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小白如水鐵桿木蟲 (小有名氣)
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[求助]
gromacs中g(shù)-hbond指令分析氫鍵
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比如我想分析C-H和F之間是否形成氫鍵，我先用make_ndx生成了索引， 定義了C-H(a C H 的指令)和F(a F指令)，這樣定義正確么？ 然后我用g-hbond指令，先指定了C-H組后指定的F組(也就是先指定氫鍵供體后指定氫鍵受體的順序)，然后出現(xiàn)錯誤，說沒有氫鍵存在。不知道是不是我定義和指定的時候有錯誤，還是說我這個體系就不存在氫鍵呢。 另外我看說明書說g-hbond指令是以水的氫鍵為標準的，也就是0.35nm和30度為界限，是不是超過0.35nm的體系就認為沒有氫鍵存在了呢？ 謝謝大家，請用過的蟲子們指教  |
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0419xuhao
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2樓2012-01-12 11:03:53
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