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echo4121新蟲 (初入文壇)
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[求助]
分子對(duì)接 如何用Chemdraw繪制mol格式的小分子配體 已有2人參與
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求助各方高手： 我剛開始學(xué)做分子對(duì)接，蛋白的pdb文件已經(jīng)獲得，但對(duì)于三肽配體Met-Leu-Phe，我是自己用Chemdraw畫的，是不是可以直接用模板里的單個(gè)氨基酸生成？我不知道該怎樣完成兩個(gè)氨基酸之間的脫水過程，所以就重新挨個(gè)鍵畫的，最后存成mol格式。 但我在用iGEMDOCK完成對(duì)接時(shí)，系統(tǒng)提示： fMLF.mol is not a correct list file An accetpable list file MUST contain drug location in each line in it 應(yīng)該是配體數(shù)據(jù)不對(duì)。我是少了什么步驟嗎？是不是還需要什么二維到三維的轉(zhuǎn)化過程? 懇請(qǐng)大家指點(diǎn)！ |
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beaubear
銀蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
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月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2014-02-20 21:55:06
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2014-02-20 21:55:06
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這是很早的問題了，不過最近我自己畫的時(shí)候也遇到這種情況，摸索著好像需要注意兩點(diǎn)：一是畫的時(shí)候官能團(tuán)或者連接處必須是在鍵一端出現(xiàn)綠點(diǎn)的地方添加，第二是做完圖還要對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行“check strucrure”(我的軟件是英文版)操作，保存的時(shí)候默認(rèn)格式再在chembio3D自己修改成mol2. 不知道這樣做有用沒，加油了！ |
2樓2014-02-19 11:15:59
3樓2014-02-20 19:40:45
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