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藍(lán)紫色玻璃心新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
topol文件不識(shí)別小分子 已有1人參與
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最近剛剛學(xué)gromacs，按照網(wǎng)上的tutorial步驟走遇到一個(gè)問(wèn)題就是我要添加我的小分子到pdb2gmx產(chǎn)生的conf.gro文件，我按照網(wǎng)上的tutorial添加需要的文件之后，還是不識(shí)別我的小分子，怎么辦？我把topol文件里面的分子數(shù)手動(dòng)修改之后，就出現(xiàn)下面的錯(cuò)誤了 NOTE 1 [file topol.top, line 10673]: System has non-zero total charge: 6.000001e+00 Warning: atom name 1694 in topol.top and solv.gro does not match (CAA - AA) Warning: atom name 1695 in topol.top and solv.gro does not match (CAG - AG) Warning: atom name 1696 in topol.top and solv.gro does not match (CAH - AH) Warning: atom name 1697 in topol.top and solv.gro does not match (CAJ - AJ) Warning: atom name 1698 in topol.top and solv.gro does not match (CAF - AF) Warning: atom name 1699 in topol.top and solv.gro does not match (HAG - AG) Warning: atom name 1700 in topol.top and solv.gro does not match (CAD - AD) Warning: atom name 1701 in topol.top and solv.gro does not match (HAE - AE) Warning: atom name 1702 in topol.top and solv.gro does not match (CAC - AC) Warning: atom name 1703 in topol.top and solv.gro does not match (HAD - AD) Warning: atom name 1704 in topol.top and solv.gro does not match (CAE - AE) Warning: atom name 1705 in topol.top and solv.gro does not match (HAF - AF) Warning: atom name 1706 in topol.top and solv.gro does not match (CAI - AI) Warning: atom name 1707 in topol.top and solv.gro does not match (OAB - AB) Warning: atom name 1708 in topol.top and solv.gro does not match (HAL - AL) WARNING 1 [file topol.top, line 10673]: 15 non-matching atom names atom names from topol.top will be used atom names from solv.gro will be ignored NOTE 2 [file topol.top]: The largest charge group contains 11 atoms. Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge groups can lead to serious cut-off artifacts. For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms. For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc. Analysing residue names: There are: 163 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 10445 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 67791.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.354, 0.287 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.354, 0.287 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 72x72x72, spacing 0.109 0.109 0.109 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.37 This run will generate roughly 383 Mb of data There were 2 notes There was 1 warning 這個(gè)怎么辦？ |
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juanjuan0618
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8樓2014-03-07 21:18:30
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Warning存在的問(wèn)題：你在top文件里面的分子的排例順序與gro文件出現(xiàn)的順序不一樣，所以會(huì)這樣。舉個(gè)例子，如果你的體系有兩種物種A與B.A有10個(gè)原子組成（A1,....A10），B有5個(gè)原子組成(B1,....B5). 在拓?fù)湮募锩�，若你是這樣寫(xiě)的話(huà)： [ molecules ] A 10 B 10 那么，你的gro文件里面的順序也必須是：先寫(xiě)10個(gè)A分子的坐標(biāo)，然后再寫(xiě)10B分子的坐標(biāo)。這樣，才能一一對(duì)應(yīng)。 如果你的gro文件是先寫(xiě)10B分子，然后再寫(xiě)10A分子的話(huà)，那么，前50個(gè)原子都會(huì)對(duì)不上號(hào)，即A1--B1,這樣的mismatching的現(xiàn)像。假如這個(gè)時(shí)候，你忽略這個(gè)warning(-maxwarn 來(lái)忽略)，那么，就按top文件這個(gè)順序走下去，顯然會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。 結(jié)論是：你再檢查一下你的top與gro有沒(méi)有一一對(duì)應(yīng)。 |
2樓2011-12-30 21:39:53
【答案】應(yīng)助回帖
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御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-12-31 17:51:48
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御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-12-31 17:51:48
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There was 1 warning 這個(gè)warning可以忽略不管，因?yàn)椋? atom names from topol.top will be used atom names from solv.gro will be ignored 我在做模擬的時(shí)候，也遇到過(guò)類(lèi)似的問(wèn)題，這個(gè)warning忽略掉不會(huì)影響。在后續(xù)的模擬中，就不會(huì)提示了。 There were 2 notes 第一個(gè)notes的意思是你的體系沒(méi)有電中性，你的 系統(tǒng)帶有6e個(gè)電荷 因此你需要給系統(tǒng)添加 -6e個(gè)電荷 |
3樓2011-12-30 22:32:15
藍(lán)紫色玻璃心
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御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-12-31 17:52:05
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-12-31 17:52:05
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這個(gè)warning，我試了兩種方法，一種是沒(méi)管他，后面好像也沒(méi)有提示錯(cuò)誤；另一種是一個(gè)一個(gè)修改了，然后后面也順利。所以我就沒(méi)有管了，就接著做下去了。而且我覺(jué)得這種提示給我的感覺(jué)好像是命名方法不一致造成的，我修改的時(shí)候，感覺(jué)好像都是少了一個(gè)C，所以我覺(jué)得應(yīng)該不是順序的問(wèn)題吧，我也不是很清楚，但是后面的字母都是一樣的，只有前面的少了個(gè)字母...... |
4樓2011-12-31 08:59:14
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