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muxiachuixue木蟲 (正式寫手)
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[求助]
固定原子坐標(biāo)優(yōu)化出錯(cuò),方法試盡,繼續(xù)求助高手
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至今未解決,繼續(xù)發(fā)帖求助! 課題是蛋白酶催化小分子反應(yīng)過渡態(tài)的研究,我從蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)里提取出氨基酸殘基,加入反應(yīng)物,組成初始構(gòu)象,用HF/6-31g+(d,p)優(yōu)化,為了使氨基酸殘基在優(yōu)化過程中不至于偏離晶體結(jié)構(gòu)太多,我用modredundant固定了一些原子的坐標(biāo),但優(yōu)化到第九步報(bào)錯(cuò): Old curvilinear step not converged, using linear step Error imposing constraints Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Mon Feb 20 14:13:47 2012. 以下附上我的gjf文件和out文件,問三個(gè)問題: 1.為何會(huì)報(bào)錯(cuò)?而且我發(fā)現(xiàn)我所固定的幾個(gè)原子,在優(yōu)化過程中相對(duì)距離發(fā)生了較小變化,并沒完全固定,為何? 2.用gaussview5.0打開out文件,出現(xiàn):Unresolvable inconsistency between charge and multiplicity and orbital occupancies.Orbital data will be ignored.我的電荷設(shè)為-4,自旋多重度是1,應(yīng)該沒錯(cuò)啊,怎么會(huì)如此報(bào)錯(cuò)? 3.用gaussview5.0打開out文件,出現(xiàn):Invalid ModRedundant coordinate detected on line 180. It will be removed.請(qǐng)問這是為何? 此問題已困擾我多日,各種固定原子的方法我都試了,但基本上還是會(huì)出現(xiàn)類似的問題,求教大俠,感激不盡啊! |

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