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lylrui88銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助surflx-docking 中“Additional Starting Conformations per Molecule”怎樣理解
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初學sybyl對surflx-docking里的“Additional Starting Conformations per Molecule”的意思一直理解不了，在screen和standard模式下默認是0，那么在standard模式下“docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand”這20個構(gòu)象又是基于什么想法來的？困撓很久，希望各位牛人能幫忙解答~~~不勝感激！ |
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【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數(shù) +1
lylrui88(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-10 17:02:25
lylrui88(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-10 17:02:25
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因為surflex的配體是柔性對接，給定的小分子具有特定的對結(jié)構(gòu)相，我對“Additional Starting Conformations per Molecule”的理解是對給定的配體小分子另外產(chǎn)生幾個不同的初始構(gòu)象用于對接，如果默認為0，那么就用你給定的構(gòu)象去對接，系統(tǒng)不另外產(chǎn)生新構(gòu)象。 “docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand” 是利用surflex進行對接，每個分子默認產(chǎn)生20個對接后的構(gòu)象，每個分子的對接結(jié)果里面這20個構(gòu)象都能觀看，但直觀的對接結(jié)果每個分子只有一個打分和一個構(gòu)象，這給出的構(gòu)象與打分其實是每個分子所產(chǎn)生的20個構(gòu)象里面比較優(yōu)秀的。但這并不代表系統(tǒng)給出的優(yōu)秀構(gòu)象就是最好的，我們往往需要每個分子所產(chǎn)生的20個構(gòu)象都去觀看，從藥效元素的匹配性來選擇最好的構(gòu)象，這在做基于分子對接的3D-QSAR分子疊合那一步尤為重要，因為打分非常接近的構(gòu)象往往就是某一個或者一些藥效元素有細微的差別。這一塊其實操作說明里面就有，建議找找看。 |
2樓2012-01-10 16:51:25
lylrui88
銀蟲 (初入文壇)
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3樓2012-01-10 17:05:50
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2012-01-11 19:45:03
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2012-01-11 19:45:03
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根據(jù)經(jīng)驗來看，運用Surflex，GOLD，Autodock這三個軟件做分子對接時因為配體是柔性的，參數(shù)設置合理時一般情況下都能得到滿意的對接構(gòu)象，當然前提是小分子的結(jié)構(gòu)、原子類型，鍵等需要正確，做適當?shù)膬?yōu)化。以前我也試過導入同一分子的不同構(gòu)象來做對接，對接后大多數(shù)情況下都能得到相似的對接構(gòu)象，所以以前我們坐對接基本就沒考慮小分子的初始構(gòu)象，只要能到到滿意的對接構(gòu)象就行。 |
4樓2012-01-10 23:40:47
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