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樂(lè)逍遙741金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
BSSE校正
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我做離解能時(shí)用的都是Ezpe值，審稿人建議我替換為free energies evaluating thermal and entropic corrections, 在另外一條意見(jiàn)中提到過(guò)最好用BSSE校正。請(qǐng)問(wèn)，兩條意見(jiàn)是否矛盾？我查到的 E(校正相互作用能)=E(相互作用能)+BSSE，E(相互作用能)=E(AB)-E(AO)-E(BO), 請(qǐng)問(wèn)E(AB)、E(AO)、E(BO)應(yīng)取什么值？是否可以取審稿人建議的“free energies evaluating thermal and entropic corrections”？ 謝謝！ |
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ChemiAndy
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990(金幣+3): 2012-02-12 22:22:46
樂(lè)逍遙741(金幣+10): ★★★很有幫助 2012-02-13 09:48:06
gmy1990(金幣+3): 2012-02-12 22:22:46
樂(lè)逍遙741(金幣+10): ★★★很有幫助 2012-02-13 09:48:06
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不矛盾。BSSE是基組疊加引起的誤差，而free energy則是對(duì)熱效應(yīng)和熵效應(yīng)的校正，完全不同來(lái)源的校正。 E(AB)、E(AO)、E(BO)就是分別優(yōu)化AB, A和B得到的總能。當(dāng)然最好取free energies with thermal and entropic corrections。 |
2樓2012-02-12 21:19:16
樂(lè)逍遙741
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3樓2012-02-13 10:10:37
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樂(lè)逍遙741(金幣+10): ★★★很有幫助 2012-02-14 14:30:16
gmy1990(金幣+5): 2012-03-08 16:41:46
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gmy1990(金幣+5): 2012-03-08 16:41:46
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1. 對(duì)頭。 2. 合理不合理，要看熱力學(xué)和熵校正與BSSE的關(guān)系。 首先HF總能，或MP2總能，相當(dāng)于分子的內(nèi)能U；而熱力學(xué)校正，即焓的計(jì)算是H=U+PV， 自由能G=H-TS，其中熵S是把分子看作剛體計(jì)算轉(zhuǎn)動(dòng)和平動(dòng)熵，并在簡(jiǎn)諧近似下計(jì)算左右的振動(dòng)熵，另外考慮電子熵。其中振動(dòng)熵的貢獻(xiàn)占90%以上。進(jìn)行BSSE，相當(dāng)于是對(duì)焓的內(nèi)能部分進(jìn)行修正；而內(nèi)能修正不影響其他計(jì)算結(jié)果。 當(dāng)然，振動(dòng)熵顯然是基于BSSE校正前的能量進(jìn)行二階微分得到的，這一部分包含BSSE的誤差無(wú)法消除，但是這個(gè)誤差應(yīng)該小到可以忽略。 因此，我認(rèn)為合理。 |
4樓2012-02-13 18:00:42
樂(lè)逍遙741
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再問(wèn)您一個(gè)問(wèn)題哈，如何查找free energies with thermal and entropic corrections？ 我在高斯輸出文件中尋找free energies with thermal and entropic corrections，發(fā)現(xiàn)沒(méi)有對(duì)應(yīng)的，如下： Zero-point correction= 0.037424 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.046197 Thermal correction to Enthalpy= 0.047141 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.003273 Sum of electronic and zero-point Energies= -414.287768 Sum of electronic and thermal Energies= -414.278995 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -414.278051 Sum of electronic and thermal Free Energies= -414.321919 E (Thermal) CV S KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin Total 28.989 28.058 92.327 Electronic 0.000 0.000 0.000 Translational 0.889 2.981 40.186 Rotational 0.889 2.981 26.662 Vibrational 27.212 22.097 25.479 我在下一部分看到有E (Thermal)和S的total 值 28.989和 92.327 ，請(qǐng)問(wèn)是這兩個(gè)值分別是thermal and entropic 校正值嗎？如果是的話， free energies with thermal and entropic corrections=Etot-28.989-92.327，這樣計(jì)算對(duì)嗎？謝謝您！ |
5樓2012-02-14 15:42:50
樂(lè)逍遙741
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6樓2012-02-14 16:09:23
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| 直接取總自由能即可：Sum of electronic and thermal Free Energies= -414.321919 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
樂(lè)逍遙7417樓2012-02-14 21:46:00
樂(lè)逍遙741
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8樓2012-02-15 10:29:41
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