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xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] perl程序求助，請(qǐng)大神們賜教~~~

我現(xiàn)在有十個(gè)基因，附件里的兩個(gè)文件分別是這十個(gè)基因任意兩個(gè)之間的相關(guān)系數(shù)和p-alue的值，附件應(yīng)該是很容易看懂的，呵呵~~，現(xiàn)在呢，我想改變一下輸出的格式，將兩個(gè)文件整合一下，輸出成這種格式：
基因1 基因2 相關(guān)系數(shù) p-value （這一行可有可無(wú)）
DR_2577 DR_A0328 0.81186 0.0000000171
……
輸出結(jié)果不算可有可無(wú)的第一行的話，應(yīng)該總共有45行，就是這么一個(gè)程序~~
我覺(jué)得應(yīng)該是說(shuō)清楚了，呵呵~~若是哪里說(shuō)的不夠清楚的話，請(qǐng)大神們主動(dòng)提出來(lái)，呵呵~~謝謝啦~~~

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附件 1 : pvalue.csv

2012-08-10 21:25:34, 11.5 K

附件 2 : cor.xls

2012-08-10 21:25:40, 12 K

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1樓 2012-08-10 21:39:31

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wizardfan

至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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本來(lái)是想幫你的，但是以前幫過(guò)你以后，一點(diǎn)回音都沒(méi)有http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建議別人不要幫助沒(méi)有基本禮儀的人。

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2樓2012-08-11 01:58:24

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xiezhancnu

木蟲(chóng) (小有名氣)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by wizardfan at 2012-08-11 01:58:24
本來(lái)是想幫你的，但是以前幫過(guò)你以后，一點(diǎn)回音都沒(méi)有http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4773466&fpage=1，我也建議別人不要幫助沒(méi)有基本禮儀的人。

不是的，我暈~~，現(xiàn)在放假了，那幾天家里有事回去了，我家農(nóng)村的，家里又上不了網(wǎng)！在家?guī)Я耸畞?lái)天，就把那個(gè)帖子給忘了，平時(shí)小木蟲(chóng)上的又不多，請(qǐng)您不要生氣了哈~~現(xiàn)在把金幣給您~~暈~~·

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3樓2012-08-11 09:30:25

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jackie1179

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiezhancnu: 金幣+10 2012-08-11 09:45:21
xzhdty: 金幣+1, 謝謝參與 2012-08-13 22:21:08

你的原始文件要保存為文本文檔才好操作（用制表符分隔），因?yàn)橛胮erl操作excel表格我也不會(huì)

CODE:

#!/usr/bin/perl 

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";

$pvalue_file = "pvalue.csv";

$out = "out";

undef %cor;

undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";

 =~ /(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

for($i = 1; $i <= 10; $i++) {

  push @gene,$$i;

}

print @gene,"\n";

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {

    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};

  }

}

close COR;

foreach (sort keys %cor) {

  print $_,"=>","$cor{$_}\n";

}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";

;

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  $_ =~ /^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/;

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {

    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = ${$j + 1};

  }

}

close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";

print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";

for($i = 0; $i < 10; $i++) {

  for($j = 0; $j < 10; $j++) {

    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {

      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};

    }

  }

}

close OUT;

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4樓2012-08-11 09:32:35

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xiezhancnu

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引用回帖:

4樓: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-11 09:32:35
你的原始文件要保存為文本文檔才好操作（用制表符分隔），因?yàn)橛胮erl操作excel表格我也不會(huì)

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
...

你好，剛剛看了一下您的程序，發(fā)現(xiàn)您的程序采用了正則表達(dá)式捕獲變量的方法，但是實(shí)際要處理的基因并不是10個(gè)，是3000多個(gè)，這樣的話，您的程序就完全不是用了，/^\S+\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)/總不能延長(zhǎng)到3000多個(gè)吧，不知道您可不可以寫(xiě)一個(gè)適用于任意數(shù)目基因的程序？謝謝了~~

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5樓2012-08-11 15:00:36

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樓上的程序?qū)懙暮芎冒。?br /> 另外給個(gè)建議，沒(méi)有時(shí)間寫(xiě)整個(gè)程序的；
1，把輸入數(shù)據(jù)放到txt中，不用excel，excel處理沒(méi)做過(guò)，估計(jì)不會(huì)簡(jiǎn)單；excel中都放進(jìn)去了，放到txt中應(yīng)該不難；
2，每一行的數(shù)據(jù)之間用空格分隔，到時(shí)候程序分段數(shù)據(jù)，會(huì)很方便的；
3，如果3000多條數(shù)據(jù)，互相需要兩兩比較的話，計(jì)算量到了千萬(wàn)級(jí)別，如果每一次比較的速度慢的話，會(huì)需要幾天時(shí)間才能算完一次；我曾經(jīng)算過(guò)兩兩比較兩個(gè)4k的基因組（調(diào)用外部blast程序）；如果每一次速度很快，估計(jì)半小時(shí)內(nèi)算完；
4，如果第一條中沒(méi)有辦法獲取原始數(shù)據(jù)，就只好把excel數(shù)據(jù)直接復(fù)制放到txt中，把寬的空格替換成一個(gè)空格，然后就可以用perl讀取數(shù)據(jù)和輸出數(shù)據(jù)了；
5，不要等哪位大哥能直接寫(xiě)出程序來(lái)，沒(méi)有這個(gè)時(shí)間和耐心的；自己做出應(yīng)該不難；

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xiezhancnu

6樓2012-08-12 16:13:28

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補(bǔ)充，
二維數(shù)組，換成一維就可以的；
每次讀入perl中一行，分別記錄了，1-2，1-3,1-4，。。。，1-3000；
第二行，2-3,2-4,2-5,...,2-3000;
直到最后一行，全部完成；

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7樓2012-08-12 16:18:16

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引用回帖:

6樓: Originally posted by herter at 2012-08-12 16:13:28
樓上的程序?qū)懙暮芎冒。?br /> 另外給個(gè)建議，沒(méi)有時(shí)間寫(xiě)整個(gè)程序的；
1，把輸入數(shù)據(jù)放到txt中，不用excel，excel處理沒(méi)做過(guò)，估計(jì)不會(huì)簡(jiǎn)單；excel中都放進(jìn)去了，放到txt中應(yīng)該不難；
2，每一行的數(shù)據(jù)之間用空格分隔， ...

謝謝您~~我試試～～

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8樓2012-08-12 16:32:45

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★
xzhdty: 金幣+1, 謝謝 2012-08-13 22:22:35

借鑒了wizardfan在你新帖中的split方法，對(duì)原程序稍加修改，或許可以滿足你的要求。

CODE:

#!/usr/bin/perl 

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";

$pvalue_file = "pvalue.csv";

$out = "out";

undef %cor;

undef %pvalue;

open(COR,"$cor_file") || die "Cannot open this file$!";

$tmp= ;

chomp($tmp);

$line =~ s/^\t//;

@gene = split(/\t/,$tmp);

print @gene,"\n";

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  chomp;

  @array = split(/\t/,$_);

  for($j = $cnt; $j < 10 ; $j++ ) {

    $cor{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];

  }

}

close COR;

foreach (sort keys %cor) {

  print $_,"=>","$cor{$_}\n";

}

open(PVALUE,"$pvalue_file") || die "Cannot open this file$!";

;

$cnt = 0;

while() {

  $cnt++;

  chomp;

  @array = split(/\t/,$_);

  for($j = $cnt; $j < 10; $j++) {

    $pvalue{$gene[$cnt - 1],$gene[$j]} = $array[$j + 1];

  }

}

close PVALUE;

open(OUT,">$out") || die "Cannot write to this file$!";

print OUT "gene1\tgene2\tcorrelation efficient\t p-value\n";

for($i = 0; $i < 10; $i++) {

  for($j = 0; $j < 10; $j++) {

    if(exists $cor{$gene[$i],$gene[$j]}) {

      printf OUT "%-8s\t%-8s\t%8s\t%8s\n",$gene[$i],$gene[$j],$cor{$gene[$i],$gene[$j]},$pvalue{$gene[$i],$gene[$j]};

    }

  }

}

close OUT;

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xiezhancnu

9樓2012-08-13 10:01:38

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xiezhancnu

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引用回帖:

9樓: Originally posted by jackie1179 at 2012-08-13 10:01:38
借鑒了wizardfan在你新帖中的split方法，對(duì)原程序稍加修改，或許可以滿足你的要求。

#!/usr/bin/perl

use warnings;

$cor_file = "cor.csv";
$pvalue_file = "pvalue.csv";
$out ...

10樓2012-08-14 13:12:03

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