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mqq123456789新蟲 (小有名氣)
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[求助]
gromacs 跑 tutor，結果好奇怪哦
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用gromacs自帶的tutor例程進行模擬，怎么經(jīng)常有warning？如何對待其給出的note呢？ 另外對水和甲醇進行模擬時結果好奇怪啊，最開始甲醇與水分處盒子的兩側，但模擬萬后依然如此，沒有混合啊？這是怎么回事呢？ngmx能夠觀察其動態(tài)過程嗎？如何將VMD與gromacs結合起來呢？ 萬分感謝！�。� |
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+6): 謝謝 2011-12-08 20:27:45
御劍江湖(金幣+6): 謝謝 2011-12-08 20:27:45
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出現(xiàn) warning ， note你應該看看具體是什么原因��？有些是通過一些操作可以去掉的。 如果你覺得這些warning不影響計算，可以忽略 VMD 可以用來讀取gromacs計算的軌跡，觀察隨時間的變化 使用 tk console : 讀trr文件 mol load gro yourfilename.gro trr yourfilename.trr 讀xtc文件： mol load gro yourfilename.gro xtc yourfilename.xtc |
2樓2011-12-08 19:26:56
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