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xiezhancnu

木蟲 (小有名氣)

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[求助] perl程序求助，請(qǐng)大神們賜教~~~

我現(xiàn)在有十個(gè)基因，附件里的兩個(gè)文件分別是這十個(gè)基因任意兩個(gè)之間的相關(guān)系數(shù)和p-alue的值，附件應(yīng)該是很容易看懂的，呵呵~~，現(xiàn)在呢，我想改變一下輸出的格式，將兩個(gè)文件整合一下，輸出成這種格式：
基因1 基因2 相關(guān)系數(shù) p-value （這一行可有可無(wú)）
DR_2577 DR_A0328 0.81186 0.0000000171
……
輸出結(jié)果不算可有可無(wú)的第一行的話，應(yīng)該總共有45行，就是這么一個(gè)程序~~
我覺(jué)得應(yīng)該是說(shuō)清楚了，呵呵~~若是哪里說(shuō)的不夠清楚的話，請(qǐng)大神們主動(dòng)提出來(lái)，呵呵~~謝謝啦~~~

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附件 1 : pvalue.csv

2012-08-10 21:25:34, 11.5 K

附件 2 : cor.xls

2012-08-10 21:25:40, 12 K

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1樓 2012-08-10 21:39:31

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xiezhancnu

木蟲 (小有名氣)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本來(lái)是想幫你的，但是以前幫過(guò)你以后，一點(diǎn)回音都沒(méi)有http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建議別人不要幫助沒(méi)有基本禮儀的人。

不是的，我暈~~，現(xiàn)在放假了，那幾天家里有事回去了，我家農(nóng)村的，家里又上不了網(wǎng)！在家?guī)Я耸畞?lái)天，就把那個(gè)帖子給忘了，平時(shí)小木蟲上的又不多，請(qǐng)您不要生氣了哈~~現(xiàn)在把金幣給您~~暈~~·

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3樓2012-08-11 09:30:25

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wizardfan

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本來(lái)是想幫你的，但是以前幫過(guò)你以后，一點(diǎn)回音都沒(méi)有http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建議別人不要幫助沒(méi)有基本禮儀的人。

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2樓2012-08-11 01:58:24

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jackie1179

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiezhancnu: 金幣+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金幣+1, 謝謝參與 2012-08-13 22:21:08

你的原始文件要保存為文本文檔才好操作（用制表符分隔），因?yàn)橛胮erl操作excel表格我也不會(huì)

CODE:

#!/usr/bin/perl 

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";

$pvalue_file = "pvalue.csv";

$out = "out";

undef %cor;

undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";

 =~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

for($i = 1; $i <= 10; $i++) {

  push @gene,$$i;

}

print @gene,"\n";

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {

    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};

  }

}

close COR;

foreach (sort keys %cor) {

  print $_,"=>","$cor{$_}\n";

}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";

;

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {

    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};

  }

}

close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";

print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";

for($i = 0; $i < 10; $i++) {

  for($j = 0; $j < 10; $j++) {

    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {

      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};

    }

  }

}

close OUT;

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4樓2012-08-11 09:32:35

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xiezhancnu

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引用回帖:

4樓: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存為文本文檔才好操作（用制表符分隔），因?yàn)橛胮erl操作excel表格我也不會(huì)

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，剛剛看了一下您的程序，發(fā)現(xiàn)您的程序采用了正則表達(dá)式捕獲變量的方法，但是實(shí)際要處理的基因并不是10個(gè)，是3000多個(gè)，這樣的話，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/總不能延長(zhǎng)到3000多個(gè)吧，不知道您可不可以寫一個(gè)適用于任意數(shù)目基因的程序？謝謝了~~

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5樓2012-08-11 15:00:36

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