 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2879 | 回復: 8 | ||
藍紫色玻璃心新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
topol文件不識別小分子 已有1人參與
|
|
最近剛剛學gromacs，按照網上的tutorial步驟走遇到一個問題就是我要添加我的小分子到pdb2gmx產生的conf.gro文件，我按照網上的tutorial添加需要的文件之后，還是不識別我的小分子，怎么辦？我把topol文件里面的分子數(shù)手動修改之后，就出現(xiàn)下面的錯誤了 NOTE 1 [file topol.top, line 10673]: System has non-zero total charge: 6.000001e+00 Warning: atom name 1694 in topol.top and solv.gro does not match (CAA - AA) Warning: atom name 1695 in topol.top and solv.gro does not match (CAG - AG) Warning: atom name 1696 in topol.top and solv.gro does not match (CAH - AH) Warning: atom name 1697 in topol.top and solv.gro does not match (CAJ - AJ) Warning: atom name 1698 in topol.top and solv.gro does not match (CAF - AF) Warning: atom name 1699 in topol.top and solv.gro does not match (HAG - AG) Warning: atom name 1700 in topol.top and solv.gro does not match (CAD - AD) Warning: atom name 1701 in topol.top and solv.gro does not match (HAE - AE) Warning: atom name 1702 in topol.top and solv.gro does not match (CAC - AC) Warning: atom name 1703 in topol.top and solv.gro does not match (HAD - AD) Warning: atom name 1704 in topol.top and solv.gro does not match (CAE - AE) Warning: atom name 1705 in topol.top and solv.gro does not match (HAF - AF) Warning: atom name 1706 in topol.top and solv.gro does not match (CAI - AI) Warning: atom name 1707 in topol.top and solv.gro does not match (OAB - AB) Warning: atom name 1708 in topol.top and solv.gro does not match (HAL - AL) WARNING 1 [file topol.top, line 10673]: 15 non-matching atom names atom names from topol.top will be used atom names from solv.gro will be ignored NOTE 2 [file topol.top]: The largest charge group contains 11 atoms. Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge groups can lead to serious cut-off artifacts. For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms. For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc. Analysing residue names: There are: 163 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 10445 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 67791.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.354, 0.287 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.354, 0.287 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 72x72x72, spacing 0.109 0.109 0.109 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.37 This run will generate roughly 383 Mb of data There were 2 notes There was 1 warning 這個怎么辦？ |
回復此樓» 猜你喜歡
268求調劑
已經有9人回復
-
301求調劑
已經有4人回復
-
0703化學336分求調劑
已經有5人回復
-
301求調劑
已經有4人回復
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經有9人回復
-
304求調劑
已經有8人回復
-
材料工程專碩調劑
已經有5人回復
-
344求調劑
已經有4人回復
-
326求調劑
已經有6人回復
-
296求調劑
已經有4人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 分子進化
已經有60人回復
- 有人遇到過MS文件讀寫錯誤的情況嗎？
已經有4人回復
- 求助蛋白純化的高手
已經有5人回復
- 求可以說明主客體分子識別的實驗
已經有10人回復
- 15個金幣求助投哪個期刊雜志（分子識別方面）
已經有4人回復
- QMolSymmetry:分子對稱性識別，調整，優(yōu)化（C++源碼）
已經有6人回復
- 使用towhee進行GEMC模擬相平衡的MC運動定義問題..
已經有15人回復
- 如何入門有機中的分子識別或者離子識別或者陰陽離子受體等方向大討論
已經有4人回復
- 【求助】玻璃化轉變溫度的識別
已經有20人回復
- 【轉貼】識別圖片PDF文件中的文字【已搜索無重復】
已經有16人回復
- CTEX2.8編輯的文件TEX/LATEX2.0識別嗎
已經有6人回復
- 【求助】namd和vmd就只能識別.pdb.psf.coor.vel等文件嗎
已經有6人回復
- 專題調查Understanding Molecular Simulation: from Algorithm to Application
已經有39人回復
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵交流 2011-12-30 22:28:14
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:53:56
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵交流 2011-12-30 22:28:14
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:53:56
|
Warning存在的問題：你在top文件里面的分子的排例順序與gro文件出現(xiàn)的順序不一樣，所以會這樣。舉個例子，如果你的體系有兩種物種A與B.A有10個原子組成（A1,....A10），B有5個原子組成(B1,....B5). 在拓撲文件里面，若你是這樣寫的話： [ molecules ] A 10 B 10 那么，你的gro文件里面的順序也必須是：先寫10個A分子的坐標，然后再寫10B分子的坐標。這樣，才能一一對應。 如果你的gro文件是先寫10B分子，然后再寫10A分子的話，那么，前50個原子都會對不上號，即A1--B1,這樣的mismatching的現(xiàn)像。假如這個時候，你忽略這個warning(-maxwarn 來忽略)，那么，就按top文件這個順序走下去，顯然會出現(xiàn)錯誤。 結論是：你再檢查一下你的top與gro有沒有一一對應。 |
2樓2011-12-30 21:39:53
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:59:40
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-12-31 17:51:48
感謝參與，應助指數(shù) +1
藍紫色玻璃心(金幣+1): 2011-12-31 08:59:40
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-12-31 17:51:48
|
There was 1 warning 這個warning可以忽略不管，因為： atom names from topol.top will be used atom names from solv.gro will be ignored 我在做模擬的時候，也遇到過類似的問題，這個warning忽略掉不會影響。在后續(xù)的模擬中，就不會提示了。 There were 2 notes 第一個notes的意思是你的體系沒有電中性，你的 系統(tǒng)帶有6e個電荷 因此你需要給系統(tǒng)添加 -6e個電荷 |
3樓2011-12-30 22:32:15
藍紫色玻璃心
新蟲 (小有名氣)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1434.5
- 帖子: 66
- 在線: 38.3小時
- 蟲號: 973642
- 注冊: 2010-03-17
- 專業(yè): 化學計量學與化學信息學
4樓2011-12-31 08:59:14
5樓2011-12-31 19:59:32
juanjuan0618
銅蟲 (小有名氣)
- 應助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 179.6
- 帖子: 94
- 在線: 23.6小時
- 蟲號: 1160553
- 注冊: 2010-12-02
- 專業(yè): 實驗地球化學和計算地球化
6樓2014-03-07 19:44:22
fangsteel
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 96 (初中生)
- 金幣: 1213.6
- 散金: 32
- 紅花: 22
- 帖子: 456
- 在線: 192.1小時
- 蟲號: 2248690
- 注冊: 2013-01-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 原子和分子物理
7樓2014-03-07 19:52:02
juanjuan0618
銅蟲 (小有名氣)
- 應助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 179.6
- 帖子: 94
- 在線: 23.6小時
- 蟲號: 1160553
- 注冊: 2010-12-02
- 專業(yè): 實驗地球化學和計算地球化
8樓2014-03-07 21:18:30
fangsteel
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 96 (初中生)
- 金幣: 1213.6
- 散金: 32
- 紅花: 22
- 帖子: 456
- 在線: 192.1小時
- 蟲號: 2248690
- 注冊: 2013-01-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 原子和分子物理
9樓2014-03-08 13:48:51
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 藍紫色玻璃心 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 268求調劑 +8 | 一定有學上- 2026-03-14 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調劑 +4 | 慕寒mio 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 293求調劑 +6 | zjl的號 2026-03-16 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京大學，080500材料科學與工程，調劑 +4 | Jy? 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學材料專碩339分求調劑 +3 | 木子momo青爭 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學工程與技術319求調劑 +5 | Liwangman 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學調劑 +6 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學調劑 ，六級已過，有科研經歷 +7 | 曦熙兮 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 311求調劑 +5 | 26研0 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學調劑，求各位老師收留 +8 | 秋有木北 2026-03-14 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學327求調劑推薦 +7 | Ncdx123456 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 26考研一志愿中國石油大學(華東)305分求調劑 +3 | 嘉年新程 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個專家，不知道名字 +3 | zk200107 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 279求調劑 +3 | 抓著星星的女孩 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 復試調劑 +9 | Copy267 2026-03-10 | 9/450 |
|
|
|
[考研] ［0860］321分求調劑，ab區(qū)皆可 +4 | 寶貴熱 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +7 | 7712b 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0856化學工程280分求調劑 +4 | shenzxsn 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 333求調劑 +3 | 152697 2026-03-12 | 4/200 |
|