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iovvoi金蟲 (小有名氣)
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[求助]
NAMD分子體系平衡和分子動(dòng)力學(xué)模擬
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體系平衡的conf文件是什么？ 分子動(dòng)力學(xué)模擬的conf文件是什么？ 兩者有什么區(qū)別？ NAMD的pbs腳本怎么寫？ |
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iovvoi
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵(lì)交流 2011-12-22 15:07:25
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| 平衡和MD區(qū)別不大，主要是看你得體系和MD的目的。平衡有的時(shí)候只是在complex體系加上弱的harmonic restraint，當(dāng)然有時(shí)候也可以完全和MD一樣，不加限制，讓體系自由跑。conf文件你可以參考namd的tutorial中的MD的conf，進(jìn)行適當(dāng)修改就可以了 |
10樓2011-12-20 20:46:49
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