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lylrui88銀蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
求助surflx-docking 中“Additional Starting Conformations per Molecule”怎樣理解
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初學(xué)sybyl對(duì)surflx-docking里的“Additional Starting Conformations per Molecule”的意思一直理解不了，在screen和standard模式下默認(rèn)是0，那么在standard模式下“docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand”這20個(gè)構(gòu)象又是基于什么想法來(lái)的？困撓很久，希望各位牛人能幫忙解答~~~不勝感激！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lylrui88(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-10 17:02:25
lylrui88(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-10 17:02:25
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因?yàn)閟urflex的配體是柔性對(duì)接，給定的小分子具有特定的對(duì)結(jié)構(gòu)相，我對(duì)“Additional Starting Conformations per Molecule”的理解是對(duì)給定的配體小分子另外產(chǎn)生幾個(gè)不同的初始構(gòu)象用于對(duì)接，如果默認(rèn)為0，那么就用你給定的構(gòu)象去對(duì)接，系統(tǒng)不另外產(chǎn)生新構(gòu)象。 “docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand” 是利用surflex進(jìn)行對(duì)接，每個(gè)分子默認(rèn)產(chǎn)生20個(gè)對(duì)接后的構(gòu)象，每個(gè)分子的對(duì)接結(jié)果里面這20個(gè)構(gòu)象都能觀看，但直觀的對(duì)接結(jié)果每個(gè)分子只有一個(gè)打分和一個(gè)構(gòu)象，這給出的構(gòu)象與打分其實(shí)是每個(gè)分子所產(chǎn)生的20個(gè)構(gòu)象里面比較優(yōu)秀的。但這并不代表系統(tǒng)給出的優(yōu)秀構(gòu)象就是最好的，我們往往需要每個(gè)分子所產(chǎn)生的20個(gè)構(gòu)象都去觀看，從藥效元素的匹配性來(lái)選擇最好的構(gòu)象，這在做基于分子對(duì)接的3D-QSAR分子疊合那一步尤為重要，因?yàn)榇蚍址浅＝咏臉?gòu)象往往就是某一個(gè)或者一些藥效元素有細(xì)微的差別。這一塊其實(shí)操作說(shuō)明里面就有，建議找找看。 |
2樓2012-01-10 16:51:25
lylrui88
銀蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1313.8
- 帖子: 44
- 在線: 47.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1258615
- 注冊(cè): 2011-04-08
- 性別: MM
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
3樓2012-01-10 17:05:50
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2012-01-11 19:45:03
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2012-01-11 19:45:03
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根據(jù)經(jīng)驗(yàn)來(lái)看，運(yùn)用Surflex，GOLD，Autodock這三個(gè)軟件做分子對(duì)接時(shí)因?yàn)榕潴w是柔性的，參數(shù)設(shè)置合理時(shí)一般情況下都能得到滿意的對(duì)接構(gòu)象，當(dāng)然前提是小分子的結(jié)構(gòu)、原子類型，鍵等需要正確，做適當(dāng)?shù)膬?yōu)化。以前我也試過(guò)導(dǎo)入同一分子的不同構(gòu)象來(lái)做對(duì)接，對(duì)接后大多數(shù)情況下都能得到相似的對(duì)接構(gòu)象，所以以前我們坐對(duì)接基本就沒(méi)考慮小分子的初始構(gòu)象，只要能到到滿意的對(duì)接構(gòu)象就行。 |
4樓2012-01-10 23:40:47
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