top文件，只定義了鍵長和健角，請問對于這種弱鍵化合物，還存在pairs相互作用嗎？請大家指點(diǎn)，在此謝過

[ Last edited by ghcacj on 2011-11-30 at 08:05 ]

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1樓 2011-11-30 07:46:08

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