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zhugezilong木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助進行蛋白質(zhì)分子缺失殘基修補
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在對FMO蛋白質(zhì)分子進行MD研究。發(fā)現(xiàn)其分子中213-215殘基缺失。類似的蛋白分子這一段都沒能給出，氨基酸序列是知道的。嘗試著用Swiss-pdbviewer 和swiss-model中的同源建模進行殘基修補。先用這一段完整的序列建了一段把序列提交后顯示0條匹配，然后和要修補的蛋白進行fit的時候，其它氨基酸都進行fit了，但213-215部分總是顯示坐標為9999.99，沒辦法進行修補。當點擊build loop的時候總是先在212和216補上兩個端基，然后說不能進行l(wèi)oop。 在這方面是新手，不知道有沒有哪位能幫我將這段缺失的殘基給補上。非常感謝。 附上蛋白質(zhì)的pdb文件。其中213(GLY)部分原子丟失，214（GLU）完全沒有，215（LYS）也部分原子丟失。pdb bank 是3eoj，我已經(jīng)刪掉了一些多余 conformation。[ Last edited by zhugezilong on 2011-12-14 at 16:26 ] |
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2011-12-14 15:43:36, 214.53 K
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