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947468266新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
本科新手，NAMD 做分子模擬，學(xué)習(xí)受阻，求教~~
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我是學(xué)應(yīng)用化學(xué)加計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)的，就是雙學(xué)位，但是化學(xué)學(xué)得不咋滴。明年做畢業(yè)設(shè)計(jì)，用NAMD , VMD 做一些分子模擬（具體做什么老師還沒(méi)說(shuō)，叫我先把軟件跑起來(lái)）。 開(kāi)始花了一個(gè)星期大概把中文教程看了一遍，試了試教程上的例子，但是也就會(huì)這么點(diǎn)。主要沒(méi)有啥量子化學(xué)基礎(chǔ)，這基本上就是一頭霧水。 知識(shí)按照教程上操作操作，但是為什么一概不知，還有好多化學(xué)術(shù)語(yǔ)也是一點(diǎn)都沒(méi)學(xué)過(guò)。期末考試期間，放下了一段時(shí)間，又忘了差不多了。 我的問(wèn)題是：用這個(gè)軟件模擬分子，需要化學(xué)基礎(chǔ)？需要學(xué)習(xí)哪些化學(xué)知識(shí)？？？因?yàn)槲矣X(jué)得光是一個(gè)軟件，你不知道干什么，一些基本原理，這學(xué)不起來(lái)啊。。。迫切求教，謝謝 |
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 科研-微生物 |
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linlin9
鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-03-20 15:28:01
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-03-20 15:28:01
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我和lz差不多。我本科學(xué)力學(xué)的，現(xiàn)在畢設(shè)學(xué)vmd和namd為研究生階段做md打基礎(chǔ)。分子動(dòng)力學(xué)不考慮量子效應(yīng)吧。分子結(jié)構(gòu)和物理化學(xué)作用都在相應(yīng)的拓?fù)湮募蛥?shù)文件里定義好了。基本的分子動(dòng)力學(xué)理論我看的是The Art of Molecular DynamicsSimulation。如果lz看的教程和我看的一樣的話(huà)，我覺(jué)得也大概能看出來(lái)這種模擬的一些應(yīng)用吧。 另外特別建議lz學(xué)習(xí)分子動(dòng)力學(xué)幾種標(biāo)準(zhǔn)格式的文件,psf ,pdb,top等，還有namd的參數(shù)文件conf,和幾種輸出文件。在namd的tutorial附錄里有。我看了這個(gè)以后再照著例子做的時(shí)候觀察這些文件的變化，總算稍微有點(diǎn)懂這套軟件是在做什么了。 |
4樓2012-03-20 14:47:30
★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs(金幣+1): 謝謝 2012-03-14 10:33:50
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs(金幣+1): 謝謝 2012-03-14 10:33:50
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2樓2012-03-14 09:36:44
wshzxcc
金蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2012-03-15 10:21:52
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