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78tengfei金蟲(chóng) (小有名氣)
龍潛深淵
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dmol相關(guān)問(wèn)題交流學(xué)習(xí)
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大家好，小弟初學(xué)dmol，在計(jì)算的過(guò)程中有些問(wèn)題搞得不是很清楚，還希望得到各位大俠和高手的指導(dǎo)。 （1）：關(guān)于盒子的處理 結(jié)構(gòu)優(yōu)化的過(guò)程中，到底要不要點(diǎn)上optimized cell，點(diǎn)上的話能量曲線震蕩很厲害，不點(diǎn)的話不能保證初始盒子的正確性。能量曲線到底能不能出現(xiàn)大幅度震蕩呢？ （2）：關(guān)于模型建立問(wèn)題 石墨烯建模的過(guò)程中，有“切晶面”，“刪除石墨層”和“獨(dú)立建胞”（建立P183的晶胞，加C原子）三種，三種模型建立后差距大不大，那一種方法更實(shí)用呢 （3）：關(guān)于結(jié)果的可信度方面，比如說(shuō)鍵長(zhǎng)誤差在多大屬于正常呢 （4）：關(guān)于基組的問(wèn)題，GGA下計(jì)算，子基組該如何選擇呢，網(wǎng)上有人建議PBE比較可靠，不知道大家如何選擇 （5）能帶圖和dos圖的畫(huà)法，也是目前我最頭疼的問(wèn)題 首先是計(jì)算能帶時(shí)所選取的路徑，我是按照石墨的路徑（去掉Z軸上的點(diǎn)）取得，但具體如何取點(diǎn)，是否能否再增加取點(diǎn)的個(gè)數(shù)，我搞得不是很清楚，請(qǐng)高手賜教。 此外，能帶圖和dos圖后期在origin是如何處理的呢（ps，我相信不止一個(gè)人為這個(gè)問(wèn)題頭疼） 附圖是我做的能帶圖和dos圖（ms截圖）與文章中的對(duì)比 能帶方面：文章中提供的導(dǎo)帶和價(jià)帶差不多是對(duì)稱的，而我計(jì)算的價(jià)帶為什么在費(fèi)米能級(jí)左右 DOS曲線方面，也感覺(jué)和文章差距很大。 我算的結(jié)果是不是正常，如果要修改的話，是參數(shù)問(wèn)題，還是后期origin處理的問(wèn)題，此外，能帶和dos分析方面該如何分析呢，主要看哪幾個(gè)參數(shù)？ 能帶分析和dos分析方面，我是新手，還希望有高人指點(diǎn)。 （6）如何判斷結(jié)構(gòu)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)是否穩(wěn)定 首先是能量曲線，是不是能量曲線要平緩下降不出現(xiàn)震蕩，結(jié)果才是可信的？ 還有，很多人提到過(guò)虛頻的問(wèn)題，結(jié)構(gòu)優(yōu)化過(guò)后，到底要不要計(jì)算frequency呢？ （7）關(guān)于charge的問(wèn)題 結(jié)構(gòu)優(yōu)化完之后，如何計(jì)算charge，使用modify charge還是要計(jì)算性質(zhì)？ （8）關(guān)于reaction coordinate 以該圖為例，圖中的1點(diǎn)是怎么找到的，在dmol TSsearch里面如何實(shí)現(xiàn)的呢？ 初學(xué)dmol，問(wèn)題較多，還請(qǐng)各位高手賜教，也希望和大家多多交流。 文章中給出的能帶圖和態(tài)密度圖 小弟ms的能帶截圖 dos截圖 反應(yīng)路徑 [ Last edited by 78tengfei on 2011-12-22 at 09:29 ] |
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2樓2011-12-23 15:38:52
【答案】應(yīng)助回帖
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我回答第5個(gè)問(wèn)題： 你做的能帶圖的價(jià)帶頂和導(dǎo)帶底與文獻(xiàn)蠻相似的，往上部分應(yīng)該是empty band選擇與文獻(xiàn)不一樣吧，往下，有可能是k點(diǎn)的選擇不一樣造成的； DOS圖的趨勢(shì)也基本一樣，但文獻(xiàn)做DOS時(shí)，smearing值可能比你的小吧； 至于文獻(xiàn)中Fermi level在禁帶中，那是手動(dòng)調(diào)整的結(jié)果，本征半導(dǎo)體的Fermi level位于價(jià)帶頂和導(dǎo)帶底的中間位置。 一點(diǎn)愚見(jiàn)，僅供參考 |
3樓2011-12-23 21:57:22
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10樓2012-02-28 09:23:32
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4樓2011-12-24 09:13:36
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我回答第5個(gè)問(wèn)題： 你做的能帶圖的價(jià)帶頂和導(dǎo)帶底與文獻(xiàn)蠻相似的，往上部分應(yīng)該是empty band選擇與文獻(xiàn)不一樣吧，往下，有可能是k點(diǎn)的選擇不一樣造成的； DOS圖的趨勢(shì)也基本一樣，但文獻(xiàn)做DOS時(shí)，smearing值可能比你的小吧； 至于文獻(xiàn)中Fermi level在禁帶中，那是手動(dòng)調(diào)整的結(jié)果，本征半導(dǎo)體的Fermi level位于價(jià)帶頂和導(dǎo)帶底的中間位置。 一點(diǎn)愚見(jiàn)，僅供參考 |
6樓2011-12-25 16:59:44
fzx2008
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1.不知道你這個(gè)地方的盒子指的是什么？一般來(lái)說(shuō)，在算單個(gè)原子、分子、團(tuán)簇并且使用平面波方法的時(shí)候，都是擴(kuò)成周期性，就是一般常說(shuō)的big box，這個(gè)時(shí)候box的形狀和大小是不需要優(yōu)化的。若是普通晶體單胞是需要勾選optimized cell進(jìn)行優(yōu)化的。 2.石墨烯建模，只要保證建出來(lái)是具有物理意義的石墨烯模型，都是可行的，比較通用的做法是從石墨單胞中刪掉一層。然后c方向設(shè)定成所需的“真空層”。若做吸附或摻雜，ab平面也需擴(kuò)展成如3*3等等。 3.DFT計(jì)算誤差，一般來(lái)說(shuō)，2%，僅供參考，可以多調(diào)研同領(lǐng)域的文獻(xiàn) 4.基組，這兒我看稱泛函跟合適點(diǎn)，具體用哪種要看體系或者參考文獻(xiàn)或者分別計(jì)算比較，沒(méi)有一定可靠的。只是PBE大家用的多點(diǎn)，但不是絕對(duì)的。 5."文章中給出的能帶圖和態(tài)密度圖"這是石墨烯的能帶圖嗎？我看應(yīng)該不是的，單純石墨烯應(yīng)該沒(méi)有g(shù)ap才。 先寫(xiě)這么多，僅供參考，節(jié)日快樂(lè)！ |
7樓2011-12-25 20:04:12
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