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【答案】應助回帖
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ppx523(金幣+2): ★★★★★最佳答案 2012-02-05 18:47:02
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用ClustalX做多序列比對分析圖示 1、打開程序 如下圖所示： 2、Load Sequnce, 載入序列 如下圖所示： 3、選擇序列文件，F(xiàn)ASTA格式的 如下圖所示： 4、用文本編輯器察看FASTA序列文件內(nèi)容，這里用的是記事本，推薦用EditPlus或者Ultraedit 如下圖所示： 5、序列Load進去之后 如下圖所示： 6、Do Complete Alignment, 通常情況下直接選這個即可，無須修改比對參數(shù) 如下圖所示： 7、點Do Complete Alignment之后彈出的文件對話框，.dnd的是輸出的指導樹文件，.aln的是序列比對結(jié)果，它們都是純文本文件 如下圖所示： 點“ALIGN”之后開始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果數(shù)據(jù)很多，可能要等一段時間，這時候可以用眼睛盯著ClustalX的狀態(tài)欄，那里會有程序運行狀態(tài)和現(xiàn)在正在比對那兩條序列的提示信息，看看可以消磨時間。。。 8、比對結(jié)束之后，我們可以看到這個結(jié)果 如下圖所示： 9、這時候我們可以發(fā)現(xiàn)ClustalX已經(jīng)生成了.dnd和.aln兩個文件，仍然用文本編輯器打開來看，這時.aln文件，這個文件可以用Mega2做進一步的bootstrap進化樹分析 如下圖所示： 10、這是.dnd文件（指導樹） 如下圖所示： 11、可以用Treeview打開dnd文件，看上去就像這樣子 如下圖所示： |
2樓2012-02-05 13:35:51
jiaxinfish
金蟲 (正式寫手)
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2012-02-05 13:37:12, 218 K
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ppx5233樓2012-02-05 13:37:17
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