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[求助]
擬南芥突變體問(wèn)題
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| 我有一個(gè)A基因的突變體 鑒定為純合突變體， 本來(lái)我設(shè)計(jì)了一對(duì)這個(gè)基因的引物做定量PCR用， 但我用這對(duì)引物去擴(kuò)增這個(gè)基因的純合突變體時(shí)（模板為cDNA，提RNA時(shí)加了DNAase I 處理），也擴(kuò)增出了一條目的帶，送去測(cè)序，結(jié)果是這段序列是A基因的一段序列。但我理解突變體是純合的T-DNA插入突變，應(yīng)該沒(méi)有這個(gè)基因的mRNA存在的呀，怎么一做反轉(zhuǎn)錄后擴(kuò)增可以擴(kuò)增出這個(gè)基因，不理解？求高手指點(diǎn)？ |
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各位老師好，我的一志愿為北京科技大學(xué)085601材料專碩
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sxxuan
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【答案】應(yīng)助回帖
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T-DNA插入位點(diǎn)如何？是在外顯子還是內(nèi)含子？如果是外顯子的話，是靠近啟動(dòng)子的5‘端還是3’端？如果插入靠近3‘端，那么之前的轉(zhuǎn)錄可能是不受影響的，如果你設(shè)計(jì)的引物是根據(jù)不受影響的序列來(lái)設(shè)計(jì)的，那當(dāng)然可以擴(kuò)出來(lái)，但用全長(zhǎng)引物，由于下游序列被突變了，所以不能擴(kuò)增全長(zhǎng)。 如果是上述的情況，你訂購(gòu)?fù)蛔凅w的時(shí)候應(yīng)該把所以對(duì)突變株都買回來(lái)，實(shí)在不行，也得換個(gè)定量PCR的引物，盡量以突變了的序列來(lái)設(shè)計(jì)。 不過(guò)我覺(jué)得這樣其實(shí)是選擇了對(duì)自己有利的數(shù)據(jù)，并不是這個(gè)突變體的所有真實(shí)情況的反映，也比較難解釋突變體的表型之類的。 |
4樓2012-01-13 09:31:34
sxxuan
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5樓2013-01-24 20:24:40
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