版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜

返回列表

xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 5294.5
紅花: 1
帖子: 146
在線: 84小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1387285
注冊(cè): 2011-09-02
專業(yè): 生物信息學(xué)

[求助] perl程序求助，請(qǐng)大神們賜教~~~

我現(xiàn)在有十個(gè)基因，附件里的兩個(gè)文件分別是這十個(gè)基因任意兩個(gè)之間的相關(guān)系數(shù)和p-alue的值，附件應(yīng)該是很容易看懂的，呵呵~~，現(xiàn)在呢，我想改變一下輸出的格式，將兩個(gè)文件整合一下，輸出成這種格式：
基因1 基因2 相關(guān)系數(shù) p-value （這一行可有可無(wú)）
DR_2577 DR_A0328 0.81186 0.0000000171
……
輸出結(jié)果不算可有可無(wú)的第一行的話，應(yīng)該總共有45行，就是這么一個(gè)程序~~
我覺(jué)得應(yīng)該是說(shuō)清楚了，呵呵~~若是哪里說(shuō)的不夠清楚的話，請(qǐng)大神們主動(dòng)提出來(lái)，呵呵~~謝謝啦~~~

回復(fù)此樓

» 本帖附件資源列表

歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲(chóng)僅提供交流平臺(tái)，不對(duì)該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問(wèn)題，其責(zé)任在于用戶本人，如對(duì)版權(quán)有異議，請(qǐng)聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : pvalue.csv

2012-08-10 21:25:34, 11.5 K

附件 2 : cor.xls

2012-08-10 21:25:40, 12 K

» 猜你喜歡

08工學(xué)調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑已經(jīng)有13人回復(fù)
一志愿西南交通專碩材料355 本科雙非求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
295復(fù)試調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
材料學(xué)碩297已過(guò)四六級(jí)求調(diào)劑推薦已經(jīng)有4人回復(fù)
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名已經(jīng)有14人回復(fù)
0856調(diào)劑，是學(xué)校就去已經(jīng)有8人回復(fù)
材料080500調(diào)劑求收留已經(jīng)有5人回復(fù)
271材料工程求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

請(qǐng)教碳材料的氮?dú)馕矫摳角€分析！請(qǐng)各位大神不吝賜教！~~ 已經(jīng)有5人回復(fù)
請(qǐng)幫忙編寫(xiě)一個(gè)perl程序處理文本已經(jīng)有26人回復(fù)
Perl 生物信息學(xué)編程求助，運(yùn)行出現(xiàn)問(wèn)題，煩請(qǐng)幫忙查找一下錯(cuò)誤，謝謝！已經(jīng)有3人回復(fù)
【緊急求助】offer鑒定及相關(guān)問(wèn)題~~請(qǐng)有經(jīng)驗(yàn)的蟲(chóng)友不吝賜教~~ 已經(jīng)有10人回復(fù)
Perl 編程請(qǐng)大神們幫忙�。�！生物信息的牛人請(qǐng)進(jìn) 已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助/交流】求構(gòu)載體高手賜教構(gòu)建亞細(xì)胞定位載體pCAMBIA1302 已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】新手上路請(qǐng)不吝賜教（熒光法測(cè)臨界膠束濃度原理）已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】扣式電池組裝的幾個(gè)基本問(wèn)題，請(qǐng)高手賜教已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】關(guān)于催化燃燒，請(qǐng)蟲(chóng)友賜教。已經(jīng)有7人回復(fù)
【求助/交流】求教一個(gè)關(guān)于酶方面的問(wèn)題，請(qǐng)高手不吝賜教已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】求大俠賜教：非水溶液滴定已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】熟悉XRD、XRF的大俠來(lái)賜教已經(jīng)有6人回復(fù)

1樓 2012-08-10 21:39:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wizardfan

至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

應(yīng)助: 599 (博士)
貴賓: 1.818
金幣: 24632.2
散金: 197
紅花: 48
沙發(fā): 2
帖子: 2254
在線: 400.7小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1879241
注冊(cè): 2012-07-05
性別: GG
專業(yè): 生物信息學(xué)

本來(lái)是想幫你的，但是以前幫過(guò)你以后，一點(diǎn)回音都沒(méi)有http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建議別人不要幫助沒(méi)有基本禮儀的人。

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2012-08-11 01:58:24

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 5294.5
紅花: 1
帖子: 146
在線: 84小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1387285
注冊(cè): 2011-09-02
專業(yè): 生物信息學(xué)

引用回帖:

2樓: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本來(lái)是想幫你的，但是以前幫過(guò)你以后，一點(diǎn)回音都沒(méi)有http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建議別人不要幫助沒(méi)有基本禮儀的人。

不是的，我暈~~，現(xiàn)在放假了，那幾天家里有事回去了，我家農(nóng)村的，家里又上不了網(wǎng)！在家?guī)Я耸畞?lái)天，就把那個(gè)帖子給忘了，平時(shí)小木蟲(chóng)上的又不多，請(qǐng)您不要生氣了哈~~現(xiàn)在把金幣給您~~暈~~·

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2012-08-11 09:30:25

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

jackie1179

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
金幣: 1929.2
紅花: 1
帖子: 460
在線: 47.2小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1119284
注冊(cè): 2010-10-11
專業(yè): 生物信息學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiezhancnu: 金幣+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金幣+1, 謝謝參與 2012-08-13 22:21:08

你的原始文件要保存為文本文檔才好操作（用制表符分隔），因?yàn)橛胮erl操作excel表格我也不會(huì)

CODE:

#!/usr/bin/perl 

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";

$pvalue_file = "pvalue.csv";

$out = "out";

undef %cor;

undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";

 =~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

for($i = 1; $i <= 10; $i++) {

  push @gene,$$i;

}

print @gene,"\n";

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {

    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};

  }

}

close COR;

foreach (sort keys %cor) {

  print $_,"=>","$cor{$_}\n";

}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";

;

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {

    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};

  }

}

close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";

print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";

for($i = 0; $i < 10; $i++) {

  for($j = 0; $j < 10; $j++) {

    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {

      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};

    }

  }

}

close OUT;

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2012-08-11 09:32:35

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 5294.5
紅花: 1
帖子: 146
在線: 84小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1387285
注冊(cè): 2011-09-02
專業(yè): 生物信息學(xué)

引用回帖:

4樓: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存為文本文檔才好操作（用制表符分隔），因?yàn)橛胮erl操作excel表格我也不會(huì)

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，剛剛看了一下您的程序，發(fā)現(xiàn)您的程序采用了正則表達(dá)式捕獲變量的方法，但是實(shí)際要處理的基因并不是10個(gè)，是3000多個(gè)，這樣的話，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/總不能延長(zhǎng)到3000多個(gè)吧，不知道您可不可以寫(xiě)一個(gè)適用于任意數(shù)目基因的程序？謝謝了~~

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2012-08-11 15:00:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

herter

金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1013.9
散金: 901
紅花: 6
帖子: 1614
在線: 492.2小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 494724
注冊(cè): 2008-01-14
性別: GG
專業(yè): 生物信息學(xué)

樓上的程序?qū)懙暮芎冒。?br /> 另外給個(gè)建議，沒(méi)有時(shí)間寫(xiě)整個(gè)程序的；
1，把輸入數(shù)據(jù)放到txt中，不用excel，excel處理沒(méi)做過(guò)，估計(jì)不會(huì)簡(jiǎn)單；excel中都放進(jìn)去了，放到txt中應(yīng)該不難；
2，每一行的數(shù)據(jù)之間用空格分隔，到時(shí)候程序分段數(shù)據(jù)，會(huì)很方便的；
3，如果3000多條數(shù)據(jù)，互相需要兩兩比較的話，計(jì)算量到了千萬(wàn)級(jí)別，如果每一次比較的速度慢的話，會(huì)需要幾天時(shí)間才能算完一次；我曾經(jīng)算過(guò)兩兩比較兩個(gè)4k的基因組（調(diào)用外部blast程序）；如果每一次速度很快，估計(jì)半小時(shí)內(nèi)算完；
4，如果第一條中沒(méi)有辦法獲取原始數(shù)據(jù)，就只好把excel數(shù)據(jù)直接復(fù)制放到txt中，把寬的空格替換成一個(gè)空格，然后就可以用perl讀取數(shù)據(jù)和輸出數(shù)據(jù)了；
5，不要等哪位大哥能直接寫(xiě)出程序來(lái)，沒(méi)有這個(gè)時(shí)間和耐心的；自己做出應(yīng)該不難；

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

xiezhancnu

6樓2012-08-12 16:13:28

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

herter

金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1013.9
散金: 901
紅花: 6
帖子: 1614
在線: 492.2小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 494724
注冊(cè): 2008-01-14
性別: GG
專業(yè): 生物信息學(xué)

補(bǔ)充，
二維數(shù)組，換成一維就可以的；
每次讀入perl中一行，分別記錄了，1-2，1-3,1-4，。。。，1-3000；
第二行，2-3,2-4,2-5,...,2-3000;
直到最后一行，全部完成；

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2012-08-12 16:18:16

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 5294.5
紅花: 1
帖子: 146
在線: 84小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1387285
注冊(cè): 2011-09-02
專業(yè): 生物信息學(xué)

送鮮花一朵

引用回帖:

6樓: Originally posted by herter at 2012-08-12 16:13:28
樓上的程序?qū)懙暮芎冒。?br /> 另外給個(gè)建議，沒(méi)有時(shí)間寫(xiě)整個(gè)程序的；
1，把輸入數(shù)據(jù)放到txt中，不用excel，excel處理沒(méi)做過(guò)，估計(jì)不會(huì)簡(jiǎn)單；excel中都放進(jìn)去了，放到txt中應(yīng)該不難；
2，每一行的數(shù)據(jù)之間用空格分隔， ...

謝謝您~~我試試～～

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2012-08-12 16:32:45

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

jackie1179

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
金幣: 1929.2
紅花: 1
帖子: 460
在線: 47.2小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 1119284
注冊(cè): 2010-10-11
專業(yè): 生物信息學(xué)

★
xzhdty: 金幣+1, 謝謝 2012-08-13 22:22:35

借鑒了wizardfan在你新帖中的split方法，對(duì)原程序稍加修改，或許可以滿足你的要求。

CODE:

#!/usr/bin/perl 

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";

$pvalue_file = "pvalue.csv";

$out = "out";

undef %cor;

undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";

$tmp= ;

chomp($tmp);

$line =~ s/^\t//;

@gene = split(/\t/,$tmp);

print @gene,"\n";

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  chomp;

  @array = split(/\t/,$_);

  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {

    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];

  }

}

close COR;

foreach (sort keys %cor) {

  print $_,"=>","$cor{$_}\n";

}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";

;

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  chomp;

  @array = split(/\t/,$_);

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {

    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];

  }

}

close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";

print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";

for($i = 0; $i < 10; $i++) {

  for($j = 0; $j < 10; $j++) {

    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {

      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};

    }

  }

}

close OUT;

贊一下

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

xiezhancnu

9樓2012-08-13 10:01:38

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

送鮮花一朵

引用回帖:

9樓: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-13 10:01:38
借鑒了wizardfan在你新帖中的split方法，對(duì)原程序稍加修改，或許可以滿足你的要求。

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out ...

10樓2012-08-14 13:12:03

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 xiezhancnu 的主題更新

返回列表

普通表情龍兔虎貓

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 298-一志愿中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +8	手機(jī)用戶 2026-03-17	8/400	2026-03-20 09:32 by 陸伶越
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +7	sllhht 2026-03-19	8/400	2026-03-20 09:30 by 每天只擺一小會(huì)
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +6	z1z2z3879 2026-03-18	6/300	2026-03-20 08:49 by xingguangj
[考研] 320求調(diào)劑0856 +3	不想起名字112 2026-03-19	3/150	2026-03-19 22:53 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4	18889395102 2026-03-18	4/200	2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑 +5	楓橋ZL 2026-03-18	7/350	2026-03-19 14:52 by 功夫瘋狂
[考研] 317求調(diào)劑 +3	申子申申 2026-03-19	6/300	2026-03-19 14:16 by 申子申申
[考研] 一志愿西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3	晨昏線與星海 2026-03-19	3/150	2026-03-19 13:36 by houyaoxu
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +3	WayneLim327 2026-03-16	6/300	2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +4	生物工程調(diào)劑 2026-03-16	12/600	2026-03-19 11:10 by 生物工程調(diào)劑
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3	2026eternal 2026-03-18	3/150	2026-03-18 19:09 by 搏擊518
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書(shū)40+數(shù)一英一287 +8	小李0854 2026-03-16	8/400	2026-03-18 14:35 by 搏擊518
[考博] 26申博 +4	八6八68 2026-03-16	4/200	2026-03-17 13:00 by 輕松不少隨
[考研] 302求調(diào)劑 +4	小賈同學(xué)123 2026-03-15	8/400	2026-03-17 10:33 by 小賈同學(xué)123
[論文投稿] 有沒(méi)有大佬發(fā)小論文能帶我個(gè)二作 +3	增銳漏人 2026-03-17	4/200	2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑可跨專業(yè) +3	626776879 2026-03-14	9/450	2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3	努力奮斗112 2026-03-15	3/150	2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 0856求調(diào)劑 +3	劉夢(mèng)微 2026-03-15	3/150	2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 327求調(diào)劑 +6	拾光任染 2026-03-15	11/550	2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3	yang_0104 2026-03-15	3/150	2026-03-15 10:58 by peike