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lzn_t木蟲 (小有名氣)
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[求助]
怎樣在DMol3 結(jié)構(gòu)優(yōu)化中使構(gòu)型基本保持不變？
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現(xiàn)已知同一物質(zhì)存在兩種不同結(jié)構(gòu)a和b，已知晶胞(supercell)在不帶電荷時a結(jié)構(gòu)更為穩(wěn)定；帶有+1電荷時b更穩(wěn)定。問題是：b結(jié)構(gòu)的supercell在電中性下優(yōu)化所得結(jié)果會變?yōu)閍結(jié)構(gòu)的supercell，但我需要得到b構(gòu)型在電中性時的最優(yōu)supercell，該如何實現(xiàn)？ [ Last edited by lzn_t on 2012-2-20 at 17:37 ] |
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2樓2012-02-20 21:51:45
souledge
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+1): 感謝提示 2012-02-21 08:34:11
WDD880227(金幣+1): 感謝提示 2012-02-21 08:34:11
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不知道LZ對于“基本構(gòu)型”的理解是怎樣的，這個詞匯很曖昧，很難量化表示。 如果說是比例尺一樣放大縮小，但各原子之間的空間對稱關(guān)系保持不變，可以用分?jǐn)?shù)坐標(biāo)固定；如果說要各原子的絕對距離都不變，就要迪卡爾坐標(biāo)固定。 相應(yīng)的，還有在某軸向上固定其他軸向上變動之類的。 如果LZ想要的是，可以稍微構(gòu)造變化一點，但是不要變化太多。比如正方體變成底比高為100:99的四方也可以接受，但是如果變成了不一定什么樣子的結(jié)構(gòu)就不能接受的話，那LZ就對電腦的智能期待太高了，或者，LZ的行為已經(jīng)類似于“向著自己想要的結(jié)果上取優(yōu)化”，從而與造結(jié)果沒什么區(qū)別了…… |
3樓2012-02-20 22:07:37
WDD880227(金幣+1): 感謝交流 2012-02-21 08:34:25
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結(jié)構(gòu)優(yōu)化的原則應(yīng)該是尊重實驗結(jié)構(gòu)，也就是優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)與優(yōu)化前的結(jié)構(gòu)（實驗結(jié)構(gòu)）越接近越好，如果出入太大，就得檢查優(yōu)化的設(shè)置，或則程序本身了。如果真如樓主所說，結(jié)構(gòu)優(yōu)化能夠產(chǎn)生這樣大的結(jié)構(gòu)調(diào)整，樓主應(yīng)該檢查一下設(shè)置了。 PS: 個人覺得，樓主的描述是在考察我們的思辨能力，a和b是同一物質(zhì)，已經(jīng)說明a的supercell在電中性時最穩(wěn)定，b的supercell在帶一個單位電荷時最穩(wěn)定，那么在電中性條件下優(yōu)化b的supercell，得到a的supercell有什么好奇怪的？我想程序想告訴你a的supercell就是電中性條件下b的最優(yōu)supercell 樓主最好說的具體點，a和b的差異是什么？ |
4樓2012-02-20 23:16:44
lzn_t
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是這樣的，在電中性時兩種結(jié)構(gòu)均存在，雖然a結(jié)構(gòu)的能量更低，也更穩(wěn)定，但由于b結(jié)構(gòu)向a結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)變時存在能量勢壘，所以并非b結(jié)構(gòu)在得到一個電子后一定會轉(zhuǎn)變?yōu)閍結(jié)構(gòu)。本計算的初衷也是在建立電中性時兩種結(jié)構(gòu)的合理模型，然后尋找結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)變的能量路徑(energy path of chemical reaction)。由于兩種結(jié)構(gòu)的supercell在建立時在某些細(xì)節(jié)之處沒有可靠的數(shù)據(jù)可供使用，故而需先對所建立的模型結(jié)構(gòu)優(yōu)化，再計算其反應(yīng)勢壘。但現(xiàn)在問題是電中性時b優(yōu)化結(jié)果即為a結(jié)構(gòu)，無法將優(yōu)化后的b作為reactant來對待。 另外，已驗證在帶有+1電荷時，a結(jié)構(gòu)優(yōu)化后不會變?yōu)閎結(jié)構(gòu)。因此，估計在電中性時兩者之間勢壘很小，而帶有+1電荷時則勢壘稍高。盡管如此，依然想得到其具體的勢壘值，但怎樣得到電中性時合理的b結(jié)構(gòu)呢？ |
5樓2012-02-21 11:09:51
lzn_t
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6樓2012-02-21 12:55:29
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7樓2012-02-21 12:56:45
8樓2012-02-21 13:09:01
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