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藍(lán)紫色玻璃心新蟲 (小有名氣)
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[求助]
trr文件如何輸出
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| 進(jìn)行模擬的時(shí)候沒有讓輸出trr文件，但是現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)要用到那個(gè)文件，用什么樣的命令可以得到這個(gè)文件呢，望指點(diǎn) |
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【答案】應(yīng)助回帖
藍(lán)紫色玻璃心(金幣+5): 2012-02-14 11:54:09
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝 2012-02-17 22:11:39
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也就是說你想接著上一步的模擬，繼續(xù)增加模擬時(shí)間，是這樣吧？ 如果你的初始MDP文件中設(shè)置的模擬時(shí)間就很長，沒有算完，想繼續(xù)往下算的話，直接讀入前一個(gè)斷點(diǎn)（.cpt文件）就行了 ，在的mdrun 命令中加入-cpi 就可以把最初始設(shè)置的模擬時(shí)間算完。這中情況不需要.trr文件。 如果你初的MDP文件中設(shè)置的模擬時(shí)間已經(jīng)算完了，想繼續(xù)模擬下去，就更簡單了，把你上一步得到的.gro文件作為繼續(xù)模擬的初始結(jié)構(gòu)，就可以了啊。也不需要以前的.trr 文件，如果你以后需要的話，可以在繼續(xù)模擬的MDP文件中讓.trr 文件輸出出來。 |
藍(lán)紫色玻璃心4樓2012-02-10 09:58:38
2樓2012-02-10 09:46:35
藍(lán)紫色玻璃心
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3樓2012-02-10 09:49:29
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5樓2012-02-10 10:45:17
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