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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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小白如水

鐵桿木蟲 (小有名氣)

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[求助] gromacs中g(shù)-hbond指令分析氫鍵

比如我想分析C-H和F之間是否形成氫鍵，我先用make_ndx生成了索引，
定義了C-H(a C H 的指令)和F(a F指令)，這樣定義正確么？
然后我用g-hbond指令，先指定了C-H組后指定的F組(也就是先指定氫鍵供體后指定氫鍵受體的順序)，然后出現(xiàn)錯(cuò)誤，說沒有氫鍵存在。不知道是不是我定義和指定的時(shí)候有錯(cuò)誤，還是說我這個(gè)體系就不存在氫鍵呢。
另外我看說明書說g-hbond指令是以水的氫鍵為標(biāo)準(zhǔn)的，也就是0.35nm和30度為界限，是不是超過0.35nm的體系就認(rèn)為沒有氫鍵存在了呢？
謝謝大家，請(qǐng)用過的蟲子們指教

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【求助】discover 里面怎么分析氫鍵的鍵角和鍵長(zhǎng)分布已經(jīng)有12人回復(fù)

1樓 2012-01-09 22:07:59

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0419xuhao

金蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

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小白如水(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-13 02:39:42

樓主還是仔細(xì)看下說明書吧，gromacs自帶的氫鍵acceptor并沒有F

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回復(fù)此樓

2樓2012-01-12 11:03:53

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