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muxiachuixue

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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專業(yè): 合成藥物化學(xué)

[求助] 求助如何固定原子坐標(biāo)進(jìn)行優(yōu)化，快搞瘋了

小弟算一個(gè)酶催化反應(yīng)的過(guò)渡態(tài)，第一步是優(yōu)化反應(yīng)模型（65個(gè)原子，C/H/O/N/P），氨基酸殘基坐標(biāo)來(lái)自晶體結(jié)構(gòu)，配體分子是我隨便擺的，現(xiàn)在想固定氨基酸殘基截?cái)帱c(diǎn)的坐標(biāo)，防止優(yōu)化過(guò)程中氨基酸變化過(guò)大，于是將要固定的原子前加-1，opt，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤：
New curvilinear step failed, DQL= 2.27D-05 SP=-1.06D-01.
OIter  1 Iteration    1 Try  1 RMS(Cart)=  1.33837418 RMS(Int)=  0.10615517
OIter  1 Iteration    2 Try  1 RMS(Cart)=  0.48462652 RMS(Int)=  0.03868199
OIter  1 Iteration    3 Try  1 RMS(Cart)=  0.14237191 RMS(Int)=  0.02029609
OIter  1 Iteration    4 Try  1 RMS(Cart)=  0.14305967 RMS(Int)=  0.02619501
Old curvilinear step not converged, using linear step
OIter  1 Iteration    1 Try  1 RMS(Cart)=  0.00160751 RMS(Int)=  0.00012488
OIter  1 Iteration    2 Try  1 RMS(Cart)=  0.00068394 RMS(Int)=  0.00002980
OIter  1 Iteration    3 Try  1 RMS(Cart)=  0.00013829 RMS(Int)=  0.00002363
OIter  1 Iteration    4 Try  1 RMS(Cart)=  0.00015263 RMS(Int)=  0.00002022
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Sat Feb 18 05:51:33 2012.
Job cpu time:  5 days  5 hours 52 minutes 14.6 seconds.
而且我查看優(yōu)化過(guò)程中的幾個(gè)中間結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)其實(shí)固定的幾個(gè)原子相對(duì)位置都變了！
于是嘗試加opt=cartesian；優(yōu)化了100多步，沒(méi)優(yōu)化完，也沒(méi)出現(xiàn)錯(cuò)誤，但是查看坐標(biāo)相對(duì)位置，固定的幾個(gè)原子相對(duì)位置還是變了，雖然變化很��！
現(xiàn)在嘗試用內(nèi)坐標(biāo)加modredundant，不知可否。問(wèn)兩個(gè)問(wèn)題：
1.如何成功地固定原子進(jìn)行優(yōu)化？
2.沒(méi)優(yōu)化完的結(jié)構(gòu)打開(kāi)來(lái)看，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤，提示電荷與自旋多重度不匹配？我設(shè)的電荷-4，自旋多重度1，沒(méi)錯(cuò)啊~不理解；以下附上gjf和out，望大俠不吝賜教！

[ Last edited by muxiachuixue on 2012-2-18 at 19:25 ]

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附件 1 : initial1_opt_6-31+g(d,p)_fix_nocartesian.gjf

2012-02-18 19:21:39, 4.92 K

附件 2 : initial1_opt_6-31+g(d,p)_fix_nocartesian.out

2012-02-18 19:21:41, 441.3 K

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以無(wú)法為有法，以無(wú)限為有限

1樓 2012-02-18 19:22:51

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gjf文件
%nprocshared=12
%mem=4000MB
# opt=cartesian freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

initial1_opt+freq_cartesian

-4 1
C                -7.41401000 -0.97994100 -3.21093900
C                -6.61418700 -0.53885300 -2.02537000
N                -7.17639100 -0.33652000 -0.78298000
C                -5.27034800 -0.25665100 -1.86879000
C                -6.17035100 0.02671300 0.05746700
N                -4.99945100 0.09614400 -0.56085800
C             -11.88427500 -0.99792700 0.87376500
C             -11.08435300 -0.60518200 -0.38621300
O                -9.83345600 -0.46883100 -0.20041400
O             -11.73247900 -0.42804500 -1.43980900
O                1.70337200 -4.66185600 -1.05342000
C                2.22561200 -4.36144900 0.02098300
C                2.51829400 -2.88986100 0.43849900
O                1.83846300 -1.94779200 -0.39986100
C                2.11600200 -0.58457000 -0.11556100
C                1.67886600 -0.22595200 1.32724800
O                1.88579000 1.15948300 1.60161500
C                2.38626600 -1.16810000 2.29873100
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C                2.08212200 -2.62138200 1.90890000
O                2.69878900 -3.48547100 2.84285800
O                3.50076700 -0.30614700 -0.26750000
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O                5.60347000 1.12083600 -0.44276000
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H                -7.81963000 -1.99044200 -3.07541600
H             -12.02874700 -0.10800400 1.49068600
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5 6 1.5 35 1.0
6
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2樓2012-02-18 19:27:58

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引用回帖:

2樓: Originally posted by muxiachuixue at 2012-02-18 19:27:58:
gjf文件
%nprocshared=12
%mem=4000MB
# opt=cartesian freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

initial1_opt+freq_cartesian

-4 1
C -7.41401000 -0.97994100 -3.2109 ...

不好意思，寫(xiě)錯(cuò)了，這個(gè)才是輸入文件
%nprocshared=12
%mem=4000MB
# opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

initial1_opt+freq_6-31+g(d,p)

-4 1
C             -1 35.74600000 17.70700000 37.06500000
C             0 34.55400000 17.07300000 36.42100000
N             0 33.71300000 16.21900000 37.09900000
C             0 34.06300000 17.16500000 35.16400000
C             0 32.75500000 15.81100000 36.28600000
N             0 32.94400000 16.37000000 35.10600000
C             -1 36.35100000 12.23000000 39.59000000
C             0 35.34500000 12.95400000 38.70400000
O             0 34.80500000 13.99300000 39.14400000
O             0 35.09900000 12.48100000 37.57000000
O             0 30.05008229 18.16819493 37.00040235
C             0 30.19200000 19.39400000 36.80100000
C             0 29.71700000 19.83800000 35.40200000
O             0 30.84500000 19.59000000 34.47800000
C             0 30.55300000 19.94300000 33.07600000
C             0 29.26000000 19.22600000 32.62500000
O             0 29.00000000 19.60800000 31.28500000
C             0 28.05500000 19.60200000 33.54500000
O             0 26.86400000 18.93900000 33.11100000
C             0 28.43700000 19.11400000 34.95000000
O             0 27.39300000 19.41500000 35.90000000
O             0 30.30000000 21.33400000 32.86000000
P             0 31.19300000 22.65600000 33.07400000
O             0 31.44800000 23.34400000 31.81100000
O             0 32.37400000 22.26500000 33.80900000
O             0 30.20000000 23.61800000 33.89000000
P             0 29.91600000 23.94900000 35.42400000
O             0 28.85600000 24.94800000 35.42400000
O             0 29.69100000 22.74800000 36.18500000
O             0 31.22700000 24.58900000 35.96000000
C             -1 31.71100000 25.80900000 35.39300000
H             0 36.26137112 16.91621446 37.56893534
H             0 36.23792923 18.25830768 36.29107141
H             0 34.46998508 17.74793333 34.36434265
H             0 31.96071532 15.14099832 36.54116580
H             0 36.86206837 12.99186768 40.14069662
H             0 36.89985044 11.57832409 38.94271205
H             0 29.45011886 20.87410038 35.41505577
H             0 31.42755844 19.65406833 32.53142125
H             0 29.38882618 18.16611236 32.69529934
H             0 29.72891881 20.13942462 30.95657156
H             0 27.86180339 20.65415741 33.52176510
H             0 26.14592876 19.14344770 33.71446900
H             0 28.58582374 18.05513240 34.91061856
H             0 27.75118215 19.95416339 36.60894879
H             0 30.87236139 26.46227634 35.27128188
H             0 32.31703394 25.55346377 34.54900705
H             0 33.83353238 15.88732079 38.03466065
H             0 35.49730535 18.42234640 37.82086407
H             0 35.88600556 11.59973646 40.31900483
H             0 32.35305485 26.24353604 36.13045780
H             0 31.96751104 16.63649352 33.53018581
O             0 31.39310568 16.88254181 32.80140688
C             0 32.60136031 15.06120516 31.78645413
C             0 32.81251344 14.26275187 30.66201733
C             0 32.02421115 14.43705893 29.52473184
C             0 31.02340425 15.40939592 29.51196969
C             0 30.81204569 16.20730021 30.63634211
C             0 31.60132781 16.03347904 31.77354474
H             0 33.22327326 14.92391946 32.68284676
H             0 33.60150888 13.49683836 30.67223884
H             0 32.19100051 13.80817139 28.63817768
H             0 30.40194302 15.54660803 28.61516698
H             0 30.02336623 16.97369697 30.62659861
O             0 30.67728943 20.12328595 37.69270408

1 2 1.0 32 1.0 33 1.0 49 1.0
2 3 1.5 4 2.0
3 5 2.0 48 1.0
4 6 1.5 34 1.0
5 6 2.0 35 1.0
6
7 8 1.0 36 1.0 37 1.0 50 1.0
8 9 2.0 10 2.0
9
10
11 12 1.5
12 13 1.0 65 1.5
13 14 1.0 20 1.0 38 1.0
14 15 1.0
15 16 1.0 22 1.0 39 1.0
16 17 1.0 18 1.0 40 1.0
17 41 1.0
18 19 1.0 20 1.0 42 1.0
19 43 1.0
20 21 1.0 44 1.0
21 45 1.0
22 23 1.0
23 24 2.0 25 2.0 26 1.5
24
25
26 27 1.5
27 28 2.0 29 2.0 30 1.5
28
29
30 31 1.0
31 46 1.0 47 1.0 51 1.0
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52 53 1.0
53 59 1.0
54 55 1.5 59 1.5 60 1.0
55 56 1.5 61 1.0
56 57 1.5 62 1.0
57 58 1.5 63 1.0
58 59 1.5 64 1.0
59
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3樓2012-02-18 19:30:31

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樓主，自旋度不是（電荷數(shù)+1）嗎？？？為什么電荷是-4 而自旋是1呢？？？

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4樓2012-02-18 23:00:45

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我新學(xué)量化，有好多地方都不太明白

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5樓2012-02-18 23:01:26

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 追風(fēng)de老頭子 at 2012-02-18 23:00:45:
樓主，自旋度不是（電荷數(shù)+1）嗎？？？為什么電荷是-4 而自旋是1呢？？？

體系單電子數(shù)+1 ， not charge

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6樓2012-02-19 01:32:57

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太長(zhǎng)了容易扯著淡從頭到位也沒(méi)看出來(lái)你哪里固定原子了先自己google吧同時(shí)固定原子+moreredu。。。（單詞記不主）才有效

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7樓2012-02-19 01:35:40

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muxiachuixue

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樓: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-02-19 01:35:40:

太長(zhǎng)了容易扯著淡從頭到位也沒(méi)看出來(lái)你哪里固定原子了先自己google吧同時(shí)固定原子+moreredu。。。（單詞記不主）才有效

你好，我昨天剛試過(guò)modredundant，用內(nèi)坐標(biāo)寫(xiě)輸入文件，算到第五步就停了，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Sat Feb 18 23:59:09 2012.
不知道怎么回事

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8樓2012-02-19 10:26:05

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高斯不是這么用的，不要以為把分子隨便擺擺，扔進(jìn)去就能算出東西來(lái)

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9樓2012-02-20 01:42:55

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引用回帖:

樓: Originally posted by 獨(dú)唱團(tuán) at 2012-02-20 01:42:55:
高斯不是這么用的，不要以為把分子隨便擺擺，扔進(jìn)去就能算出東西來(lái)

我是個(gè)新手，很多東西都還不懂，請(qǐng)問(wèn)我寫(xiě)的關(guān)鍵詞是不是有問(wèn)題，還是我的結(jié)構(gòu)要調(diào)整一下再固定原子？謝謝！

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10樓2012-02-20 03:54:20

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