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BSSE校正
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我做離解能時用的都是Ezpe值,審稿人建議我替換為free energies evaluating thermal and entropic corrections, 在另外一條意見中提到過最好用BSSE校正。請問,兩條意見是否矛盾?我查到的 E(校正相互作用能)=E(相互作用能)+BSSE,E(相互作用能)=E(AB)-E(AO)-E(BO), 請問E(AB)、E(AO)、E(BO)應(yīng)取什么值?是否可以取審稿人建議的“free energies evaluating thermal and entropic corrections”? 謝謝! |
木蟲 (正式寫手)
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不矛盾。BSSE是基組疊加引起的誤差,而free energy則是對熱效應(yīng)和熵效應(yīng)的校正,完全不同來源的校正。 E(AB)、E(AO)、E(BO)就是分別優(yōu)化AB, A和B得到的總能。當(dāng)然最好取free energies with thermal and entropic corrections。 |
木蟲 (正式寫手)
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1. 對頭。 2. 合理不合理,要看熱力學(xué)和熵校正與BSSE的關(guān)系。 首先HF總能,或MP2總能,相當(dāng)于分子的內(nèi)能U;而熱力學(xué)校正,即焓的計算是H=U+PV, 自由能G=H-TS,其中熵S是把分子看作剛體計算轉(zhuǎn)動和平動熵,并在簡諧近似下計算左右的振動熵,另外考慮電子熵。其中振動熵的貢獻占90%以上。進行BSSE,相當(dāng)于是對焓的內(nèi)能部分進行修正;而內(nèi)能修正不影響其他計算結(jié)果。 當(dāng)然,振動熵顯然是基于BSSE校正前的能量進行二階微分得到的,這一部分包含BSSE的誤差無法消除,但是這個誤差應(yīng)該小到可以忽略。 因此,我認為合理。 |
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再問您一個問題哈,如何查找free energies with thermal and entropic corrections? 我在高斯輸出文件中尋找free energies with thermal and entropic corrections,發(fā)現(xiàn)沒有對應(yīng)的,如下: Zero-point correction= 0.037424 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.046197 Thermal correction to Enthalpy= 0.047141 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.003273 Sum of electronic and zero-point Energies= -414.287768 Sum of electronic and thermal Energies= -414.278995 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -414.278051 Sum of electronic and thermal Free Energies= -414.321919 E (Thermal) CV S KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin Total 28.989 28.058 92.327 Electronic 0.000 0.000 0.000 Translational 0.889 2.981 40.186 Rotational 0.889 2.981 26.662 Vibrational 27.212 22.097 25.479 我在下一部分看到有E (Thermal)和S的total 值 28.989和 92.327 ,請問是這兩個值分別是thermal and entropic 校正值嗎?如果是的話, free energies with thermal and entropic corrections=Etot-28.989-92.327,這樣計算對嗎?謝謝您! |
木蟲 (正式寫手)
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