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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » MS » dmol相關問題交流學習
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78tengfei金蟲 (小有名氣)
龍潛深淵
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[求助]
dmol相關問題交流學習
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大家好，小弟初學dmol，在計算的過程中有些問題搞得不是很清楚，還希望得到各位大俠和高手的指導。 （1）：關于盒子的處理 結(jié)構優(yōu)化的過程中，到底要不要點上optimized cell，點上的話能量曲線震蕩很厲害，不點的話不能保證初始盒子的正確性。能量曲線到底能不能出現(xiàn)大幅度震蕩呢？ （2）：關于模型建立問題 石墨烯建模的過程中，有“切晶面”，“刪除石墨層”和“獨立建胞”（建立P183的晶胞，加C原子）三種，三種模型建立后差距大不大，那一種方法更實用呢 （3）：關于結(jié)果的可信度方面，比如說鍵長誤差在多大屬于正常呢 （4）：關于基組的問題，GGA下計算，子基組該如何選擇呢，網(wǎng)上有人建議PBE比較可靠，不知道大家如何選擇 （5）能帶圖和dos圖的畫法，也是目前我最頭疼的問題 首先是計算能帶時所選取的路徑，我是按照石墨的路徑（去掉Z軸上的點）取得，但具體如何取點，是否能否再增加取點的個數(shù)，我搞得不是很清楚，請高手賜教。 此外，能帶圖和dos圖后期在origin是如何處理的呢（ps，我相信不止一個人為這個問題頭疼） 附圖是我做的能帶圖和dos圖（ms截圖）與文章中的對比 能帶方面：文章中提供的導帶和價帶差不多是對稱的，而我計算的價帶為什么在費米能級左右 DOS曲線方面，也感覺和文章差距很大。 我算的結(jié)果是不是正常，如果要修改的話，是參數(shù)問題，還是后期origin處理的問題，此外，能帶和dos分析方面該如何分析呢，主要看哪幾個參數(shù)？ 能帶分析和dos分析方面，我是新手，還希望有高人指點。 （6）如何判斷結(jié)構優(yōu)化后的結(jié)構是否穩(wěn)定 首先是能量曲線，是不是能量曲線要平緩下降不出現(xiàn)震蕩，結(jié)果才是可信的？ 還有，很多人提到過虛頻的問題，結(jié)構優(yōu)化過后，到底要不要計算frequency呢？ （7）關于charge的問題 結(jié)構優(yōu)化完之后，如何計算charge，使用modify charge還是要計算性質(zhì)？ （8）關于reaction coordinate 以該圖為例，圖中的1點是怎么找到的，在dmol TSsearch里面如何實現(xiàn)的呢？ 初學dmol，問題較多，還請各位高手賜教，也希望和大家多多交流。 文章中給出的能帶圖和態(tài)密度圖 小弟ms的能帶截圖 dos截圖 反應路徑 [ Last edited by 78tengfei on 2011-12-22 at 09:29 ] |
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2樓2011-12-23 15:38:52
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我回答第5個問題： 你做的能帶圖的價帶頂和導帶底與文獻蠻相似的，往上部分應該是empty band選擇與文獻不一樣吧，往下，有可能是k點的選擇不一樣造成的； DOS圖的趨勢也基本一樣，但文獻做DOS時，smearing值可能比你的小吧； 至于文獻中Fermi level在禁帶中，那是手動調(diào)整的結(jié)果，本征半導體的Fermi level位于價帶頂和導帶底的中間位置。 一點愚見，僅供參考 |
3樓2011-12-23 21:57:22
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我回答第5個問題： 你做的能帶圖的價帶頂和導帶底與文獻蠻相似的，往上部分應該是empty band選擇與文獻不一樣吧，往下，有可能是k點的選擇不一樣造成的； DOS圖的趨勢也基本一樣，但文獻做DOS時，smearing值可能比你的小吧； 至于文獻中Fermi level在禁帶中，那是手動調(diào)整的結(jié)果，本征半導體的Fermi level位于價帶頂和導帶底的中間位置。 一點愚見，僅供參考 |
6樓2011-12-25 16:59:44
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1.不知道你這個地方的盒子指的是什么？一般來說，在算單個原子、分子、團簇并且使用平面波方法的時候，都是擴成周期性，就是一般常說的big box，這個時候box的形狀和大小是不需要優(yōu)化的。若是普通晶體單胞是需要勾選optimized cell進行優(yōu)化的。 2.石墨烯建模，只要保證建出來是具有物理意義的石墨烯模型，都是可行的，比較通用的做法是從石墨單胞中刪掉一層。然后c方向設定成所需的“真空層”。若做吸附或摻雜，ab平面也需擴展成如3*3等等。 3.DFT計算誤差，一般來說，2%，僅供參考，可以多調(diào)研同領域的文獻 4.基組，這兒我看稱泛函跟合適點，具體用哪種要看體系或者參考文獻或者分別計算比較，沒有一定可靠的。只是PBE大家用的多點，但不是絕對的。 5."文章中給出的能帶圖和態(tài)密度圖"這是石墨烯的能帶圖嗎？我看應該不是的，單純石墨烯應該沒有gap才。 先寫這么多，僅供參考，節(jié)日快樂！ |
7樓2011-12-25 20:04:12
78tengfei
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