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xudi1127

新蟲 (初入文壇)

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注冊: 2010-05-27
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專業(yè): 應用高分子化學與物理

[求助] VMD 使用求助

請VMD有沒有功能實現(xiàn)inplan rotaton?
打個比方，我的體系是一個三維盒子，盒子里面充滿了原子。我現(xiàn)在希望看到盒子的正中央的一個平面內(nèi)的原子分布情況。不知到用什么方式可以將這個平面從內(nèi)部調(diào)到外部可見區(qū)域。

之前我是用atomeye來可視的，它用的shirft+mouse可以輕松實現(xiàn)面剪切

謝謝

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1樓 2012-02-24 02:32:25

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

jiaoyixiong

榮譽版主 (職業(yè)作家)

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管轄: 分子模擬

【答案】應助回帖

感謝參與，應助指數(shù) +1
chaizhm(金幣+3): 2012-02-27 22:30:51

試試這樣：
比如盒字邊界是{0 0 0 } {10 10 10}，我現(xiàn)在想看x=5這個平面內(nèi)的原子分布，是類似這樣的情況嗎？

是這樣的話，很好辦，
在VMD 依次點擊
Graphics —> Representations —> Selected Atoms 一欄里寫上 x<5 ，這樣x>5 的部分就隱藏了，調(diào)整方向就能看到中間平面的原子分布了。
下面示意圖中就只顯示了x<5的部分，調(diào)整VMD的觀察角度，就能看到了，藍色的線是模擬盒子的周期

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-2-24 at 08:23 ]

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