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lzn_t木蟲 (小有名氣)
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[求助]
怎樣在DMol3 結構優(yōu)化中使構型基本保持不變？
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現已知同一物質存在兩種不同結構a和b，已知晶胞(supercell)在不帶電荷時a結構更為穩(wěn)定；帶有+1電荷時b更穩(wěn)定。問題是：b結構的supercell在電中性下優(yōu)化所得結果會變?yōu)閍結構的supercell，但我需要得到b構型在電中性時的最優(yōu)supercell，該如何實現？ [ Last edited by lzn_t on 2012-2-20 at 17:37 ] |
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1006094470
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2樓2012-02-20 21:51:45
souledge
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WDD880227(金幣+1): 感謝提示 2012-02-21 08:34:11
WDD880227(金幣+1): 感謝提示 2012-02-21 08:34:11
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不知道LZ對于“基本構型”的理解是怎樣的，這個詞匯很曖昧，很難量化表示。 如果說是比例尺一樣放大縮小，但各原子之間的空間對稱關系保持不變，可以用分數坐標固定；如果說要各原子的絕對距離都不變，就要迪卡爾坐標固定。 相應的，還有在某軸向上固定其他軸向上變動之類的。 如果LZ想要的是，可以稍微構造變化一點，但是不要變化太多。比如正方體變成底比高為100:99的四方也可以接受，但是如果變成了不一定什么樣子的結構就不能接受的話，那LZ就對電腦的智能期待太高了，或者，LZ的行為已經類似于“向著自己想要的結果上取優(yōu)化”，從而與造結果沒什么區(qū)別了…… |
3樓2012-02-20 22:07:37
WDD880227(金幣+1): 感謝交流 2012-02-21 08:34:25
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結構優(yōu)化的原則應該是尊重實驗結構，也就是優(yōu)化后的結構與優(yōu)化前的結構（實驗結構）越接近越好，如果出入太大，就得檢查優(yōu)化的設置，或則程序本身了。如果真如樓主所說，結構優(yōu)化能夠產生這樣大的結構調整，樓主應該檢查一下設置了。 PS: 個人覺得，樓主的描述是在考察我們的思辨能力，a和b是同一物質，已經說明a的supercell在電中性時最穩(wěn)定，b的supercell在帶一個單位電荷時最穩(wěn)定，那么在電中性條件下優(yōu)化b的supercell，得到a的supercell有什么好奇怪的？我想程序想告訴你a的supercell就是電中性條件下b的最優(yōu)supercell 樓主最好說的具體點，a和b的差異是什么？ |
4樓2012-02-20 23:16:44
lzn_t
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是這樣的，在電中性時兩種結構均存在，雖然a結構的能量更低，也更穩(wěn)定，但由于b結構向a結構轉變時存在能量勢壘，所以并非b結構在得到一個電子后一定會轉變?yōu)閍結構。本計算的初衷也是在建立電中性時兩種結構的合理模型，然后尋找結構轉變的能量路徑(energy path of chemical reaction)。由于兩種結構的supercell在建立時在某些細節(jié)之處沒有可靠的數據可供使用，故而需先對所建立的模型結構優(yōu)化，再計算其反應勢壘。但現在問題是電中性時b優(yōu)化結果即為a結構，無法將優(yōu)化后的b作為reactant來對待。 另外，已驗證在帶有+1電荷時，a結構優(yōu)化后不會變?yōu)閎結構。因此，估計在電中性時兩者之間勢壘很小，而帶有+1電荷時則勢壘稍高。盡管如此，依然想得到其具體的勢壘值，但怎樣得到電中性時合理的b結構呢？ |
5樓2012-02-21 11:09:51
lzn_t
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6樓2012-02-21 12:55:29
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7樓2012-02-21 12:56:45
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