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xueshuhan

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[求助] Perl 編程請大神們幫忙�。�！生物信息的牛人請進(jìn)

我是學(xué)生物的研究生，我們一個老師講perl編程，才學(xué)了10個小時，本人對編程一竅不通，希望好心人幫忙解答，謝謝了�。�！
下面是我的編程：
Develop a Perl program that receives as argument on the command linethe id of a nucleotide sequence (in the form db:id) and invokes the"sixpack" Web Service from EBI printing its result.

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【求助】(⊙o⊙)…大神們，幫我看看好不，拜托啦已經(jīng)有3人回復(fù)
編輯意見，請大俠幫忙已經(jīng)有15人回復(fù)

1樓 2012-01-30 22:29:56

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zhusheng303

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ben_ladeng(金幣+1): 歡迎常來 2012-01-31 13:58:28
xueshuhan: 回帖置頂 2012-01-31 16:46:17

引用回帖:

3樓: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 02:03:29:
前一半這樣寫是否正確：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
{
print "Usage: please input "; exit;
}
# Get the first argumentmy
...

【1】當(dāng)你使用”use strict; use warnings ”, 語句"$input=$ARGV[0];"應(yīng)該寫成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定義變量的作用，限定變量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最好寫成“die （There is an error there.\n )；”。
【3】“if ( $ARGV[0]<>1 ) ” 這個語句，我沒有看懂。

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4樓2012-01-31 10:13:09

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xueshuhan: 回帖置頂 2012-02-02 09:18:42

在多位朋友幫助下終于寫好了，下面是perl ：
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use SOAP::Lite;

my($USAGE) = "$0 PROTEIN\n\n";

unless (@ARGV)
      {
            print $USAGE;
            exit;
      }

unless (@ARGV==1)
      {
            print "There is an error.\n";
      exit;
      }

my($sequence) = $ARGV[0];

unless ($sequence =~ /[:]/g)
      {
            print "There is another error\n";
      }

my($service) = SOAP::Lite->proxy(

'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_gene_finding.sixpack'
);

my($soap_response) =
      $service->runAndWaitFor(
            SOAP:

ata->type( map => { sequence_usa =>$sequence
} ) );

my(@res) = $soap_response->paramsout;

my($res) = $soap_response->result;

my($outfile) = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

exit;

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10樓2012-02-02 09:18:06

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-It checks the number of arguments received on the command line and if the number is not 1 it prints an error message and exits.
-It assigns the first argument to one variable.
-It checks with a pattern matching that the variable contains the
character ":". If not it prints an error message.
-It calls the "sixpack" Web Service as in the examples seen in class passing the received variable.
-It assigns to a variable the "outfile" returned by the service.
-It prints this variable.

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2樓2012-01-30 22:31:01

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前一半這樣寫是否正確：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
{
print "Usage: please input "; exit;
}
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]<>1 )
{
print "There is an error there"; exit;
}
$input=$ARGV[0];
unless ( $ input =~ m/:/ ）
{
die ( There is an error there.\n )
}

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3樓2012-01-31 02:03:29

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這回寫是否正確，還有就是網(wǎng)絡(luò)服務(wù)調(diào)用部分如何編寫？？？
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
{
print "Usage: please input "; exit;
}
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
{
print "There is an error there"; exit;
}
my $input=$ARGV[0];
unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
{
die ( "There is an error there.\n" )
}

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5樓2012-01-31 16:42:45

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我寫的這個問題，但不知道怎么改
問題一：如何讓第一個argument需要為變量
問題二：為什么我在命令欄里輸入核苷酸的ID卻提示命令沒有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
{
print "Usage: please input\n "; exit;
}
# Get the first argumentmy
if ( $ARGV[0]!=1 )
{
print "There is an error there"; exit;
}

$input=$ARGV[0];

unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
{
die ( "There is an error there.\n" );
}

$service = SOAP::Lite->proxy(
      'http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/dispaly.sixpack'
);

$soap_response =
      $service->runAndWaitFor(
            SOAP:

ata->type( map => { sequence_usa =>$ARGV[0]
} ) );

@res = $soap_response->paramsout;

$res = $soap_response->result;

$outfile = %$res->{'outfile'};

print "$outfile\n";

圖一

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6樓2012-01-31 18:49:35

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引用回帖:

樓: Originally posted by zhusheng303 at 2012-01-31 10:13:09:
【1】當(dāng)你使用”use strict; use warnings ”, 語句"$input=$ARGV[0];"應(yīng)該寫成“my $input=$ARGV[0]”，“my”定義變量的作用，限定變量的作用域。
【2】“die ( There is an error there.\n )”，最 ...

謝謝你的幫助，還有一些問題請教，望指教

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7樓2012-01-31 18:50:50

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5樓: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 16:42:45:
這回寫是否正確，還有就是網(wǎng)絡(luò)服務(wù)調(diào)用部分如何編寫？？？
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV < 0 )
{
print "Usage: please input "; exit;
...

這里還有一個地方不對，
#######
unless ( $ARGV[0]=~ m/:/ ）
      {
            die ( "There is an error there.\n" )
      }

############
這個語句“die ( "There is an error there.\n" )”，你最好寫成
die  "There is an error there.\n" ；另外一個最重要的問題是：perl的每個語句必須以”；（分號）“結(jié)束。也就說：應(yīng)該寫成這樣 “die  "There is an error there.\n" ；”才是對的。

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8樓2012-02-01 10:37:12

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引用回帖:

6樓: Originally posted by xueshuhan at 2012-01-31 18:49:35:
我寫的這個問題，但不知道怎么改
問題一：如何讓第一個argument需要為變量
問題二：為什么我在命令欄里輸入核苷酸的ID卻提示命令沒有找到
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use SOAP::Lite;

if ( $#ARGV &l ...

【1】問題一：如何讓第一個argument需要為變量
Use $ARGV[n] to display argument.
Use $#ARGV to get total number of passed argument to a perl script.
例如：./foo.pl one two three
$ARGV[0]：one
$ARGV[1]: two
$ARGV[2]: three
【2】問題二：為什么我在命令欄里輸入核苷酸的ID卻提示命令沒有找到
不好意思，這個我也沒有用過。這個網(wǎng)頁你可以看看http://www.ebi.ac.uk/Tools/webse ... perl/soap/soap-lite，希望對你有幫助

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9樓2012-02-01 11:01:49

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