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藍紫色玻璃心新蟲 (小有名氣)
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[求助]
topol文件不識別小分子 已有1人參與
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最近剛剛學gromacs，按照網(wǎng)上的tutorial步驟走遇到一個問題就是我要添加我的小分子到pdb2gmx產(chǎn)生的conf.gro文件，我按照網(wǎng)上的tutorial添加需要的文件之后，還是不識別我的小分子，怎么辦？我把topol文件里面的分子數(shù)手動修改之后，就出現(xiàn)下面的錯誤了 NOTE 1 [file topol.top, line 10673]: System has non-zero total charge: 6.000001e+00 Warning: atom name 1694 in topol.top and solv.gro does not match (CAA - AA) Warning: atom name 1695 in topol.top and solv.gro does not match (CAG - AG) Warning: atom name 1696 in topol.top and solv.gro does not match (CAH - AH) Warning: atom name 1697 in topol.top and solv.gro does not match (CAJ - AJ) Warning: atom name 1698 in topol.top and solv.gro does not match (CAF - AF) Warning: atom name 1699 in topol.top and solv.gro does not match (HAG - AG) Warning: atom name 1700 in topol.top and solv.gro does not match (CAD - AD) Warning: atom name 1701 in topol.top and solv.gro does not match (HAE - AE) Warning: atom name 1702 in topol.top and solv.gro does not match (CAC - AC) Warning: atom name 1703 in topol.top and solv.gro does not match (HAD - AD) Warning: atom name 1704 in topol.top and solv.gro does not match (CAE - AE) Warning: atom name 1705 in topol.top and solv.gro does not match (HAF - AF) Warning: atom name 1706 in topol.top and solv.gro does not match (CAI - AI) Warning: atom name 1707 in topol.top and solv.gro does not match (OAB - AB) Warning: atom name 1708 in topol.top and solv.gro does not match (HAL - AL) WARNING 1 [file topol.top, line 10673]: 15 non-matching atom names atom names from topol.top will be used atom names from solv.gro will be ignored NOTE 2 [file topol.top]: The largest charge group contains 11 atoms. Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge groups can lead to serious cut-off artifacts. For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms. For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc. Analysing residue names: There are: 163 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 10445 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 67791.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.354, 0.287 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.354, 0.287 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 72x72x72, spacing 0.109 0.109 0.109 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.37 This run will generate roughly 383 Mb of data There were 2 notes There was 1 warning 這個怎么辦？ |
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:59:40
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-12-31 17:51:48
感謝參與，應助指數(shù) +1
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:59:40
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-12-31 17:51:48
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There was 1 warning 這個warning可以忽略不管，因為： atom names from topol.top will be used atom names from solv.gro will be ignored 我在做模擬的時候，也遇到過類似的問題，這個warning忽略掉不會影響。在后續(xù)的模擬中，就不會提示了。 There were 2 notes 第一個notes的意思是你的體系沒有電中性，你的 系統(tǒng)帶有6e個電荷 因此你需要給系統(tǒng)添加 -6e個電荷 |
3樓2011-12-30 22:32:15
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵交流 2011-12-30 22:28:14
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:53:56
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵交流 2011-12-30 22:28:14
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:53:56
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Warning存在的問題：你在top文件里面的分子的排例順序與gro文件出現(xiàn)的順序不一樣，所以會這樣。舉個例子，如果你的體系有兩種物種A與B.A有10個原子組成（A1,....A10），B有5個原子組成(B1,....B5). 在拓撲文件里面，若你是這樣寫的話： [ molecules ] A 10 B 10 那么，你的gro文件里面的順序也必須是：先寫10個A分子的坐標，然后再寫10B分子的坐標。這樣，才能一一對應。 如果你的gro文件是先寫10B分子，然后再寫10A分子的話，那么，前50個原子都會對不上號，即A1--B1,這樣的mismatching的現(xiàn)像。假如這個時候，你忽略這個warning(-maxwarn 來忽略)，那么，就按top文件這個順序走下去，顯然會出現(xiàn)錯誤。 結(jié)論是：你再檢查一下你的top與gro有沒有一一對應。 |
2樓2011-12-30 21:39:53
藍紫色玻璃心
新蟲 (小有名氣)
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4樓2011-12-31 08:59:14
5樓2011-12-31 19:59:32
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