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lylrui88銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助surflx-docking 中“Additional Starting Conformations per Molecule”怎樣理解
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初學(xué)sybyl對surflx-docking里的“Additional Starting Conformations per Molecule”的意思一直理解不了，在screen和standard模式下默認(rèn)是0，那么在standard模式下“docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand”這20個(gè)構(gòu)象又是基于什么想法來的？困撓很久，希望各位牛人能幫忙解答~~~不勝感激！ |
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lylrui88
銀蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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3樓2012-01-10 17:05:50
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lylrui88(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-10 17:02:25
lylrui88(金幣+5): ★★★很有幫助 2012-01-10 17:02:25
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因?yàn)閟urflex的配體是柔性對接，給定的小分子具有特定的對結(jié)構(gòu)相，我對“Additional Starting Conformations per Molecule”的理解是對給定的配體小分子另外產(chǎn)生幾個(gè)不同的初始構(gòu)象用于對接，如果默認(rèn)為0，那么就用你給定的構(gòu)象去對接，系統(tǒng)不另外產(chǎn)生新構(gòu)象。 “docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand” 是利用surflex進(jìn)行對接，每個(gè)分子默認(rèn)產(chǎn)生20個(gè)對接后的構(gòu)象，每個(gè)分子的對接結(jié)果里面這20個(gè)構(gòu)象都能觀看，但直觀的對接結(jié)果每個(gè)分子只有一個(gè)打分和一個(gè)構(gòu)象，這給出的構(gòu)象與打分其實(shí)是每個(gè)分子所產(chǎn)生的20個(gè)構(gòu)象里面比較優(yōu)秀的。但這并不代表系統(tǒng)給出的優(yōu)秀構(gòu)象就是最好的，我們往往需要每個(gè)分子所產(chǎn)生的20個(gè)構(gòu)象都去觀看，從藥效元素的匹配性來選擇最好的構(gòu)象，這在做基于分子對接的3D-QSAR分子疊合那一步尤為重要，因?yàn)榇蚍址浅＝咏臉?gòu)象往往就是某一個(gè)或者一些藥效元素有細(xì)微的差別。這一塊其實(shí)操作說明里面就有，建議找找看。 |
2樓2012-01-10 16:51:25
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2012-01-11 19:45:03
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2012-01-11 19:45:03
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根據(jù)經(jīng)驗(yàn)來看，運(yùn)用Surflex，GOLD，Autodock這三個(gè)軟件做分子對接時(shí)因?yàn)榕潴w是柔性的，參數(shù)設(shè)置合理時(shí)一般情況下都能得到滿意的對接構(gòu)象，當(dāng)然前提是小分子的結(jié)構(gòu)、原子類型，鍵等需要正確，做適當(dāng)?shù)膬?yōu)化。以前我也試過導(dǎo)入同一分子的不同構(gòu)象來做對接，對接后大多數(shù)情況下都能得到相似的對接構(gòu)象，所以以前我們坐對接基本就沒考慮小分子的初始構(gòu)象，只要能到到滿意的對接構(gòu)象就行。 |
4樓2012-01-10 23:40:47
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